快速绘制三原子平面自旋密度填色投影图的脚本

exity

最近要做一批分子中的自旋密度的剖面图，写了个脚本，bash运行后输入3个原子编号来定义平面就可以，默认输出是pdf，经常需要改的参数都变量化了。
其他的参数在脚本上自己改就好，基本都进行了注释。
spin_dens_contourline3atoms.sh (4.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

2022-6-13 20:47 上传 Uploaded

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#!/bin/bash

#正等值线样式定义
pls="1,0"                            #正等值线线形
plw=8                                #正等值线宽度
plc=4                                #正等值线颜色

#负等值线样式定义
nls="10,30"                          #负等值线线形
nlw=8                                #负等值线宽度
nlc=4                                #负等值线颜色

ruler="0.5 0.5 0.01"                 #X Y COLOR BAR刻度间距
enablelabel=1                        #是否启用等值线上标签0=关闭 1=启用
isovaluelabel=60                     #等值线上标签高度
atomcolor=1                          #原子颜色，定义见下述注释部分
bondcolor=5                          #化学键颜色，定义见下述注释部分

echo pleas enter atom NUMBER for plane define...
echo You should type as \"1 2 3\" or \"1,2,3\". \"321\" is not acceptable. Quotes should ***NOT*** be included.
read atomlist

# 1  = Red        2  = Green
# 3  = Blue       4  = White
# 5  = Black      6  = Gray
# 7  = Cyan       8  = Yellow
# 9  = Orange     10 = Magenta
# 11 = Crimson    12 = Dark green
# 13 = Purple     14 = Brown
# 15 = Dark blue  16 = Pink

echo 4                  >> tmp.mf    #进入平面图绘制
echo 5                  >> tmp.mf    #绘制自旋密度
echo 1                  >> tmp.mf    #图形类型为带等值线的填色图
echo 200,200            >> tmp.mf    #格点为200*200
echo 0                  >> tmp.mf    #以目标分子为基准的延展距离
echo 1                  >> tmp.mf    #延展距离为指定值   
echo 4                  >> tmp.mf    #以三个原子定义一个平面
echo $atomlist          >> tmp.mf    #原子序号
echo 1                  >> tmp.mf    #修改填色图的填色范围
echo -0.01,0.10         >> tmp.mf    #填色范围修改为此值
echo 4                  >> tmp.mf    #show atom label
echo $atomcolor         >> tmp.mf    #for colors
echo 8                  >> tmp.mf    #show bond
echo $bondcolor         >> tmp.mf    #for colors
echo -3                 >> tmp.mf    #进一步修改图形设置
echo 10                 >> tmp.mf    #修改出图格式
echo 7                  >> tmp.mf    #修改出图格式为pdf
echo 0                  >> tmp.mf    #返回
echo 2                  >> tmp.mf    #启动等值线
if (( $enablelabel == 1 )); then
    echo -3                 >> tmp.mf    #进一步修改图形设置
    echo 12                 >> tmp.mf    #开启等值线上的isovalue
    echo $isovaluelabel     >> tmp.mf    #isovalue数字高度为指定值
    echo 0                  >> tmp.mf    #返回
fi
echo 3                  >> tmp.mf    #进一步修改等值线设置
echo 4                  >> tmp.mf    #准备删除所有等值线
echo                    >> tmp.mf    #直接回车会删除所有等值线
echo 3                  >> tmp.mf    #增加某条等值线
echo 0.005              >> tmp.mf    #增加对应的等值线
echo 3                  >> tmp.mf    #增加某条等值线
echo 0.01               >> tmp.mf    #增加对应的等值线
echo 3                  >> tmp.mf    #增加某条等值线
echo 0.02               >> tmp.mf    #增加对应的等值线
echo 3                  >> tmp.mf    #增加某条等值线
echo 0.03               >> tmp.mf    #增加对应的等值线
echo 3                  >> tmp.mf    #增加某条等值线
echo 0.04               >> tmp.mf    #增加对应的等值线
echo 3                  >> tmp.mf    #增加某条等值线
echo 0.05               >> tmp.mf    #增加对应的等值线
echo 3                  >> tmp.mf    #增加某条等值线
echo 0.10               >> tmp.mf    #增加对应的等值线
echo 3                  >> tmp.mf    #增加某条等值线
echo -0.001             >> tmp.mf    #增加对应的等值线
echo 3                  >> tmp.mf    #增加某条等值线
echo -0.002             >> tmp.mf    #增加对应的等值线
echo 3                  >> tmp.mf    #增加某条等值线
echo -0.004             >> tmp.mf    #增加对应的等值线
echo 3                  >> tmp.mf    #增加某条等值线
echo -0.01              >> tmp.mf    #增加对应的等值线
echo 3                  >> tmp.mf    #增加某条等值线
echo -0.03              >> tmp.mf    #增加对应的等值线
echo 3                  >> tmp.mf    #增加某条等值线
echo -0.05              >> tmp.mf    #增加对应的等值线
echo 3                  >> tmp.mf    #增加某条等值线
echo -0.10              >> tmp.mf    #增加对应的等值线
echo 11                 >> tmp.mf    #正等值线颜色
echo $plc               >> tmp.mf    #白色
echo 13                 >> tmp.mf    #负等值线颜色
echo $nlc               >> tmp.mf    #白色
echo 12                 >> tmp.mf    #设置正值的线形线宽
echo $pls               >> tmp.mf    #实线
echo $plw               >> tmp.mf    #线宽改为指定值
echo 14                 >> tmp.mf    #设置负值的线形线宽
echo $nls               >> tmp.mf    #虚线
echo $nlw               >> tmp.mf    #线宽改为指定值
echo 1                  >> tmp.mf    #返回
echo -8                 >> tmp.mf    #单位改为angstrom
echo -2                 >> tmp.mf    #修改xy和色卡坐标间距
echo $ruler             >> tmp.mf    #修改xy和色卡坐标间距为该值
echo 0                  >> tmp.mf    #输出图形
echo q                  >> tmp.mf    #优雅的退出multiwfn

icc=0
nfile=`ls ./*.fchk|wc -l`
for inf in *.fchk
do
    ((icc++))
    echo Running ${inf} ... \($icc of $nfile\)
    time Multiwfn ${inf} < tmp.mf
    mv dislin.pdf ${inf//.fchk}_spdens.pdf
    echo ${inf} is finished
    echo
done
rm tmp.mf

sobereva

用pdf记录填色图，文件尺寸比png大很多，而且打开略慢，需要注意。

读者请注意此脚本利用了最近几天新更新的Multiwfn的一些特征，需要先更新Multiwfn