环己烷的itp文件急需

reddy · 发表于 Post on 2022-7-11 21:19:32

请问谁有环己烷的amber99sb-ildn.ff力场文件，急需自己用sobtop生成的top和itp文件模拟出来的环己烷的密度在5.4左右，环己烷的密度在780左右，想问问谁有环己烷的itp文件，急用。必有重谢！

下面是我用sobtop生成的itp文件

C6H12.itp (13.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

reddy · 发表于 Post on 2022-7-12 09:42:52

牧生发表于 2022-7-12 09:07
老老实实用全原子力场，或者联合原子力场。不要混用。
amber和gaff是完全兼容的，这二者可以混用的。

好的谢谢你

牧生 · 发表于 Post on 2022-7-12 09:07:39

本帖最后由牧生于 2022-7-12 09:13 编辑

reddy 发表于 2022-7-12 08:54
那我怎么办呢，amber和gaff是不是可以混合使用呢

老老实实用全原子力场，或者联合原子力场。不要混用。
amber和gaff是完全兼容的，这二者可以混用的。

reddy · 发表于 Post on 2022-7-12 08:54:13

牧生发表于 2022-7-12 08:51
"但是我想把CH2这样一组粒子"

你是想用联合原子力场吗？？那就只能用gromos力场gaff是全原子的，不是 ...

那我怎么办呢，amber和gaff是不是可以混合使用呢

牧生 · 发表于 Post on 2022-7-12 08:51:18

本帖最后由牧生于 2022-7-12 08:52 编辑

reddy 发表于 2022-7-12 08:23
我看过我之前看54a7的力场计算环己烷，是可以的，但是不同规则的立场不能混合，就用Sobtop做了个ga ...

"但是我想把CH2这样一组粒子"

你是想用联合原子力场吗？？那就只能用gromos力场gaff是全原子的，不是联合原子力场

reddy · 发表于 Post on 2022-7-12 08:23:03

sobereva 发表于 2022-7-12 05:52
求这个没意义，恰当使用sobtop自然能得到合理的拓扑文件

先把AMBER和GAFF的关系搞清楚，具备基本常识再 ...

我看过

我之前看54a7的力场计算环己烷，是可以的，但是不同规则的立场不能混合，就用Sobtop做了个gaff力场的itp，但是我想把CH2这样一组粒子，但是还是不太会用Sobtop怎么来设置，想请问您一下这个需要怎磨设置

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-12 05:52:50

求这个没意义，恰当使用sobtop自然能得到合理的拓扑文件

先把AMBER和GAFF的关系搞清楚，具备基本常识再说计算的事
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ2

恰当使用sobtop算液态环己烷能得到5.4的密度就新鲜了，明显是自己使用的问题。
连体系结构、mdp、top这些都没有，光传个itp毫无意义。

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