求助可以形成稳定晶体结构的构象或构型选择

Mentary

老师们好，我投稿了一篇关于研究两个物质分子间相互作用研究的文章，选取了能量最低的3个二聚体构型运用IGMH,AIM,ESP,SAPT进行了分析。由于文章的背景描述的是共晶，审稿人提出了以下问题：
1) Concerning the binding: for which reason in a crystal the binding between two molecular partners should absolutely occur between their lowest energy conformers? I think that the three binding configurations (numbered I, II and III), shown in Figure 2, take place between the geometry optimized conformers of molecule 1 and molecule 2. We know that the crystal packing favors, in many cases, the conformers which do not correspond to the lowest energy.
2) If other configurations may exist and should also be considered, the binding of the molecular partners cannot be limited to the three configurations (I, II and III) of Figure 2.
我也查看了相关文献https://pubs.rsc.org/en/content/articlehtml/2014/sc/c4sc01132e，对于这些问题，自己没有好的想法，请各位老师给些建议。如下是该两种物质，红色O,白色H,蓝色氮,灰色C：

Mentary

wei 发表于 2022-7-1 12:29
二聚体甚至多聚体的结构和晶体结构相差很大的情况，非常常见。你讨论时，只能说二聚体保留了晶体中分子之间 ...

感谢您的建议

wei

二聚体甚至多聚体的结构和晶体结构相差很大的情况，非常常见。你讨论时，只能说二聚体保留了晶体中分子之间的作用特征，仅此而已。要想做晶体结构搜索，要用USPEX，calypso之类软件，即便如此，它们也处理不好分子的柔性。

Mentary

sobereva 发表于 2022-6-30 20:50
文中讨论的时候不要把话说得太绝对，好像晶体里就一定会出现当前二聚体的结合模式。用二聚体模型得到的相互 ...

谢谢社长，对于审稿人的第二个问题，我再多加点构型进行分析，但是在回复意见里我又该如何解释我接下来选择的构型的原因呢，可以通过计算玻尔兹曼分布来说明该构型的比例大而选取的吗？

Mentary

wzkchem5 发表于 2022-6-30 16:32
那就搜索更多个分子组成的团簇，如果结论和搜索二聚体相同，就说明二聚体搜索得到的结果是可以代表晶体里 ...

老师，谢谢您的建议。

sobereva

文中讨论的时候不要把话说得太绝对，好像晶体里就一定会出现当前二聚体的结合模式。用二聚体模型得到的相互作用特征，可以说成是可能的、潜在的在共晶当中会出现的作用模式。

wzkchem5

Mentary 发表于 2022-6-30 07:45
您好，我用molclus进行构型搜索了，这两种物质二聚体的构型随机产生了30个，进行结构优化后，取能量最低 ...

那就搜索更多个分子组成的团簇，如果结论和搜索二聚体相同，就说明二聚体搜索得到的结果是可以代表晶体里的情况的

Mentary

wzkchem5 发表于 2022-6-30 14:32
审稿人说的是对的。用molclus做构型搜索，重算

您好，我用molclus进行构型搜索了，这两种物质二聚体的构型随机产生了30个，进行结构优化后，取能量最低的三个进行分析。审稿人的质疑在于在晶体堆积时并不会倾向于能量最低的构型，有可能是高能构型。您有什么建议吗，谢谢

wzkchem5

审稿人说的是对的。用molclus做构型搜索，重算