公社群聊Q&A整理：2015.08.27 20 ~ 2015.09.03 08

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-4-13 21:04:01

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2015.08.27 20:48:58
Q:
老师怎样在vmd中显示分子结构的原子序号呢？谢谢老师
A:
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197
Q:
请问老师在vmd中为什么有的原子之间没有显示出化学键呢？
A:
距离太远
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2015.08.27 22:10:49
Q:
[图片] 老师我的ESP按照教程做的，怎么和标准的不一样而且看不到数值？
更改透明度没有反应？
A:
鼠标放到表面上就能在左下角看到数值
Q:
[图片] 想看到每个原子的这样的效果如何弄谢谢！
A:
Multiwfn手册4.12.3节有例子
Q:
[图片] 老师用GV能看到每个原子的ESP么，为什么图都出来了，这里仍然是灰色的？
A:
你对静电势的理解还很混乱
那个是看拟合静电势电荷的，和你能不能看到图毛关系也没有
你不算拟合静电势电荷就没法选
Q:
哦那比较分子的亲电反应活性大小是用拟合的还是这种图？
A:
光用这种图没法很好说明
基于静电势考察此问题，既可以用拟合静电势电荷，也可以做局部分子表面分析考察每个原子局部表面上的平均静电势，也可以考察分子表面静电势极值点等等。各有好坏，群共享里亲电取代反应中活性位点预测方法的比较有讨论
这里有拟合静电势电荷的详细介绍：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=221
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2015.08.27 23:23:26
Q:
我用的Dmol3 自己建的模，是自己标定的
在网上找的创腾科技中文版自学
Help看着有点点复杂
A:
若手册、教程很粗劣或者是俄文、德文之类的我认为还有得可抱怨
Q:
嗯，老师是说要认真学习Help吧
A:
三个字：尽人事
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2015.08.28 20:41:23
Q:
[图片]
各位老师，请问以上计算的模拟光谱图是用哪个软件做的？
另下面的rescaled是何意？
A:
Multiwfn产生光谱图的曲线数据，然后弄到origin里做
rescale目的是通过乘上因子调节一下理论曲线，让实验和理论的曲线尽可能匹配
Q:
如何乘上因子？
A:
Multiwfn里就可以设定，一个是对激发能乘，一个是对摩尔吸收系数来乘
[图片]
[图片]
自行在origin里乘也可以
Q:
是用gaussian TDDFT计算出来的log文件中的光谱数据，直接乘上某数？
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
这里都有写
Q:
谢谢，我看看再来请教
A:
在Multiwfn里设定好要乘的因子，然后导出曲线数据，放origin里作图
Q:
sob老师，log文件中的光谱数据，是取全部的做曲线？还是挑选出和实验符合几个峰，再用挑选出来的几个激发态再模拟光谱曲线？
A:
全部
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2015.08.28 21:07:46
Q:
[图片]老师跑整个体系MD时候遇到这个问题怎么解决呢谢谢了
A:
基本上都是力场参数有问题，或者模拟设定明显不对，或者结构有问题
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2015.08.28 21:11:11
Q:
老师，你好，请问能通过计算判断某种物质是否稳定存在啊
请问从哪个角度进行预测啊，老师
A:
你先得明确是从哪个角度衡量稳定性
Q:
老板是做稀土金属催化烯烃的，合成催化剂过程配体A+金属B生成BAx，想预测x=？时产物可以稳定存在，进而判断实验中A与B的加料比。请问老师计算能解决此问题吗
配体个数啊，B进料摩尔数
A:
应考虑在这种反应条件下，能导致物质破坏的可能因素有哪些，然后通过计算看看容不容易发生这些过程。计算是很具体的问题
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2015.08.28 21:23:42
Q:
请问我在结构优化时能量震荡如图所示[图片]，但最后显示是正常优化结束，且四个收敛标准都是yes,这样的优化结论可靠吗？
A:
再做个freq，看看有没有虚频，以及最后四个判断标准偏差如何。如果没虚频，标准还都小于收敛限（或者超过其两倍以内），都可以用
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2015.08.28 21:25:36
Q:
求问下，优化后的分子在使用multiwfn计算电荷转移时，[图片][图片]像这种HOMO，LUMO交叠程度比较大的那一部分是单独作为一个碎片算还是一个一个原子算
A:
我不清楚你想具体以哪种方式讨论电荷转移。比如你用electron-hole或者密度差分析，那么不用管片段，作出来图是什么样就是什么样
如果你是指FWHM，一般就用默认的，如果有实验谱图作为参照，你就调它直到模拟出的图和实验谱最接近。
Q:
实验是文献上的，提供的是每个峰的波长
计算电荷转移值为了得到一个最优的HF指数
A:
我挺鄙夷所谓的根据电荷转移值确定HF杂化比例的
Q:
[图片]那老师觉得怎么算比较好
A:
就用合适的泛函去算就行了
甭用那个公式
就是反复去调，直到和实验谱对照得较好
Q:
- -泛函什么的不是很懂，以后有机会多跟sob老师学习学习
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
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2015.08.28 21:29:27
Q:
Sob老师，展宽系数如何确定？
但是如果每一个激发态都用同样的FWHM，是不是就没有意义了
A:
应该用同样的FWHM
你在Multiwfn里也可以直接定义不同的跃迁用的FWHM
Q:
sob老师，不同的跃迁用不同的FWHM，如何根据实验来定？
A:
就是反复去调，直到和实验谱对照得较好
Q:
其基本原则是什么？先大致估计实验上每个峰的展宽？
A:
你先用默认的参数绘制一下，比如说某个跃迁主导的峰比实验上对应的峰要窄，你就把那个跃迁的FWHM设大点，然后再绘图，看看效果，反复如此调节
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2015.08.29 01:13:31
Q:
老师，CDA分解中d或者b为负值什么意思？
[图片]类似这种情况
A:
Statile 这种很小的负值没有意义，无视即可。如果用了弥散函数去掉弥散函数。
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2015.08.29 01:13:31
Q:
orca 运行于Windows 7上，求指导。
在Windows 7中安装openmpi-1.6.5时，有一步骤为[图片]，这个步骤如何实现？
A:
openmpi的windows版直接双击安装就行了，不用编译
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2015.08.29 01:13:31
Q:
调FWHM，就是老师文中所说的 “对光谱的高度进行scale，即乘上刻度系数，使模拟光谱的峰高能和实验光谱有较好的对应”吗？
纵坐标是用的振子强度，每个激发态的振子强度同时乘上相同的刻度系数，不等于没乘一样吗？
A:
高度scale和FWHM是两码事。FWHM设的是峰的半高宽，但因为峰的积分面积是固定的，因此也会影响到高度。
有两个纵坐标，一个是摩尔吸收系数，一个是振子强度，仔细看文中关于展宽部分的介绍。
怎么会和没乘一样？
Q:
大神，做的紫外光普图，有些小峰显示不出来，被大峰掩盖，是不是调节半峰宽？？谢谢[Emoticon][Emoticon]
A:
调小FWHM后小峰就不会被掩盖，当FWHM特别小的时候，每个跃迁都会对应一个峰
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2015.08.29 01:17:18
Q:
multiwfn 计算电子密度差，发现输出的二维等值线图。两个物体之间的等值线很少，且很小。请问下怎么处理
A:
修改等值线设定，增加一批数值较低的等值线
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2015.08.29 01:20:30
Q:
老师有关于TDDFT的资料么
A:
群共享 TDDFT原理介绍文献小合集
Q:
嗯嗯，谢谢老师
Sob 什么时候开分子动力学的班级
A:
明年四月左右吧，待定
Q:
高级量子化学还要退后吧
也是一样的上吧
A:
那个还八字没一撇
Q:
好吧
[图片]
老师书什么时候出啊[Emoticon]
A:
不知道不知道
Q:
Sob 你有时候思路是很清晰
我觉得基础班ppt 编排的特别好
每次看都有新的启发
只是希望multiwfn 能支持castep
就好了
A:
accelry给我MS使用权的话我再考虑
Q:
现在是biovia 了
Accelry 被收购了
A:
哦
Q:
是达索软件那个公司
Sob 你觉得波函数分析那一些能拓展到平面波吗？
A:
有的可以
Q:
比如说盆分析，兹电流
A:
盆分析这些基于实空间函数的从原理上讲都没问题。
但比如CDA就没戏
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2015.08.29 18:12:12
Q:
老师，我想问一下在进行opt+freq计算时添加out=wfn之后计算很慢，那我能不能在opt+freq之后再单独进行单点能计算生成wfn文件？
A:
可以。
但要搞清楚变慢是因为什么。光是产生波函数文件本身不会浪费任何时间，只不过对于后HF方法，在产生wfn文件时要产生后HF密度，这会花费不少时间。
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2015.08.29 18:12:12
Q:
求问大神：turbomole和Gauss计算单点能，b3lyp/def2TVP怎么会相差0.4 hartree这么多呢？
A:
turbomole用的LDA中的VWN是VWN5，而高斯用的是VWN3。而且积分格点设定不同也会导致一些差异。
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2015.08.29 18:12:12
Q:
有关于过渡金属催化反应的活化能加入DFT-D校正后变大或者变小没有定性吧？
A:
没有加入DFT-D校正后必然变大或变小的规律。
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2015.08.29 18:12:12
Q:
书上说硬要用弥散函数，就加上IOP(3/32=2)。这个是不是可以把优化好了的结构，然后加上这个关键词，算下nbo产生的chk文件转化为fchk文件然后进行CDA计算也可以?
A:
Statile NBO和CDA毛关系也没有。
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2015.08.29 18:20:05
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
貌似是自旋
A:
最好当闭壳层处理，这样讨论方便。B用B 3+，F3用F3 3-。
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2015.08.29 18:32:17
Q:
大家好，我想问一下，VMD可以根据温度不同来进行标定吗
就是不同的温度显示不一样的颜色，可以吗
A:
温度具体指的什么？想怎么显示？如果是每个原子一个量，你就写在pdb的B因子段落，然后VMD里coloring method选择根据B因子来着色即可。
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2015.08.29 18:32:17
Q:
想看看fukui function 的结果，在gaussian中用cubman做密度差的时候，出现[图片]，是否正常？
为什么gaussian说明书中没有输出这样的情况？
A:
用Multiwfn做密度差，怎么获得福井函数在手册里4.5.4节有现成的例子。
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2015.08.29 18:32:17
Q:
# opt=(calcfc,maxstep=3) freq 6-311+g(2d,2p) geom=connectivity rm062x
请问一下[图片]这样的优化结果，需要怎样设置关键词才能达到收敛呢？
恩
A:
maxstep要结合notrust使用，否则跑几步就没效果了。加上int=ultrafine。
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2015.08.29 18:32:17
Q:
[图片]这个是BF3分子，打算采用Multiwfn中的CDA片段相互作用方法研究BF3分子中的B和F3两个片段之间的相互作用。当把B作为片段时其电荷和多重度有如下几种设定方法：a)电荷为0多重度为2；b)电荷为0多重度为4；c)电荷为+3多重度为1。当把F3作为片段时，其电荷和自旋多重度有如下几种设定方法：1）电荷为0，多重度为2；2）电荷为0多重度为4；3）电荷为-3多重度为1。哪位能指导到底怎么设置电荷和多重度呢
看了网上帖子讨论，1-A和2-A的前边1,2貌似是多重度
采用高对称性的分子验证，无法获得结果。采用没有对称性的分子验证，发现若修改多程度为X，则后边会显示X-A。为什么高对称性的分子out文件中一般不显示The electronic state is 1-A类似的信息呢
刚用了一个高对称性分子： Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7500 S= 0.5000 不知道这么复杂的信息代表什么
A:
<Sz>自旋角动量算符Z分量的期望值。S**2是自旋角动量算符平方的期望值。S就是自旋量子数
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2015.08.29 18:35:31
Q:
[Emoticon]这个群可以解决对象问题嘛
[害羞]
[可爱]欢迎有意向女生联系我
should不就是must的意思吗？
[摇摆]怎么还没有妹子联系我 should踊跃点啊
A:
不要在此群征女友，否则[Emoticon]
Q:
[图片]征女友的都来了。。。。。。
A:
PS：如果群里有人被群里的人骚扰欺负之类，可以向群主举报
Q:
什么正女友？
谈恋爱可以靠自己，学术群还是别谈这个吧
A:
[图片]
Q:
饥渴男
这样能找到女友么
A:
这种信息发某虫的交友版去吧
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2015.08.29 18:50:22
Q:
言归正传吧最近找过渡态老是没有虚频[Emoticon]
A:
多半是初猜太烂，都跑到极小点去了
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2015.08.29 20:29:03
Q:
sob老师，您活性位点和根据性质预测反应的帖子能给发个连接吗？谢谢老师，@Sobereva
A:
群共享
Predicting reactive sites_EN
亲电取代反应中活性位点预测方法的比较
以及
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
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2015.08.29 20:54:40
Q:
[图片]请问该图像是怎么做出的，尤其是不同的颜色
A:
最好别那么弄。如果不拉开的话图表示不清楚，必须在图下方注明以免误会
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2015.08.29 22:33:26
Q:
sob老师怎么用orca的优化后的输出结果去算相互作用能
A:
一相减不就得了
Q:
不懂~
orca的输入文件不是需要分子坐标么
A:
当然需要
Q:
优化后的结果用mult软件可以导出优化后的分子坐标么
还有我优化后的结果怎么才能像高斯一样知道键长和键角
A:
优化过程最后一次输出的能量就是优化后结构下的能量
Q:
这个知道，单点能
A:
优化过程中会产生.trj文件，手动把后缀改为.xyz，就可以用VMD看优化轨迹。也可以直接文本编辑器打开，最后的结构就是优化后的结构。
Q:
我怎么只有.gbw 和.prop
我是建立输入文件txt和out
然后输入的计算命令是：
orca **.txt>**.out
计算出来的结果文件就只有txt out gbw prop
A:
关键词怎么写的？
Q:
! RI BLYP D3 def2-SVP def2-SVP/j nopop
A:
不写opt当然不会做优化了
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2015.08.30 08:09:15
Q:
http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F3418_2009_6
求助文献，谢谢
A:
[图片]
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2015.08.30 16:22:11
Q:
请帮忙下载一篇文献：http://scitation.aip.org/content/aip/journal/jcp/20/4/10.1063/1.1700523，谢谢！
A:
[图片]
黄牌一次
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2015.08.30 17:03:55
Q:
文献求助http://apps.webofknowledge.com/full_record.do?product=UA&search_mode=GeneralSearch&qid=1&SID=R2pvvVSxcjNVoFOVs4p&page=1&doc=1
A:
给链接的时候应当给出全文链接
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2015.08.30 19:55:26
Q:
做以下3种单点计算，（1）中性分子(neutral, n)，（2）加一个电子（anion, a）（3）加入2个电子(2 anion, 2a)。然后做密度差分析，结果显示，对同一分子，2a-n的电子密度比a-n的电子密度小一倍（从调整的isosurface来估算的），这是什么原因？
A:
等值面没法估算这个
Multiwfn计算完密度差格点数据后文本窗口里会显示格点数据的积分值，看那个。2a-n的情况数值应该接近于2。
Q:
（是选3吗？）
A:
格点数据计算完了你在文本窗口上就能直接看到
[图片]
Q:
我是用开壳层来计算的，因为给2个电子后，分子的这2个电子有相同的自旋方向
A:
很正常
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2015.08.30 20:06:04
Q:
请问在真空下优化结构有什么有点吗
优点
为什么很多结构都是在真空条件下优化的
A:
量化上模型越简单越好算，真空显然是最简单的环境。而且很多情况下以真空来处理是实际情况的很好近似，纯粹理论研究也往往只想研究真空环境下的。
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2015.08.30 20:16:31
Q:
改为:想DIY一台16核带计算卡的电脑，大神推荐一下怎么配？
单路计算化学攒机配置推荐Multiwfn
A:
一般就是2*E5 2650 v2或者2*E5 2640v3，如果钱多点可以用2*10核的
内存起步64GB
Q:
支持双核的服务器主板不多
计算卡有
K20 40 80
大家觉得，至少得哪个型号才够？
A:
支持双路的板子正是主流，一般在2000多元
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2015.08.30 20:25:58
Q:
在用电子密度差来解释反应的作用位点，作电子密度差图时，有时候某一原子中电子密度差有正，又负，如何来说明这个原子总体的电子密度？
A:
计算condensed Fukui function，手册4.7.3节有例子
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2015.08.30 20:26:10
Q:
请问优化分子结构时，自旋多重度是整个分子的自旋多重度还是分子中某个原子的自旋多重度？
A:
整个
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2015.08.30 20:39:44
Q:
各位大神，问一下，计算50左右原子，有苯环的有机分子，电荷转移除了Cam-b3lyp之外，还有哪个泛函的计算结果比较好呢？
homo到lumo的电荷转移
A:
M062X、wB97XD
Q:
你也可以尝试PBE0
A:
PBE0肯定不好
共轭有机分子适合比PBE0的HF成分更高的
一般在40%左右不错
Q:
额，我一般M062X不合适的话，PBE0就可以好使
A:
BMK、PBE38都可以用。
Q:
那，bhandhlyp也可以吧
A:
也可以
Q:
这果然得看泛函里的HF成分的大小
A:
PBE0主要还是适合小分子，共轭程度不高的
Q:
PBE0属于广义梯度近似吗？
A:
已经属于杂化泛函了
----------------------------------------------------
2015.08.30 20:43:48
Q:
[图片]请问这是什么错误，应该怎么修改
[图片]请问这是什么错误，应该如何修改？
A:
信息量不够，无法准确判断
Q:
%chk=1a.chk
%mem=4GB
%nprocshared=24
# B3LYP/genecp OPT freq iop(5/13=1) iop(2/16=1)
A:
去掉万恶的iop(5/13=1)
iop(2/16=1) 也去了
Q:
我在小木虫查，说是磁盘空间不够？
A:
你先仔细看输出文件，看你算到哪了
但无论如何，5/13=1一定要去掉
至少输出一个巨大的warning
我记得一年多前5/13=1还没这么猖獗
Q:
[图片]这就是最后，没有warning
A:
往前看，别光看这些不是给人看的信息
Q:
%chk=1a.chk
%mem=4GB
%nprocshared=24
# B3LYP/genecp OPT freq 输入文件直接改成这样吗？
A:
对。但你当前情况最好把opt和freq分成两步单独算。
----------------------------------------------------
2015.08.30 20:49:15
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
[图片]
----------------------------------------------------
2015.08.30 20:50:00
Q:
我第一次碰IOP还是做AIMD的时候……IOP不是能不用就不用吗？
……你还可以不算拉曼光谱，这样快一点
A:
DFT默认本身就不算拉曼
只有HF默认才算
----------------------------------------------------
2015.08.30 20:51:36
Q:
[图片]（用在gaussian中用cubman作相减生成的cube文件来作的图）[图片]（multiwfn生成的图），2个图有一些差异，想问问其中的原因？
A:
我根本不用cubman，自从当年写了gsgrid就再也没用过cubman
不屑用它
Multiwfn的结果一定是正确的，只要操作正确
反正cubman那个一看就有问题，密度差都跑到分子外头去了，估计肯定是原子坐标没对应上
----------------------------------------------------
2015.08.30 21:02:20
Q:
[图片]，如何把图放到窗口正中央？
A:
保存图片后剪切一下图片就行了
----------------------------------------------------
2015.08.30 21:04:33
Q:
[图片][图片]老师的魔术玩得真好
A:
别在群里发这些
----------------------------------------------------
2015.08.30 21:56:51
Q:
6核的Intel Xeon E5645 2900元，是不是很超值？
A:
老掉牙了
架构太老
10年发布的
Q:
买两颗，12个核。
Intel Xeon E5-2650
主频：2000MHz 核心数量：八核心￥5900
那就这个
A:
买那个还远不如买E5-2630 v2，2.6六核，3000多点
同频性能比那个高得多得多
Q:
好
A:
那个连AVX都不支持
Q:
AVX是什么？
A:
简谈CPU峰值性能怎么计算
http://sobereva.com/281
这里有简单介绍
Q:
内存多少足够？
A:
动力学32GB就够，量化64GB
Q:
服务器内存挺贵的
A:
其实也并不比PC贵太多
Q:
淘宝上的Tesla K80靠谱吗？
二线城市
哪里有二手的服务器卖呀？
A:
淘宝多了去了
Q:
买个二手服务器，升级一下。
可行不？
7000怎么拿得下来？
主板加CPU就上万了。
是在淘宝买的吗？
看来真的只能淘宝买，然后升级。
A:
直接让淘宝的JS给你配上想要的U和内存你再拍就行了
Q:
老板说了，用试剂费发票报账。
不然，怎么DIY.
有这样的店吗？
A:
JS门板子、CPU、内存、显卡、硬盘、电源都一堆一堆的，既散着卖也卖整机。
Q:
https://item.taobao.com/item.htm?spm=a230r.1.14.10.8Pugo3&id=521477675221&ns=1&abbucket=3#detail
这个服务器是不是很理想？
https://item.taobao.com/item.htm?spm=a230r.1.14.60.8Pugo3&id=45237514418&ns=1&abbucket=3#detail
这CPU会是假的不？
A:
慎重吧。你开顶盖上字都打磨掉了
慎重吧。你看顶盖上字都打磨掉了
Q:
机架式服务器，但是我没有机架，好放置吗？
A:
没问题
就一台没关系
Q:
Xeon X5650 和 Xeon E5-2630 v2 性能哪个强？
A:
后者
Q:
前者比后者差很远吗？
A:
起码得有一半吧，和程序关系也很大
----------------------------------------------------
2015.08.30 22:04:39
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
太多了
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2015.08.30 22:07:31
Q:
在multiwfn中作电子密度差时，生成的图形[图片]，但旋转坐标轴后，图形的颜色就变了
[图片]
有好的解决方法吗？
A:
光源是有方向的。你可以再开其它光源，总共有8个光源默认只开了前两个
默认开了前3个
也可以修改显示方式
Q:
8个光源的方向是什么样的？或者说8个光源的分布是什么样的？
A:
[图片]
语言不好描述
试试就知道
大不了全都开开，然后用mesh+surface显示，效果往往不错
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2015.08.30 22:58:33
Q:
Multiwfn3.36版本和3.38版本有区别么？为什么照着“http://sobereva.com/269”这个帖子的教程，上面写着按0，会显示HOMO的信息，但是3.38版本不显示啊？
A:
主页上有update history，都写着更新了哪些。
一定要用最新版本
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2015.08.31 19:19:21
Q:
想问下老师多中心键级能计算稠环芳烃（七并）的芳香性吗？性价比高吗？一般这种稠环芳烃使用什么芳香指数比较好？谢谢@Sobereva
A:
最好发个结构示意图
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2015.08.31 19:19:21
Q:
打扰了想问一下从哪里可以获得 G3large
嗯嗯是基组
文献上说的网站显示过时不知道哪里可以找到具体的
A:
你看G3方法的原文就能找到
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2015.08.31 19:19:21
Q:
请问下，高斯计算优化后的动画轨迹movie，怎样导出来播放。。save movie后，用播放器放映不了
可能是电脑本身的bug。。。试了一早上都不行。。。关机重启可以了。
A:
windows自带的看图程序播放不了gif动画，可以用网页浏览器播放或者装个irfanview之类的看图工具
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2015.08.31 19:19:21
Q:
请问，gamess怎么获得wfn文件啊，我手册里没找到相关信息啊
AIMPAC?
A:
Multiwfn手册第四章开头就写了
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2015.08.31 19:21:32
Q:
[图片]
这些公司都买了版权了吗？
可以这么肆无忌惮的办gaussian 培训？
那种培训跟科音没法比
A:
那个什么海思煜人的Gaussian培训我估计就是个骗子，厚颜无耻
你看它的课程内容，就是从去年高斯官方培训中直接复制过来的
http://www.emoltech.com/?p=64&a=view&r=33
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2015.08.31 19:22:49
Q:
各位大神，求专利一篇一体化高效生物反应器--中国专利全文数据库 http://dbpub.cnki.net/grid2008/dbpub/detail.aspx?QueryID=4&CurRec=2&dbcode=SCPD&dbname=SCPD2015&filename=CN204058174U&urlid=&yx=&uid=WEEvREcwSlJHSldTTGJhYlNxZnduOFo3VkUyOXQyMGR3KzROWWlyUUZBQlhhb2NkZ2o3aDVyQmUwUHIyMzhXQ0Rhdz0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4IQMovwHtwkF4VYPoHbKxJw!!
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A:
不许连续发好几遍！
黄牌警告
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2015.08.31 19:26:37
Q:
gamess里如何写自定义基组？SOB老师有没有博文啥的？也请各位高手指点！
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=745
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2015.08.31 19:35:31
Q:
gauss计算中，如何在Cartesian坐标下找到/优化一个构型，
使其能量比分子的过渡态能量高？恳请达人指点！
A:
在过渡态位置上，按照实频振动方向移动体系，能量肯定会升高
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2015.08.31 19:46:55
Q:
我想请教一下相关分子轨道的分析，求指教？谢谢例如怎样从分子轨道的电子云看出它是离域键还是反馈键等。例如：从HOMO/HOMO′ and HOMO−3 ，可以看出是离域的π键；HOMO−21 and HOMO−19/HOMO−19′可以看出Sb3有部分的电子贡献给Au3。[图片]。
A:
你的那些讨论并不对，-21那些也看不出有明显的电子贡献之类。离域和反馈不是相对应的概念。而且轨道的离域这本身并没有什么意义，有物理意义的是电子的离域。
非要讨论轨道可以考虑CDA分析
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
也可以用Multiwfn做Mulliken键级计算，分解成轨道贡献，考察不同轨道对原子间是成键还是反键贡献
也可以做AdNDP分析
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
----------------------------------------------------
2015.08.31 19:55:21
Q:
sob老师，我按您说的opt和freq分开算，可还是这个错误，为什么？
[图片]
A:
freq时候出错？
Q:
opt时
Error: segmentation violation，提示分割违反
A:
拿最后的结构，重新继续优化，还不行就换版本
那种提示毫无意义
Q:
chk文件81MB，log文件才577KB
换版本是什么意思
A:
比如G09 B.01换成D.01
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2015.08.31 20:36:54
Q:
老师，请问高斯计算出中心金属的mulliken 电荷值越大，表明缺电子越厉害，越容易与富电子的化合物发生亲核反应，这种理解对吗
A:
对
但最好用NPA电荷
----------------------------------------------------
2015.08.31 20:45:18
Q:
找过渡态时，若同时有来源于溶液中质子转移，怎么找过渡态？或者说键锻炼时有溶液中质子的转移
(可以直接把一质子加到体系中吗)
A:
把溶剂分子也在计算中考虑
Q:
你的意思是，直接加一个溶剂分子？
A:
对
Q:
明白，非常感谢既然可以加一个溶剂分子，那我能否直接加一个质子？
A:
你的具体情况我不清楚，可能可以，但使用带着质子的溶剂原则上会更合理。
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2015.08.31 21:10:37
Q:
请教老师，用Gaussview导入一个Z-matrix形式分子构型，
那么GaussView的直角坐标原点和坐标轴方向是如何确定的呢？
A:
输出文件里写着，随便抽几个点看看
----------------------------------------------------
2015.08.31 21:10:37
Q:
势能面扫描后如何判断所有点都来自同一电子态？？？
如果电子态都是1.1(用的Molpro)就没问题了哈，但若两个电子态发生交叉时不知这个1.1怎么算？
还是平衡结构附近对应的那个电子1.1态，还是现在交叉以后能量更低的电子态(或许是2.1，3.1),如果这样，即使最后显示是1.1也是不对的呀！
A:
如果扫描过程中每一步的初猜都是上一步的（我忘了molpro是不是默认这样），那么一开始是电子态是1.1，最后肯定还是1.1。只有当每一步都重新生成初猜，那么比如到了2.1能量比1.1的区域，得到的才是2.1。
----------------------------------------------------
2015.08.31 21:27:21
Q:
请教一下，优化结果并不是能量最低点。能量最低出现在优化过程中，最后的结果可取吗？[图片][图片]没有虚频。
A:
你取优化过程中能量最低点，用小步长上限，最好再加上calcall重新优化试试。
直接用当前的结果不合适。
----------------------------------------------------
2015.08.31 21:36:54
Q:
[图片] 老师这个BLA是什么概念？谢谢
A:
就是键长交替程度。
C-C-C-C...的每个C-C长度都一样，那么BLA就是0，这时候电子最容易离域
Q:
差不多像对一堆键长求方差么？大概是这意思么
谢谢
A:
类似
Q:
为什么这种最易离域啊大概能解释下么？谢谢
就是说共轭程度高越易离域么那全单键BLA也是0？
A:
局部的定域和全局的离域是相对的
键长长短交替，说明有的地方定域性更强（形成多重键），相应地整体离域就没那么容易
人家前提是BLA用在pi共轭体系，没有pi的单键不算
Q:
请问一下，bond overlap population可以用来解释不同类型键的键能高低吗？
A:
不能
即便对于相同类型的键尚且不好
Laplacian键级与前三周期元素之间的成键的键能的对应关系是所有键级定义里最好的
Q:
Laplacian键级对于不同类型的键描述得如何？包括配位键？
A:
配位键不适用
Q:
想起来了，Sob老师你让我看过你的一篇文章
刚刚看到有人用BOP比较不同元素的配位键，感觉很惊讶
A:
那根本说不过去
我不清楚你说的BOP具体指那种，如果是重叠布居，那就是Mulliken键级，与键强度的对应关系是公认的烂
如果是模糊原子空间里积分电子密度，即Eur. J. Inorg. Chem. 2006, 69–77的做法，从文中可以看到和键强对应也很烂，作者强行给它们找关系。
Q:
[图片]
就是这个BOP
A:
就是Mulliken键级而已
Q:
……这样
之前你告诉过我，这种情况还是去算键焓吧
A:
当然这是最严格的
----------------------------------------------------
2015.08.31 22:37:11
Q:
老师我用multiwfn载入一个三百多原子的molden文件，载入很久之后就自动退出了，看不到任何提示，molden文件是orca的计算结果，是因为体系太大的原因吗
A:
先进DOS再启动Multiwfn载入，最后载入失败会告诉你原因而不会自动退出。把提示的文字发出来
----------------------------------------------------
2015.08.31 22:37:45
Q:
multiwfn 做电子密度差，涉及到镧系元素。需要修改multiwfn里面该元素的波函数文件吗？
A:
你得自己提供镧系元素的原子波函数文件放到atomwfn目录下让Multiwfn调用
----------------------------------------------------
2015.08.31 22:42:40
Q:
老师，我通过RDG分析发现两个片段之间存在弱相互作用，但是体系的总能量与这两个片段不存在相互作用时候的总能量几乎一样，这种情况正常吗？是不是因为我计算的精度不够所导致的呢
A:
计算级别不合适，导致没充分体现出弱相互作用的影响
----------------------------------------------------
2015.08.31 22:40:12
Q:
老师，用cubegen做静电势，把result文件拉到multiwfn之后总是闪退，是什么情况，之前都做得挺好的，我先按照12 5 2 0 之后生成cubegenpt.txt,然后做result文件，一拉进去，enter就退了
A:
是叫result.cub么？
Q:
是的
[图片]
A:
之前用这种做法成功过没有？
Q:
成功过
A:
那你打开看看result.cub里有没有异常，末尾是否正常，有没有星号之类非常正输出
Q:
老师，我对比了一下之前做对的result文件，没什么异样呢
A:
那就不知道咯
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2015.08.31 23:11:52
Q:
请教一下如何生成wfn 文件
A:
Multiwfn手册第四章开头说了
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2015.08.31 23:26:13
Q:
大神。。右键DOS显示文件无法关联怎么破[Emoticon]
A:
意义不明
Q:
嗯。。我通过注册列表添加了右键文件夹运行DOS的选项。。。然后提示[图片]
A:
目的何在？
Q:
想在文件夹下运行DOS
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.08.31 23:44:37
Q:
求文献http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpcc.5b03607和http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ar500318p
A:
[图片]
下次再给个
[图片]
Q:
直接红牌肯定最有威慑力[Emoticon]
A:
两次黄牌就T
----------------------------------------------------
2015.09.01 00:02:58
Q:
Sobgromacs 培训班会不会讲解接口程序的编写
A:
待定
----------------------------------------------------
2015.09.01 00:07:27
Q:
在multiwfn进行pop 分析，是否可以让电荷显示在分子的每个原子上？（gaussian view 可以显示）
A:
不能
----------------------------------------------------
Q:
a single-point calculation using dispersion-correction method, b3lyp-d/6-31G*
Sob老师，这是在一个ONIOM模型优化结构的基础上进行sp计算，但是有一点不懂
是在优化结构的基础上进行b3lyp单点能计算，然后用sp的结构进行dft-d3校正？
A:
你就在优化完的结构上用B3LYP-D3方法计算就行了
没有什么所谓的sp结构，就是优化得到的结构
Q:
还是直接拿洋葱算法优化出来的构型进行dft-d3校正，得出来的值作为sp能？
说实话，我查了很多资料，有的是再用b3lyp重新优化一遍，再进行dft-d3校正，来说明色散作用
也有是在ONIOM优化的基础上再一种泛函先算sp,在sp基础上进行dft-d校正，
还有的就是您说的
A:
拿优化完的结构，高斯里用B3LYP-D3计算完了单点之后，总能量有了，D3校正能有了，相减也有了B3LYP能量。该有的全有了
Q:
另外还有一个问题想请教您，对于洋葱算法，是不是ONIOM(B3LYP:PM6)处理范德华作用和静电作用还不如ONIOM(B3LYP:UFF)，对于金属有机化学？
A:
静电作用前者明显好于B3LYP:UFF
范德华作用两种组合都没法描述
Q:
因为我的是A版本，直接用的DFT-D3程序，应该和D版本中的dft-d3校正差别不大吧？
A:
是一样的
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2015.09.01 08:47:20
Q:
百度空间里的思想家公社是不是都没了啊？
A:
sobereva.com
----------------------------------------------------
2015.09.01 08:51:34
Q:
问个比较业余的问题如何计算分子间相互作用出了计算结合能还能计算什么，并把其中相互作用区分出来，如氢键，pipi堆积等
A:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
----------------------------------------------------
2015.09.01 09:28:00
Q:
有人了解Chemistry-An Asian Journal 这个杂志吗
A:
有
我不会回复“有人...吗？”这类问题的
----------------------------------------------------
2015.09.01 09:31:08
Q:
请问做过渡态是TS做出来，振动方向是对的，但是IRC做不出来，只有几个点，那得到的TS是不是也不成立啊
A:
只是说明TS定位不特别精确，但不代表不成立
Q:
那可以用作过渡态写文章吗
做了好多遍实在是找不到IRC
不好意思，我刚接触不久，我需要找到过度态，两边怎么做啊
A:
[图片]
先看看是否是这类问题
----------------------------------------------------
2015.09.01 09:40:11
Q:
老师，用multiwfn处理大体系提示内存不足应该如何解决呢？
A:
用linux版
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.01 09:43:04
Q:
sob老师，是可以直接比较所有体系的HOMO值大小呢，还是组成原子类型相似，结构相似的体系呢？@Sobereva
A:
都可以比较
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2015.09.01 09:50:12
Q:
[图片][图片]想批量转化chk到fchk，按照公社里的方法是写入#!/bin/bash
for inf in *.chk
do
formchk ${inf}
done
A:
用./来运行
并且在linux下用cat看看.sh文件是否能正常显示（换行是否正确）
----------------------------------------------------
2015.09.01 10:07:16
Q:
麻烦各位老师帮忙解答，以下截图是我做的振动分析，是正常结束而且只出现一个虚频，但出现了两个NO且离收敛极限差距很大，请问这种结果可信吗[图片]
A:
否
----------------------------------------------------
2015.09.01 10:13:39
Q:
请问下，高斯计算NICS时出现这个错误是什么原因啊，没查到
Error termination via Lnk1e in /home/bhwei/gaussian/g09D01/g09/l612.exe
A:
收敛精度不够
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2015.09.01 10:15:33
Q:
sob老师，有没有办法在gview里，将不同原子之间的键，用不同粗细（或不同颜色）的线画出来，谢谢
A:
没办法
Q:
sob老师，用什么软件可以将不同原子之间的键，用不同粗细（或不同颜色）的线画出来，谢谢
A:
不明白你的目的。但chemcraft和VMD灵活程度都高得多，或许能满足你的目的
----------------------------------------------------
2015.09.01 10:15:33
Q:
请问一下，走IRC的时候，对基组有要求吗，能不能用比优化和频率分析时小点的基组走呢
A:
应当和优化时严格一致
Q:
明白了，谢谢老师
----------------------------------------------------
2015.09.01 10:15:33
Q:
求助：第一三重态的激发能是如何得到呢？非常感谢[图片]
在小木虫上看到相关优化三线态的方法有：1.#p b3lyp/6-31g* opt td(triplets,root=1) 0 1 2.#P b3lyp/6-31g* opt 0 3
A:
用#P b3lyp/6-31g* opt 0 3优化，然后能量减去S0的
Q:
这种优化好的结构能量直接相减吗，还是计算下能量再相减。
还有个问题就是这种能量还需要零点能的矫正么？
A:
一码事，除非你单点计算的级别和几何优化时不一致
----------------------------------------------------
2015.09.01 10:15:33
Q:
请教一下，对Gaussian09中没有内置的溶剂，比如乙酸酐，需要考虑溶剂化效应的时候，应该怎么办啊
A:
[图片]
Q:
多谢啊。eps是Refractive index吗？
A:
不是
eps是介电常数
----------------------------------------------------
2015.09.01 10:15:33
Q:
請教sob老師高斯可以只打印一個頻率的震動模式嗎
A:
不考虑
不能
----------------------------------------------------
2015.09.01 10:37:41
Q:
sobereva大神，有了orbital coefficients和对应结构的坐标，怎么样用wfn来生成轨道图以及ESP surface？
A:
wfn是什么？
如果是指Multiwfn，不要简写
Q:
好的
是Multiwfn
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
Q:
Sobereva大神，有了orbital coefficients和对应结构的坐标，怎么样用wfn来生成轨道图以及ESP surface？@Sobereva
A:
Sobereva(190258442) 9:40:01
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
Q:
有了orbital coefficients和对应结构的坐标，能用Multiwfn来生成轨道图以及ESP surface？
A:
都回答两遍啦！
[Emoticon]
Q:
真的不好意思，感觉每次都是读取的fchk文件，不知道Multiwfn能直接读取orbital coefficients和结构的坐标不？
A:
不能
Q:
那我该怎么办？
A:
用fch文件啊
帖子里都写了
Q:
orbital coefficients和结构的坐标能生成fchk?
A:
高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法
http://sobereva.com/55
你先了解什么是fch文件
----------------------------------------------------
2015.09.01 10:40:42
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不能
----------------------------------------------------
2015.09.01 11:03:50
Q:
老师，请问怎么构象搜索，要用动力学模拟吗？我看的文献如下：不是太懂如何搜寻构象The first molecular dynamics simulation specifically addressing the structure of a metallocenealkyl cation is presented showing rapid interconversion between γ- and a-agostic conformations
A:
先看看群共享里的构象搜索入门资料
----------------------------------------------------
2015.09.01 20:13:18
Q:
群主，DOS的例子在给的材料里面好像没找到输入
A:
讲义上有啊
----------------------------------------------------
2015.09.01 20:24:32
Q:
对了，win版的multiwfn做ESP计算，中等精度会卡住，不知道该怎么办？
A:
借住cubegen来算
Q:
我不是用gaussian的
我用gamess的wfn做的
A:
怎么卡住？还在算么？
Q:
就是卡住在88/277这个地方，一上午都是卡在这里。
我算低精度就能顺利算完
A:
你把settings.ini里的nthreads改一下试试
----------------------------------------------------
2015.09.01 20:26:17
Q:
请问下计算Sb元素的化合物应该用什么基组比较好[Emoticon]
A:
lanl08或者SDD、def2SVP、def2TZVP都可以
----------------------------------------------------
2015.09.01 20:36:33
Q:
我在做这样的计算时（[图片]），结果显示这样计算后，分子发生了翻转，是我们nosymm没用对吗？
A:
可能之前chk里的结构就已经翻转了
----------------------------------------------------
2015.09.01 20:36:33
Q:
大牛们，请教一下，我计算完成常温的反应，现在想计算低温反应，请问高斯有什么关键字麼？
例如优化分不分低温常温和高温？
又如dft和mp2这些方法能不能处理低温？
请问关键字是什么
A:
应当先搞清楚量化理论。温度设定只影振动分析算出来的热力学参数，以及AIMD等任务，不可能影响几何优化结果。
----------------------------------------------------
2015.09.01 20:36:33
Q:
一直不是很了解，在统一体系中是不是WBI键级的值越高，说明建越强
A:
不是同一体系，而是得同一类键（构成它的元素相同）且在同一计算级别下
----------------------------------------------------
2015.09.01 20:50:49
Q:
gamess计算出现如下错误怎么解决？请sob 老师指点！
CREATING WORKSPACE OF SIZE VVOO
DDI: Creating Array [1] - 1110795 x 34716 = 38562359220 words.
DDI Process 21: error code 911
DDI Process 21: Insufficient distributed memory,
unable to create DDI array number 2.
Previously created DDI arrays (numbered 0 to 1) consume 1206 MWords.
DDI array 2 will require 38567 MWords more.
Therefore, increase MEMDDI by at least 9213 MWords.
This job may still require additional DDI arrays,
so execution of EXETYP=CHECK is recommended.
DDI Process 24: error code 911 DDI Process 1: error code 911
DDI Process 27: error code 911
DDI Process 27: Insufficient distributed memory,
unable to create DDI array number 2.
Previously created DDI arrays (numbered 0 to 1) consume 1205 MWords.
DDI array 2 will require 38536 MWords more.
Therefore, increase MEMDDI by at least 9181 MWords.
This job may still require additional DDI arrays,
so execution of EXETYP=CHECK is recommended.
ddikick.x: application process 27 quit unexpectedly.
ddikick.x: Fatal error detected.
The error is most likely to be in the application, so check for
input errors, disk space, memory needs, application bugs, etc.
ddikick.x will now clean up all processes, and exit...
ddikick.x: Sending kill signal to DDI processes.
ddikick.x: Execution terminated due to error(s).
A:
内存不够，如提示所示把MEMDDI设大，
----------------------------------------------------
2015.09.01 20:56:41
Q:
请问，沿着degeneracy-lifting coordinate x1,x2，势能面将呈双圆锥状吗？为何沿着x1或者x2还能得到minima呢？
[图片]这样能量不是会不断下降吗
A:
从交叉点沿着x1和x2走，两个态能量差会加大，但这两个态的能量是升高还是降低则不一定，也可以都降低，这种情况的话走下去可能能走到极小点。
----------------------------------------------------
2015.09.01 21:06:48
Q:
[图片]
这段教程在5.*的molekel走的通吗？
4.3的molekel对64位电脑兼容性太差了
A:
用molekel 4.3的价值仅仅在于能在表面上显示不同数值区域的分界线
如果不需要这样的效果，用VMD明显是更好的选择
Q:
Multiwfn+VMD的个esp填色的方法吧？
我昨天走通过
A:
这是一种方法，另一种方法是得到电子密度和静电势的cube文件，都载入到VMD的同一个ID里，然后显示电子密度的等值面，然后coloring method用volume，然后选静电势的那个cube，这就会根据静电势来对电子密度等值面进行着色。
----------------------------------------------------
2015.09.01 21:11:46
Q:
请教，sob老师我在Ubuntu环境下进行高斯计算，输入文件为[图片] 。计算后，屏幕显示为 [图片] 但是输出文件的最后一行显示为 Writing a WFN file to /home/opt/zhizi/AJ-1.wfn. 可是我没有找到wfn文件在什么地方。求解？
A:
你先确保/home/opt/zhizi这个目录确实存在
Q:
这个目录确实是存在的，输出文件gjf就在这个文件中
A:
那就不知道了，只有这一种可能，或者你换其它路径再试试
要么你就改用fch文件
Q:
嗯，好的。对了，我想再问一下，在使用multiwfn程序时，wfn和fch文件是不是等价的？
A:
用fch文件能用的功能比用wfn时明显更多，比如用前者能绘制PDOS、能算Mayer键级等等，因为前者包含基函数信息
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2015.09.01 21:23:46
Q:
何必为这垃圾国家，而得罪西方强国
A:
此群里别讨论这些
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2015.09.01 21:36:14
Q:
[图片]
这个怎么设置填色的值，我的好像没有填色成功
A:
volume右边下拉框能选择用什么格点数据来着色，选静电势对应的那个
Q:
是的，我选择静电势的那个cube了啊
[图片]
A:
你把trjectory标签页里的色彩刻度上下限调调
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2015.09.01 21:40:31
Q:
老师，我可以把我们课题组的网页挂在计算化学公社的服务器上吗
A:
你们自己到万网租个服务器就行了，弄个域名和最便宜的那种虚拟主机，一年才一百多块
----------------------------------------------------
2015.09.01 21:42:37
Q:
群主，我的意思是二茂铁那个例子有没有输入文件，可以给自己操作一下的
需要导入两个cube，一个正值一个负值
A:
你就自行算一个二茂铁的fch文件就完了
Q:
行，我自己搞
A:
培训班上发的那些文件里有一个Ferrocene_ECP.fch，你用那个也可以
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2015.09.01 21:50:04
Q:
谢谢sob，那要是在同一计算水平下，Ti-O键的WBI值比Ti-N的WBI值大，能不能说 Ti-O 键比 Ti-N键强@Sobereva
A:
不能
比如H2和Li2的Mayer或Wiberg键级都是差不多1.0，但键能就差老远了
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2015.09.01 21:54:36
Q:
群主，[图片]优化成功了（opt=tight），且做频率也没有虚频，但形成的结构有一定的对称，请问，怎样消去对称且能够得到较低的优化能量值？
A:
你用15步的结构用int=ultrafine、小步长上限等等再搞搞，明显当前能量没第15步低，不行就再上calcall
该有对称性自然就有对称性，没必要人为破坏
Q:
老师，是否是因为优化使用了opt=tight的缘故，其[图片]是单调的
再问：如何设置小步长上限？是 opt=maxstep=N？
A:
步长上限设置这里有写
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2015.09.01 21:54:49
Q:
MBO只在比较同类型键时最可靠吗？例如C-O键之间比较，或者Cu-N键之间比较？
A:
对
----------------------------------------------------
2015.09.01 21:55:11
Q:
请教一下各位，VMD 里如何将两原子之间的键显示成GViewl中这样的虚线啊？
[图片]
A:
没有虚线的显示方式
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2015.09.01 22:06:37
Q:
[图片]
sob老师指导下做出来的
[图片]
这种材质怎么设置的啊
A:
transparent
Q:
[图片]这种麻点，放远看就行了吧
A:
你得开GLSL，否则透明的地方就显示麻点
display-rendermode-GLSL，要么你就用自带的tachyon渲染
----------------------------------------------------
2015.09.01 22:22:28
Q:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jctb.5000541615/abstract
[图片]
群主大人的经典图片之一
A:
+1
Q:
能帮忙查一下那篇文献吗，谢谢啦
传给你了
1935年的，够老的文献……
A:
和scihub下下来的一样吧？
----------------------------------------------------
2015.09.01 22:23:22
Q:
请教mk电荷与nbo电荷的区别，
什么时候用nbo？什么时候用mk？
A:
群共享，原子电荷计算方法的对比
世界上没有NBO电荷这个东西，见
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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2015.09.01 22:41:48
Q:
老师，用GV优化了结构之后，我想把几个分子的大小都保存成同样大小，save image file，哪里可以直接输入数字规定设定大小的吗？
A:
gv没办法，你得后处理
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2015.09.02 08:21:23
Q:
sob，请问：我想在linux上使用slient mode运行Multiwfn，而且有多个作业，每个作业的并行核数不一样，这时怎么设置nthreads变量呢？
如果是单个作业，可在settings.ini中修改nthreads数
A:
写脚本，其中比如利用awk，把settings.ini里的nthreads后面的值改为指定的。
或者事先写几个nthreads为不同值的settings.ini，用几个核就把哪个settings.ini拷到当前目录下
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2015.09.02 09:00:57
Q:
群主，还是希望下一linux版Multiwfn能增加export OMP_NUM_THREADS=几这种环境变量刷新来自定义作业并行核数
A:
毕竟很小众向，暂时不打算支持
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2015.09.02 09:18:21
Q:
sob老师，各位大神，早上好！请教一下含C,H,N，S，O，共100多个原子的正电荷体系，想计算其偶极矩，用B3LYP/6-31G* density 计算其偶极矩，合适吗？
A:
带有正电荷的体系偶极矩本身是没有唯一值的，数值依赖于坐标原点
6-31G*算偶极矩比较烂，建议用def2-SVPD
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2015.09.02 22:46:11
Q:
各位，请问用gaussview如何做MO轨道的透视图？就是透过轨道能看到里面的原子的那种
A:
显示方式设定里可以设透明度，也可以用mesh方式显示
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2015.09.02 22:46:11
Q:
[图片][图片]计算该分子中C-S建的键解离能，将该图一分子中的20S和11C的键断开，形成一个自旋极化单重态（如图二），请问在gaussian中利用片段组合波函数的方法来优化并求解，是否合适？这种情况应该如何设定各片段？
A:
直接用UDFT结合guess=mix通常就够了
但与其直接拉远S-C，还不如让右边苯环旋转一下以拉长C11-S20距离，因为你当前强行拉开SO2导致C3-C4-S20角度变化很大，会形成斥力
----------------------------------------------------
2015.09.02 22:46:11
Q:
multiwfn计算esp最多支持多少个线程啊
A:
无数个线程
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2015.09.02 22:46:11
Q:
GPU有这么恐怖吗？你指的是多少个核心？
我用的amber14，学校穷，没有GPU啊
哈哈，学校又要买服务器了，可惜我等不上了，哈哈
照你这么说，GPU确实快了不止10倍啊
我现在2万个原子，48个core，一天也就17ns
可是一个cpu时是5分钱算，1个分子算100ns就得300多元
我要算个18个分子，老板就得花5000多
A:
/bangbangt 不如说穷才应该用GPU（用Geforce别用tesla）
Q:
对了，请教下，如果计算发现某个蛋白和一个小分子结合后，N端的无规卷曲变成了alpha螺旋，形成了一个盖子，把原来的结合腔盖住了，我不知道怎么具体分子和解释这个现象，有没有内丝的文章？大神们指点下啊，我都不知道怎么搜
其实有18个分子，和同一个蛋白，分别跑了10ns，只有14号和17号出现了N端无归卷曲变成了alpha螺旋，然后我接着对14和17号重复跑了110ns，14号重现了这一结果，而17号还没跑完110ns
所以我正准备把剩下的16个分子也都续跑100ns，看看，时间延长后会不会出现二级结构的变化
A:
/bangbangt 就用amber最后的结构在gmx里作为初始结构跑就行了，顶多考虑周全点就是把速度信息也挪过来
----------------------------------------------------
2015.09.02 22:46:11
Q:
老师，我想要模拟一个团簇吸附有机分子的过程，一般用什么动力学模拟的软件比较好
A:
AIMD层面上，高斯、Dmol3、orca等等都可以
----------------------------------------------------
2015.09.02 22:46:11
Q:
群主DOS导出的DOS_curve.txt，[图片]是否第一列是横坐标，后面几列是对应的纵坐标
A:
每一列的含义屏幕上有提示
----------------------------------------------------
2015.09.02 22:46:11
Q:
不过，你真的是女生吶~
A:
泛函本身差异太大。这个过程弱相互作用不是主导
----------------------------------------------------
2015.09.02 22:46:11
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Statile 两种说法都没有意义，不要被键径所误导。是和CO都有作用的，做个RDG图就很明显了
----------------------------------------------------
2015.09.02 22:46:11
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
一般不用excitation gap这个词，或许你是指optical gap，和band gap十分接近但不完全相同
----------------------------------------------------
2015.09.02 22:46:11
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
可以，你用sigmaplot、surfer都可以作这种图
----------------------------------------------------
2015.09.02 22:49:17
Q:
sob老师，显示方式设定是如何调出来的？mesh方式如何调出来？
A:
点右键，view-display format-surface
----------------------------------------------------
2015.09.02 22:54:16
Q:
通过AIM，如果两个原子间有键临界点，是否说明一定有共价键或弱作用？
A:
不能说一定有共价作用
弱相互作用可以说明有，但没法说明强度。
哪怕是三重态H2，弱相互作用极弱，而且又不成键，也会找到BCP。
所以只要是两个原子离得较近，往往总会有BCP，所以化学意义并不强，尽管数学意义很明显
----------------------------------------------------
2015.09.02 23:16:38
Q:
，老师，你的意思就是说RDG图是最可靠的，对吗？
老师，你的意思就是说RDG图是最可靠的，对吗？
A:
对
----------------------------------------------------
2015.09.03 06:23:28
Q:
请问，multiwfn 爆 segment fault 是内存不够么？
A:
不是
Q:
我算esp medium high 都是报错的
对，我看内存占的也不多
A:
用的什么版本？
Q:
官网最上面的版本
A:
哪个系统的？
Q:
linux
A:
尝试windows
Q:
是的，win版本medium能算。但是算不完。
A:
怎么算不完？
Q:
停在8/ 288不动了
4线程
A:
单线程也不行的话那就没什么办法了
Q:
我回实验室试试单线程吧。不行就low格点。谢谢群主了[Emoticon]
[图片]
这样的图，我想用multiwfn做，可以么？我做一个二维势能面
A:
Multiwfn作平面图仅限于程序自身产生的平面图数据
sigmaplot、surfer都可以作
----------------------------------------------------
2015.09.03 08:40:51
Q:
问大神们一个问题，如何从分子轨道系数出发构建开壳层HF波函数？闭壳层的单行列式形式很好构建，但是开壳层貌似需要多行列式，这个多行列式是怎么构建出来的？多谢！
A:
你就把alpha和beta的占据轨道放在一起构建一个行列式就行了，alpha和beta是混在一起的
Q:
但是UHF两种自旋的电子的轨道系数不一样吧？@Sobereva
A:
显然不一样
Q:
那如何混在一起？
A:
6个alpha轨道，4个beta轨道，放在一起就是10个自旋轨道，因此行列式是10行10列
----------------------------------------------------
2015.09.03 08:58:34
Q:
老师，我在找一个反应的过渡态，没算完就报错了，然后，我就拿出这个中断后的结果来算了一下频率。发现它只有一个虚频，且振动方向也是我想要的。那我能不能将这个并不是正确优化出来的结构作为我的过渡态？
不能
A:
如果freq最后是四个YES那可以用，但估计肯定不是
Q:
8能
IRC都没做
[图片]
老师，对，全是NO
不是irc的事情
A:
离TS还差不少，显然不够精确
Q:
恩恩，我找了一天
还是没找到
[图片]
老师，您能给我点建议吗
这个是我要做的反应，我猜想的过渡态
A:
拿最后结构继续优化过渡态，既然振动方向也对而且就一个虚频，说明偏离已经不远了
Q:
好的。谢谢老师！
用一下readfc吧
昂是
readfc是？
加在opt中
好的。谢谢
A:
这么点体系直接calcall就行了
Q:
哎只有八个原子
calcall可能更快
不一定
已经做过频率分析，就没必要再calcall
A:
做过频率分析只是不需要calcfc而已！
该省省，不该省别省。这么点体系calcall根本不费什么时间，反倒是用近似的Hessian，折腾半天震荡甚至报错，才真正费时间
Q:
可能更快，之前我有些结构一直找不到过渡态，后来看了群里的信息，直接用calcall几步就出来了
A:
+1
Q:
有些时候并不需要calcall才能解决，只不过你刚好用了calcall又解决了，所以才有了心理阴影
A:
calcall只会对计算结果有益，绝不可能有害！
Q:
体系大的话还是不建议，体系小的话其实不费什么时间
A:
calcall是解决问题诸多做法当中管用几率最大的
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