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[GROMACS] production simulation中间出现One or more water molecules can not be settled.

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Level 4 (黑子)

膜蛋白体系,在100ns production simulation中间30-60ns出现LINCS warning-One or more water molecules can not be settled. 非常诡异,之前模拟从来没有遇到过,发现出现问题的原子是在盒子边的POPC链上的原子;续跑也能接着跑完,而且结构也合理力场是charmm36,mdp放在附件,是膜蛋白常用的参数,根据sob老师的意见,发现可能是如下的问题:



1)力场:POPC我是拿charmm36的pdb和itp搞得,还有一种lipid在charmm中没力场,我是取了几个相近的拼到一块;出现了一个键缺constrain的warning,我直接-maxwarn 1了,会不会是这个力场还有键的原因导致奔溃的?但我之前做纯膜模拟是没问题的,可以持续跑200ns。

2)模拟流程:mdp感觉没有问题,都是生物体系正常的控压控温constrain和cutoff
3)服务器抽风??

麻烦老师帮忙看看谢谢

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Pro.mdp

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2#
发表于 Post on 2022-7-25 02:11:31 | 只看该作者 Only view this author
该说的http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里都说了
确保拓扑文件无误的情况下,先尝试用1 fs步长看看情况
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