求助：使用gmx rms命令计算蛋白的RMSD，显示magic number error in XTC file

hddonghao

各位老师大家好，我使用GMX跑完蛋白的分子动力学后，使用gmx_mpi rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg命令，两次组都选择Protein，出现如图所示的错误。为什么数量会出现错误呢？计算时程序可以正常跑。

若以cherish

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-13 19:19
magic number错误，magic number是xtc文件中每一帧开头的数字，正常情况下这个数字是1995，如果不是，说明 ...

前辈 您好 这个从正常部分开始续跑的命令是哪个哇 我在手册上没有找到呢 麻烦有空帮忙指导下呀 感谢感谢

hddonghao

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-13 19:19
magic number错误，magic number是xtc文件中每一帧开头的数字，正常情况下这个数字是1995，如果不是，说明 ...

好的，我试一下。本人小白一个，感谢指导，感恩感恩

Frozen-Penguin

magic number错误，magic number是xtc文件中每一帧开头的数字，正常情况下这个数字是1995，如果不是，说明文件存在异常，可能是部分缺失了。
xtc的格式：https://manual.gromacs.org/archive/5.0.4/online/xtc.html
根据图中的内容，4000帧之前是可以正常读取的，所以在命令中加上-e 40000.0，这样就不会碰上有问题的部分，如果需要分析完整的轨迹，一般只能考虑从正常的部分开始续跑，不明原因损坏的文件很难修复。