求助中性含离子体系[5+2]环加成反应过渡态搜索

大肥猫 · 发表于 Post on 2022-6-23 12:01:54

各位老师好，如附图图1为提出的[5+2]环加成机理，其中A环为含氧负离子和碳正离子的环系，其5中心4电子体系与双键进行[5+2]环加成生成图示产物。附件2为根据产物优化结构初猜的过渡态搜索初始结构，请问以下问题：（1）如附件二，结构中对于A环的氧负离子和共振的5中心4电子体系的画法是否正确合理？如果不对请问该怎么表示呢？（2）该分子整体中性，计算时电荷为0，自旋多重度为1，不需再加弥散了吧？

大肥猫 · 发表于 Post on 2022-6-24 11:25:09

妙角不脆发表于 2022-6-24 11:07
这个是不是5中心4电子我觉得不用纠结，因为你已经接触计算了。Gaussian的计算其实都是只在乎各个原子坐标 ...

好的，谢谢，我再看看文献

妙角不脆 · 发表于 Post on 2022-6-24 11:07:43

大肥猫发表于 2022-6-24 10:18
谢谢，我去看看。我在搜索的时候确实发现一个碳先连上了，然后计算过程就停止了, 但并不是normal termina ...

这个是不是5中心4电子我觉得不用纠结，因为你已经接触计算了。Gaussian的计算其实都是只在乎各个原子坐标不在乎成键的，本身就是通过量子力学的原理来进行判断的。

如果非想要从传统化学角度入手的话，可以单独把这个结构抠出来结合Multiwfn做个电荷布居分析。

大肥猫 · 发表于 Post on 2022-6-24 10:18:46

妙角不脆发表于 2022-6-23 22:17
我过去半年都在做5+2的体系。正如sob老师说的，目前不需要加弥散。

这个反应一般是先分步的不是协同的， ...

谢谢，我去看看。我在搜索的时候确实发现一个碳先连上了，然后计算过程就停止了, 但并不是normal termination。我得到的输出文件最后一步如附图3所示，有点像您说的[5+2]第一步的过渡态~
还有一个问题想请教下，对于A环的氧负离子和带正电荷的5中心4电子体系的画法是否正确呢(如下图4)？我不太确定如何表示这个氧负和碳正离子~

妙角不脆 · 发表于 Post on 2022-6-23 22:17:13

本帖最后由妙角不脆于 2022-6-23 22:25 编辑

我过去半年都在做5+2的体系。正如sob老师说的，目前不需要加弥散。

这个反应一般是先分步的不是协同的，是一个碳先连上，在连另一个碳。协同的可能找不到。
浙江大学的丁寒峰老师5+2做的比较多，他们组的文章也可以读一读。

大肥猫 · 发表于 Post on 2022-6-23 20:20:27

sobereva 发表于 2022-6-23 19:17
不用加弥散

谢谢sob老师，请问附件2中对于A环的氧负离子和带正电荷的5中心4电子体系的画法是否正确呢？我不太确定如何表示这个氧负和碳正离子

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-23 19:17:48

不用加弥散

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