怎么计算一个离子通道蛋白沿着z轴孔道的回旋半径？

灵芝5 · 发表于 Post on 2022-6-20 09:59:47

您好！

我想计算一个离子通道蛋白沿着z轴中心孔道的回旋半径，用这个指令gmx_mpi gyrate -f ../../protein2500.xtc -s ../../proteinonly.tpr -p -o TM.xvg -n ../gy.ndx，

请问应不应该加-p选项？输出文件里第3、4、5列值分别是沿着蛋白x、y、z方向的回旋半径吗？

Catherine.Fu · 发表于 Post on 2023-11-17 18:27:32

您好，请问您是用xgrace绘制的图像吗请问如果使用origin 绘制Z轴的话是用最后一列吗

灵芝5 · 发表于 Post on 2022-6-20 11:42:43

感谢卢老师解答！

孔道本身是顺着z轴的，那直接看加-p选项的第5列值可以吗？

另外，想请教一下加不加-p选项，输出的.xvg文件值的含义有什么不一样吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-20 11:13:53

如果孔道本身就顺着z轴，直接看绕着z轴的回转半径就完了
如果整个蛋白是歪着的，导致孔道也是斜着的，你先看蛋白质主轴的方向，如果确实顺着孔道，那你再计算绕着相应主轴的回转半径

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