用gaussian重复文献时，中间体优化后分解成两个分子的问题

liuxianbo

问题是：用文献中的方法进行中间体结构优化后，最终得到的是两个分子，求大神解答一下。
优化前：


优化后：

输入文件：
%chk=IM4y+f.chk
# opt freq b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity

IM4

0 1
C                 -4.64770700   -2.84967465   -0.17392361
C                 -3.39362300   -2.31861165    0.52539539
H                 -5.22046400   -3.50927265    0.48507139
H                 -5.31010400   -2.03232665   -0.48068361
H                 -4.39275800   -3.42201065   -1.07331261
C                 -2.56478700   -1.38965665   -0.35998961
H                 -3.67174500   -1.76938765    1.43388539
H                 -2.75632600   -3.15172065    0.84825039
H                 -2.27212800   -1.93515965   -1.27511561
H                 -3.19228300   -0.54718665   -0.69320661
O                 -1.43334000   -0.91761965    0.33471639
Al                 0.04416300   -0.14600765   -0.27640861
C                 -1.98686700    4.45641135    0.11530239
C                 -1.63037800    3.07548935   -0.44248261
H                 -3.04680900    4.68631135   -0.03245961
H                 -1.78195400    4.51897235    1.19046839
H                 -1.40614800    5.24541235   -0.37638161
C                 -0.15363700    2.71709035   -0.25413761
H                 -2.24256900    2.30373035    0.04351639
H                 -1.86110500    3.02625735   -1.51367561
H                  0.46451300    3.49526035   -0.72864861
H                  0.08796700    2.73605835    0.82159139
O                  0.16756000    1.47797535   -0.83458161
C                  5.53828300   -0.61605165    0.05102939
C                  4.17591000   -1.31594365    0.03344539
H                  6.35407000   -1.34427065    0.07902939
H                  5.67915300    0.00583435   -0.83981961
H                  5.64317900    0.03303735    0.92767139
C                  3.01598400   -0.32752265   -0.01126461
H                  4.10697800   -1.98068765   -0.83685261
H                  4.06245100   -1.95126165    0.92038139
H                  3.04931200    0.33773435    0.86161439
H                  3.08198600    0.30938635   -0.90326361
O                  1.75713000   -1.01961665    0.00217439
O                  0.17112400    0.20081035    1.81355139
H                 -0.69270200   -0.25532465    1.91371339
H                  0.84429600   -0.42314265    2.12260539
O                  0.40644700   -1.19074765   -1.82416561
H                 -0.15804700   -1.95184165   -2.00066861
H                  1.42946400   -1.33538435   -0.88828939

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2 6 1.0 7 1.0 8 1.0
3
4
5
6 9 1.0 10 1.0 11 1.0
7
8
9
10
11 12 1.0
12 23 1.0 34 1.0 38 1.0 35 1.0
13 14 1.0 15 1.0 16 1.0 17 1.0
14 18 1.0 19 1.0 20 1.0
15
16
17
18 21 1.0 22 1.0 23 1.0
19
20
21
22
23
24 25 1.0 26 1.0 27 1.0 28 1.0
25 29 1.0 30 1.0 31 1.0
26
27
28
29 32 1.0 33 1.0 34 1.0
30
31
32
33
34 40 1.0
35 36 1.0 37 1.0
36
37
38 39 1.0
39
40

liuxianbo

wzkchem5 发表于 2022-7-7 17:38
做构象搜索，或者发邮件问作者要完整的结构坐标

好的，谢谢老师

liuxianbo

fatpig 发表于 2022-7-7 17:20
很明显，你是想优化IM4，但优化出了IM5+ROH，这两个能量这么接近，很正常吧。

是的，就是想看怎样才能优化出IM4

wzkchem5

liuxianbo 发表于 2022-7-7 09:55
R基和文献一样使用的正丙基，那老师，取向不一致的话应该怎么改呢

做构象搜索，或者发邮件问作者要完整的结构坐标

fatpig

很明显，你是想优化IM4，但优化出了IM5+ROH，这两个能量这么接近，很正常吧。

liuxianbo

wzkchem5 发表于 2022-7-7 14:44
那不排除比如说是R基团的构象或者取向不一致

R基和文献一样使用的正丙基，那老师，取向不一致的话应该怎么改呢

wzkchem5

liuxianbo 发表于 2022-7-7 02:34
初始坐标应该不一样，没看到初始坐标的相关信息，我是照着文献里优化出的结构构建的，这个中间体没考虑溶剂 ...

那不排除比如说是R基团的构象或者取向不一致

liuxianbo

初始坐标应该不一样，没看到初始坐标的相关信息，我是照着文献里优化出的结构构建的，这个中间体没考虑溶剂。附图是文献中的结构

liuxianbo

wzkchem5 发表于 2022-7-6 20:36
中间体的初始坐标也是和文献一致的吗？另外文献有没有加溶剂？

初始坐标应该不一样，没看到初始坐标的相关信息，我是照着文献里优化出的结构构建的，这个中间体没考虑溶剂。附图是文献中的结构

wzkchem5

liuxianbo 发表于 2022-7-6 12:51
谢谢老师，文献里优化的分子里有这个中间体

中间体的初始坐标也是和文献一致的吗？另外文献有没有加溶剂？

liuxianbo

wzkchem5 发表于 2022-7-6 17:36
文献优化的是这个分子吗？如果不是，那这个优化结果未必是错的，因为Al本来就不是特别倾向于5配位，配体位 ...

谢谢老师，文献里优化的分子里有这个中间体

wzkchem5

文献优化的是这个分子吗？如果不是，那这个优化结果未必是错的，因为Al本来就不是特别倾向于5配位，配体位阻稍微大一点导致Al变成4配位是很可能的。
此外B3LYP应该加色散校正