公社群聊Q&A整理：2015.08.20 22 ~ 2015.08.27 00 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-4-26 18:22:32

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2015.08.20 21:51:26
Q:
大神含5,6个金属的大体系且处于高自旋态，用什么泛函和基组比较好，跪谢！
A:
B3LYP、BP86都行。基组看你计算能力。有钱用TZVP+lanl2TZ（或SDD），没钱用6-31G*+lanl2DZ
Q:
算重元素的二聚物成键，要是用CCSD的话，配合甚么基组比较好呢？
A:
体系描述不清，没法判断
CCSD明显不划算，要么加(T)，要么用DFT或者精度高的时候用双杂化
什么元素不清楚没法确定基组
Q:
锕系或者镧系的双原子体系
对于锕系和镧系元素的双原子，DFT 应该是不准确吧？
这个东西DFT算得基本没有什么用
A:
赝势基组里一般就用SDD，如果全电子相对论计算可以用SARC，也可以更贵的ANO-RCC
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2015.08.20 21:52:44
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
传了个twoplane2angle小程序，输入构成平面1的三个点的坐标，以及构成平面2的三个点的坐标，程序就会输出两平面的夹角。省得一些人装额外的程序去计算夹角。
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2015.08.20 22:25:04
Q:
求文献 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cber.19811140818/abstract;jsessionid=A765840AFDAE094A6577130969A493B7.f02t04 谢谢
A:
[图片]
Q:
这个真下不了，试过了。
A:
不可能下不了
http://onlinelibrary.wiley.com.sci-hub.org/doi/10.1002/cber.19811140818/abstract
我没试过不会发图的
Q:
com后加sci-hub.org
A:
[图片]
Q:
还是德语的
A:
我发图时不会冤枉任何人的
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2015.08.20 22:36:15
Q:
[图片]
老师我用multiwfn做了这个电子密度图，但是我不知道怎么描述这两个分子在电子密度上的差别，求您指教
就是用sob老师的的multiwfn
A:
光看这种图没用，电子密度图本身没法反映什么化学上有意义的电子结构特征
比较原子电荷更直接
Q:
谢谢Sob老师，我也在做其他的，还没有整理是说共轭连续性更好么
谢谢
A:
考察共轭问题分析ELF更直接
Q:
谢谢老师，我再试一下ELF
A:
[图片]
比如这图一看就知道两边的环共轭强
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2015.08.20 22:49:56
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
如果你是指给定序列建立结构，可以用ambertools里的NAB，也可以用
http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/bdna.jsp
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2015.08.20 22:54:32
Q:
[图片]老师，这个问题该怎么办呢？
A:
换基组啊
Q:
那老师，应该更换更大的还是更小的呢？
A:
不是大小的问题，是基组定义的元素范围的问题
Q:
这个分子里有In原子
看来得去基组库看看了
A:
Lanl08或lanl2DZ、SDD、cc-pVnZ-PP、def2系列等等都可以用
还有SBKJC、UGBS、WTBS、ANO-RCC、CRENBL等等乱七八糟的
Q:
老板就是想知道In-In键长是多少
A:
体系小的话你就用def2TZVP就挺好
Q:
In2H6
类似乙烷
A:
那def2TZVP没问题，也很理想
Q:
我用老师推荐的基组，看来老板也糊涂
A:
第四周期是个分水岭
Q:
老师，一般方法就行B3LYP就可以把
A:
def没法用，只有前四周期。
def2对前四周期都是全电子基组，之后都是赝势。def2除了最后一个周期和镧系锕系没有外全都能用
Q:
我们老板开始要我用6-311+g(d)这种基组
A:
这种都是给轻原子用的，基本只有前四周期
Q:
我们组就没怎么用过第四周期之后的元素，就感觉波普尔基组就吃遍天下了
[图片]老师，优化出来的In2H6的分子居然变成了这样，这合理吗
这分明是两个自由基
觉得是方法比较低级吧
A:
文献中有这个体系的结构没？
Q:
老板说就是想用这个来看看In-In键之间的键长
估计也没有这个分子
A:
你先搜文献，看看是什么结构再说
注意考虑乙硼烷的结构
你直接算个二聚体In2也行
Q:
老板说是类似于乙烷的结构，我就按照乙烷的结构进行的优化
哦，In2就是两个铟原子的键合是吧
A:
太想当然了。B2H6有氢桥，和乙烷结构差老远
In和B都是第三主族的
对
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2015.08.20 23:04:49
Q:
老师，linux版的Multiwfn，要用并行的话，只需要修改setting.ini中的nthreads=24，然后直接在命令行调用Multiwfn，它就会自动调用24个核心吗？
A:
然
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2015.08.20 23:08:03
Q:
请问什么软件能模拟红外谱图？
[图片]
还有人之前问过这个图用什么能画出来？
A:
Gaussian、orca结合multiwfn
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
Q:
这三个就能画出上面的那个图么？
好的，我看看，谢谢sob老师
A:
easy
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2015.08.20 23:26:22
Q:
[图片]这个错误是为什们
A:
空格啊
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2015.08.21 00:08:02
Q:
请问，有谁有gaussianview的windows破解版，能否共享一份
A:
群共享里就有
Q:
我想问一下，这个版本没有序列号，没办法破解@Sobereva
A:
文件名里赫然写着注册码
Q:
不过那个注册码好像是无效的
A:
不可能无效
Q:
真的，是的
我刚才试了真的显示无效的注册码
A:
截图
Q:
[图片]
无效注册码
好的
A:
看来你英语太差
想起来培训班还有学员抱怨为什么gview没中文版
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2015.08.21 00:33:28
Q:
请问我在用kithelp时发现irc得出的ts+1的结构的虚频绝对值大于ts的虚频自由能也更高这个怎么办？ts是用ts方法得到的
A:
正常情况。这时适合变分过渡态理论
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2015.08.21 00:37:54
Q:
,老师，你的公社邮箱里面有没有这本书？Advanced Structural Inorganic Chemistry (International Union of Crystallography Texts on Crystallography)
我记得我好像之前看过，但是现在又找不到了
A:
索引里搜得到就有搜不到就没有
Q:
，你印象有有没有？
A:
别问我，问索引
Q:
好吧
A:
[图片]
怎么老是用“好吧”，这几天都看见无数好吧了
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2015.08.21 00:58:25
Q:
请问，s2p2的电子排布，2个p轨道上的电子，是每个电子排在一个p轨道，还是1个电子排一个p轨道呢？[图片]
A:
屏幕范围截大点，让我能看到你的输入
看错了
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2015.08.21 01:10:55
Q:
Checkpoint file? formchk a1111.chk a1111.fchk
Read checkpoint file formchk a1111.chk a1111.fchk
Write formatted file formchk a1111.chk a1111
Missing data for FChkPn.
Error termination via Lnk1e at Thu Aug 20 10:41:20 2015.
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 0000000000686148, rcx ffffffffffffffff
rdx 0000000000003086, rsp 00007fffe1d4d3b8, rbp 00007fffe1d4d410
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000003086, r8 00002b3407ad9070
r9 0000000000000000, r10 0000000000000000, r11 0000000000000206
r12 0000000000000001, r13 0000000000000000, r14 0000000000000001
r15 0000000000000000
--- traceback not available
已放弃老师，chk转化为什么会这样
A:
[图片]
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2015.08.21 02:50:52
Q:
n(R)和n(TS)指的是反应物和过渡态结构的手性异构体数目，是指几个手型C原子吗，怎么查看啊，老师@Sobereva
A:
记不清了，可能是2^n，n是手性原子数目
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2015.08.21 03:06:05
Q:
哪位好心人有DNA的力场文件谢谢了
A:
amber、gromos、charmm力场就有DNA参数
Q:
我在gromacs用了 [图片]
A:
你先检查rtp文件，看里面相应残基的原子名和你pdb文件里的是否对上
Q:
你可以在群里问问，DNA上的碱基有没有可能对应gromacs力场里的一种残基
A:
就是作为残基来处理的
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2015.08.21 03:21:08
Q:
Sob gmx 能否计算摩擦力？
A:
不太适合
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2015.08.21 03:46:14
Q:
请问我下载的晶体结构数据为cif格式，怎么转换成高斯识别的格式gjf啊
A:
gview本身就能读cif
有时读不了，可以先载入到MS里面，处理一番得到你最终要算的分子的结构
Q:
请问sob、
老师，请问高斯计算晶体的能力到底怎么样
渣
就不能算吗？
还是可以算简单的
A:
一维不错，二维能忍，三维没使用价值
Q:
当然能算了
就是结果不能用
A:
能用
Q:
[Emoticon]
A:
优化、计算gap都是可以的
Q:
可以研究CaSO4晶体表面的化学反应机理吗？
过渡态
老师，是不是计算晶体的一般都是用MS，这个比较准确？
A:
不能。高斯PBC只能做HF/DFT的单点和优化
Q:
castep或者vasp吧
A:
MS里的CASTEP或Dmol3、VASP、quantum espresso
Q:
哦哦，怪不得找不到高斯算晶体反应的文献
那还想请教老师，好多用团簇代替晶体研究晶体反应的，像金属氧化物这样的文章有很多，但是为什么我没找到我说的类似CaSO4这种离子晶体用团簇代替来研究的文章呢
嗯，谢谢老师
优化、计算gap都是可以的。老师这句包括二维三维的晶体么
A:
包括。但是多一维计算耗时就多一个数量级，三维奇慢
原理上可行，可能是实际应用意义不太大吧
Q:
哦哦，谢谢老师的指点，是不是说团簇代替晶体很多情况下都是不准确的呢？
A:
你取得够大就没事
Q:
那么您说意义不大指的是？可以用其它软件发挥其它软件的长处？
A:
我是指研究这种体系这种问题的现实价值
如果没人做又有意义你可以这么做
Q:
哦哦，谢谢老师。那还是说用高斯算气体分子是它的长处呗
A:
所有量化程序主要处理对象都是孤立体系
Q:
孤立体系，您说的是这个意思吗？孤立体系是体系与环境之间既没有能量传递，也没有物质传递的一种体系。如果不对，您给解读一下，麻烦老师了
A:
就是指分子、团簇这类
0维
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2015.08.21 04:27:22
Q:
请问使用kisthelp软件在vtst方法得到的能垒高于tst方法下得到的这个结果合理吗
A:
以自由能来定义势垒，这是正常的，VTST本身就会在IRC上找自由能的最大点，因此这样的点的自由能会高于TS结构的自由能
Q:
一直跳warning 说虚频被去掉了这个要管吗
A:
虚频肯定是不计入热力学校正量的计算的，如果是这种情况就不用管
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2015.08.21 04:49:53
Q:
[图片]请问一下，如图所示的分子想要寻找能量最低点该如何写输入文件呢
是要扫描势能面么
A:
是
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2015.08.21 04:50:35
Q:
[图片]老师，各个能垒的数据已知（实验得到），图中这些过渡态点儿的（如T1，我自己标的）或者曲线是怎样画出来的，是否除了量化没有其他方法。（这是一篇文献里的图，但是文中并没有提到过渡态搜索，因此不确定）
A:
算各个极小点的能量，结合势垒数据，画出来。必须用量化
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2015.08.21 04:55:01
Q:
Sob 老师请教一个计算PMF的问题！我如何才能保证我的PMF曲线像文献中这样是从0开始的,文献图：[图片]我的：[图片]是我的平衡时间不够吗？同时像这种对称体系，利用g_wham分析时加上 -sym 是否可行？@Sobereva
A:
什么叫从0开始？
Q:
就是曲线在两端的初始值！（我看文献中的PMF曲线均是如此），我暂时不知道这种说法对不对，或者是我的做法有问题
A:
很远的地方出现几率为0，自然也就是0了
可以从轨迹上考察粒子的运动范围
Q:
“可以从轨迹上考察粒子的运动范围” 不理解是什么意思！平衡的时间不够吗？
A:
你先把横坐标范围弄大看看吧
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2015.08.21 05:25:12
Q:
sob老师 orca里怎么把gbw文件转成molden
A:
Multiwfn手册第四章开头介绍了
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2015.08.21 05:36:50
Q:
老师，我用gromacs-4.5-x86建立了一个emptybox.gro ，然后向其中添加四个水分子时用的命令为genbox -cp emptybox.gro -ci H2O.pdb -o H2O_box.gro -nmol 4，但提示错误信息为[图片]；空盒子里面的内容为[图片]，请问出现错误提示的原因是什么?
A:
路径不对
Q:
[图片]老师，图中1，2，3，4代表4条可能的反应路径，A是两个自由分子，C是两个分子形成的中间体，TS为过渡态。我不明白文献中的图都是中间体比反应物的低，为什么我的1C,3C,4C能量比反应物高呢，可能在哪儿出错啊@Sobereva
A:
算得有问题
Q:
可能在哪儿出错，是方法/基组，还是别的原因，请老师给点建议
A:
方法不适合描述分子间相互作用，或者模型不合理
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2015.08.21 06:01:35
Q:
有没有可能，C就是高能的分子呢？
A:
中间体是会可能高于反应物，但首先这图做得不对，没考虑两个分子形成的复合物
Q:
A的两个分子是单独算的，还是放在一起算的呢
一起算的，我感觉可能是sob老师说的，没有考虑弱相互作用
对啊，也不知道A到底是啥
C是啥样的
A:
你这中间体太含糊
不看结构没法说
但不管怎么说，这图肯定不对
Q:
A 和 C 之间是否还有过渡态呢？
A:
如果最左端A就是复合物，那么和C之间肯定还有TS
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2015.08.21 06:14:59
Q:
[图片] 群主，这种残基你看到过没有，cyx-s，这好像是作者自己定义的吧，amber里面没有这种残基的参数，是否需要自己去建立这种参数。
A:
没印象
看看结构，如果非标准的就先网上搜，搜不到就自行想办法
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2015.08.21 06:46:23
Q:
各位老师好，我是用castep软件计算的，这个软件的波函数分析是不是用不了啊？
A:
只有极个别的分析能用，诸如基于格点数据进行分析、promolecular近似下的RDG分析等
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2015.08.21 06:59:59
Q:
特效解毒药有：
①硫代硫酸钠：是利用其中之硫与cn-结合成无毒的硫氰化物，由肾脏排出;
②亚硝酸盐类：是使血红蛋白转变为高铁血红蛋白，从而夺取cn-形成氰化高铁血红蛋白，减少cn-与细胞色素氧化酶的结合，恢复细胞呼吸，起到缓解中毒的作用。由于氰化高铁血红蛋白仍将解离，放出cn-。若中毒不重，陆续解离出的cn-可被机体自身转变为无毒的硫氰化物，排出体外;若中毒较重，仍需再用硫代硫酸酸钠;
③美蓝：大剂量注射亦可使血红蛋白转变为高铁血红蛋白，且美蓝含硫原子，故有解毒作用。
④含钻的化合物：钻与氰离子生成无毒的氰钴化物，且钻与氰的亲合力大于细胞色素氧化酶与氰的亲合力，所以含钻的化合物如羟钴胺(与氰生成氰钴胺即维生素b12)、依地酸二钻(co2edta)、氯化钻也是氰酸中毒的有效解毒剂。
爆炸区有包括硝酸铵、硝酸钾在内的氧化物共有1300吨左右；金属钠、金属镁等易燃的物体有500吨左右；以氰化钠为主的剧毒物700吨左右。
这个数字，好吓人啊
A:
[图片]
Q:
副群是哪个呀？
不怕死的都去吧！！
A:
群公告、群共享里规章制度都写着
奇怪为什么没人看
Q:
因为都很懒
好吧好久没看群里东西了谢谢提醒
哈哈..
你是故意的吗？@兰花草
A:
[Emoticon]
Q:
调解大家气氛
目测群主一定是处女座...
A:
以后说一次好吧记一次黄牌，两次就踢
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2015.08.21 17:24:41
Q:
请问Gaussview里面可以自己生成分子的对映异构体吗？
A:
可以做镜面翻转edit-mirror invert
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2015.08.21 18:04:14
Q:
有谁用过黎书华老师的LSQC吗，看上去能算大体系，但是好像很少有人用？谁能介绍一下相关情况吗？谢谢！
A:
那个估计主要是推广不够。可以自行试试，据索兵兵说算大体系还算有用。
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2015.08.21 18:24:08
Q:
在高斯09中，自己用ub3lyp/6-31+G(d,p) 和ub3lyp/def2TZVPPD来优化带2个电子的小分子，优化出来的结构，差异很大，用基组6-31+G（d,p)优化后，可以明显看到键的断裂，但用基组def2TZVPPD优化则不会，遇到这种情况，该如何取舍？
A:
以大基组为准。def2TZVPPD比6-31+G**大太多了
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2015.08.21 18:31:05
Q:
请教大家一个问题，用高斯算出频率之后，如何一次性显示出来，或者把频率值提取出来
弱弱的问一下，影响电离能大小的因素有那些？先谢谢大家了！
A:
你可以用Multiwfn载入输出文件，然后进入绘制光谱的界面里选-1，这样所有频率连同振子强度就直接输出出来了，一行对应一个频率，可以很方便地拷出来
这种格式
Index Freq.(cm^-1) Intens.( km/mol esu^2*cm^2)
1 215.88210 0.52110 0.20789
2 364.48580 3.61640 1.44275
3 410.81750 4.43180 1.76805
4 783.30090 6.81030 2.71695
5 856.47320 35.76950 14.27013
6 913.39830 2.62990 1.04919
7 986.11100 14.68900 5.86013
8 1047.30610 7.16180 2.85718
9 1139.99370 7.01900 2.80021
----------------------------------------------------
2015.08.21 18:31:05
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
跟电子结构有关系，比如乙烷的电离能比乙烯明显要大，因为sigma键比pi键能量低得多
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2015.08.21 19:03:54
Q:
和大家讨论个问题，Based on the first-principles of density-functional theory (DFT)这句话对吗？DFT可以说是第一性吗？
密度泛函是近似的，是第一性？我怎么听人说过这个不算第一性呢
对，化学上从头算，但是我记得有人说过这个密度泛函不是第一性
A:
DFT算第一性原理，基本上搞周期性计算的都用DFT，这都不算第一性原理的话那第一性原理这个词就没东西了。但是搞量化的人有时不把DFT当ab initio。
----------------------------------------------------
2015.08.21 20:12:51
Q:
EMSL中两个LANL2DZ ECP，一个适用于O，一个不适用，赝势说明不用特殊形式吧？
A:
根本没必要赝势，而且必须得加弥散函数。这种体系6-311+G**还凑合，ma-TZVP不错，aug-cc-pVTZ很理想
----------------------------------------------------
2015.08.21 21:25:46
Q:
求问sob老师 IRC的第一步一直不收敛怎么办
Pt 1 Step number 1 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 2 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 3 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 4 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 5 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 6 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 7 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 8 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 9 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 10 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 11 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 12 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 13 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 14 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 15 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 16 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 17 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 18 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 19 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 20 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 21 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 22 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 23 out of a maximum of 80
Pt 1 Step number 24 out of a maximum of 80
A:
用LQA
Q:
用LQA之后往外跑了一个点就正常结束了是过渡态的势能面太平了？
A:
和平不平没必然关系，TS定位绝对准确就不会有这个问题。
可以先试试大步长，比如stepsize=20~30
----------------------------------------------------
2015.08.21 23:28:21
Q:
有个问题想清各位老师帮忙解答一下看有的文献中物质的低空轨道和高占轨道的能量差E L-H 越大说明该物质越稳定，反应活性越低。能量差是5.33ev，这个值是大还是小？有没界限值呢？
这文献是一个实验的人做的吧[图片]
说明了它的HOMO-LUMO的差值 [图片]
你不说具体问题也没法分析
反正温度性和这个没有直接关系
稳定性
因为蓝光材料 gap大，而且不太温度，实验上就有一帮人说 gap大材料不稳定。。
A:
参考这两个帖子和回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
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2015.08.21 23:37:37
Q:
[图片]上面这个是chemcraft画的图么？
A:
可以画出来
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2015.08.21 23:50:53
Q:
老师，请问对一个C3v对称结构优化的时候，不可约表示在log文件中变成了这样，说明什么？怎么调整呢？[图片]
那么多问号？
老师，请问对一个C3v对称结构优化的时候，不可约表示在log文件中变成了这样，说明什么？怎么调整呢？[图片]
A:
你看看当前步的对称性是否还判断为了C3v。如果还是C3v，你可以通过轨道图形来自行判断不可约表示。有时因为高斯自己的方法问题没法确切判断于是就有了问号。
----------------------------------------------------
2015.08.22 00:13:23
Q:
我用NBO6算了苯各个轨道的NICS值，并且跟fchk的轨道形状对了一下，五个吻合，但是fchk找不到最高反键那个轨道，找不到第六个轨道，请问有知道的吗
A:
你是指什么轨道？MO还是NLMO？
Q:
[图片]
这个轨道。MO
A:
fchk里的MO不可能没有最高pi反键轨道
Q:
我往上面LUMO找了好多
A:
什么基组？
你用B3LYP/6-31G*算一个单点，肯定能找到这个轨道
----------------------------------------------------
2015.08.22 00:22:05
Q:
请问一下通常提到的LDA是不是就是指LSDA(Local Spin Density Approximation),如何在在高斯中计算，关键词就是LSDA？谢谢
A:
说LDA的时候默认就是指LSDA
LDA是一类，有不同的形式，比如SVWN、SPWL
一般就是用SVWN，高斯里可以直接这么写
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2015.08.22 01:05:02
Q:
请问大神们，amber里面好多的限制，都是用的NMR restrain，遇到了很多次，就是没找到具体的定义，，“NMR restrain”到底指的是什么？
NMR代表什么？核磁共振？为何叫NMR restrain？
我只是好奇为啥这种限制叫做NMR restrain，NMR是代表（nuclear magnetic resonance）吗
那为何那种限制叫做NMR限制呢？这个NMR这种技术有什么联系吗？
A:
/bangbangt 因为根据NOE效应，NMR实验测出来的是氢原子之间的距离，因此模拟的时候可以利用这些实验数据来限制原子间距离。这类距离限制也因此可以叫做NMR restraint了。
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2015.08.22 01:36:22
Q:
[图片] 请大家帮我做一份社会调查（宠物领养），谢谢各位大老爷们
【注：不是广告！！！】
http://wj.qq.com/survey.html?type=survey&id=123268&hash=1e4a
A:
群里还是不要发这样的信息
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2015.08.22 03:00:28
Q:
......Elaine老师这样说，大概就明白你感兴趣的点了...
哈哈哈我是对长程的大型的过程比较感兴趣你不觉得很神奇吗为什么会这么自发有趣精确
人工构造和设计的机制都要向自然的生理过程学习
我觉得很神奇，而且大概以后都会朝那个方向努力...
[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
据说用这个手势的大部分是男生，或是女汉子...
[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
摇滚青年，你好...@eternity
[图片]
这不是加油的意思? QQ使用障碍至今觉得在群里@人好麻烦
轻度障碍
你用了三个太阳的qq了，看来这与时间没多大关心...
三个太阳只能是暴露年龄
要想显得年轻
哈哈哈是不是暴露了岁数遥想小学在家拔电话线上oicq
就得搞个十位的号
然后再搞个非主流的QQ名然后搞一些奇奇怪怪的签名
就妥了
噢酱啊造了
我其实挺喜欢现在这些小孩子的....
有没有显得年轻点哈哈哈哈
机智...
Elaine小朋友...
表叫伦家
少年天才，学界新星
我们在这样聊无关学术的东西，是不是不太好...
A:
偶尔一聊可以
Q:
是啊似乎应该去副群但副群现在跟个后宫一样按捺着一颗八卦的新想静静的看剧情发展不想打断
我这两天一直做实验，周末抽出时间来看书了...到时候再和你聊了，上次和你聊的很开心....@xubowang
A:
你们也可以建个小群啊
看好你们俩
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2015.08.22 04:20:29
Q:
sob老师，我看了你的帖子：CPU（散片）：i5-4670(四核3.4，6MB，集显) 1350 或 XEON E3-1230 v3(四核八线程3.3，8MB，无集显) 1400
显卡：CPU集显或旌宇GTX770 Super狂版 2G 1899 或耕昇GTX970赵云版(4G) 2499
散热器：九州风神大霜塔普通版 199
主板：映泰Hi-Fi Z87W 618
硬盘：希捷 2TB 64MB SATA3 550
固态硬盘：影驰战将 240GB 599
内存：2/4*8G Kingston DDR3-1600 440*2/4
电源：康舒上品550（额定550W）279
机箱：撒哈拉走线大师GL6 159
光驱：先锋 DVR-221CHV 125
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装 85
总价：约4800 （集显+16GB时）
现在买类似的计算机是否有最新的配置。
A:
没什么可改的。
现在计算机发展很慢，也就是价格变变
Q:
[计算机购买] 高斯软件并行效率实测与购机建议，还有一些胡言乱语 [复制链接]这篇文章里面的配置性价比如何
华硕（ASUS）B85M-E 主板(Intel B85/LGA 1150)
英特尔（Intel）酷睿四核i7-4770k Haswell全新架构盒装CPU（LGA1150/3.5GHz/8M三级缓存/84W/22纳米）
（主板和CPU套装价格为2608元）
华硕（ASUS） R9270X-DC2T-4GD5 1120MHz/5600MHz 4GB/256bit DDR5 PCI-E 3.0 显卡 1499元
金士顿(Kingston)骇客神条 Fury系列 DDR3 1600 16GB(8GBx2条)台式机内存(HX316C10FK2/16)蓝色 1099元
两块金士顿(Kingston)V300 240GB SATA3 固态硬盘 699元*2
西部数据(WD)绿盘 2TB SATA6Gb/s 64M 台式机硬盘(WD20EZRX) 529元
酷冷至尊(CoolerMaster)V650S额定650W电源(80PLUS金牌/半模组/静音/主动式PFC/支持背线/质保5年) 649元
酷冷至尊(CoolerMaster)毁灭者经典U3升级版游戏机箱(ATX/USB3.0/背走线/电源下置/支持SSD/LED风扇)黑色 199元
三星（SAMSUNG） SH-224DB 24速串口 DVD刻录机（黑色）106元
总额8087元
A:
没有任何优势。ATI的显卡以后要跑CUDA的程序还跑不了。俩固态硬盘完全没必要。硬盘用西数绿盘的话速度太慢。电源完全没必要用那么贵功率那么大的。
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2015.08.22 04:26:50
Q:
对了，如果可能的话在sob老师的基本配置上使用i7处理器是否对提高计算效率有帮助呢？
A:
这点在这个贴子里专门谈了，不要管i5、i7的标号
单路计算化学攒机配置推荐
http://sobereva.com/243
只看架构、频率、核数
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2015.08.22 04:55:35
A:
以后立个规矩，说两次“好吧”，永远不再回复其问题
而且前一两天刚批评过，又来
Q:
直接禁言[Emoticon]好烦
可以考虑三次，所谓事不过三嘛
A:
两个黄牌=一个红牌
Q:
呀忘了群主为什么不让说“好吧” 呵呵
大家都很反感这两个字？
A:
群共享-思想家公社群规章制度
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2015.08.22 06:38:33
Q:
[图片]我该怎么把这个蛋白质分子移到孔的中心线上呢
A:
Chan mouse-move-molecule，然后拖动分子到窟窿那里
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2015.08.22 08:39:22
Q:
请问我跑完MD后，将xtc文件用vmd软件转化为XYZ轨迹文件保存后，xyz文件大小怎么是0kb?
A:
看看命令行窗口的提示
Q:
[图片]是不是没有选这个啊，但我把元素符号写进去后提示是无效的输入，应该怎么输入所选择的原子呢？
A:
all
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2015.08.22 17:11:02
Q:
请问磷酸的磷谱用什么基组和方法算出来和实验值比较接近，每次计算出来结果都不一样，谢谢
是的，用软件算NMR
要用磷酸做标准，计算其他分子中P的核磁谱图
A:
方法最好用MP2，能用CCSD更好。基组用pcS-1或pcS-2。视体系大小和计算能力而定
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2015.08.22 17:36:08
Q:
AdNDP分析时，我看sob老师用的是.out的文件分析，我用高斯测试了那个Li5团簇的例子，但是好像高斯只输出了,log文件，是不是还需要输入文件中的别的参数，才能得到.out的文件，高斯刚开始用，还有很多地方不懂
哦，[图片]老师的这个例子。我刚才试了，对就是名字的问题而已，我还想问一下，最后一句是什么意思
我自己刚才试了，高斯输出文件里面没有[图片]这个，我该如何设置才能输出这个呢
A:
log和out是一码事，用哪个都行
DMNAO输出以NAO为基的密度矩阵，AONAO输出NAO向高斯基函数的展开系数
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2015.08.22 19:09:49
Q:
sob老师，我算弱相互作用有没有必要引用含g角动量的molden文件
当我没问，刚刚是我看错行l ~
自己想通了~
我也发现用orca的很少啊~
我没用mpi
A:
看你用什么理论方法了。像DFT这种不需要高角动量极化函数，用6-311+G**就还可以，对主族才涉及到d。而后HF需要高角动量，但即便对于cc-pVTZ来说也只有过渡金属才涉及到g
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2015.08.22 19:33:13
Q:
请问哪位有MOPAC2012 lisence 谢谢
A:
自行申请，很容易
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2015.08.22 21:56:00
Q:
[图片]
A:
有骨气
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2015.08.22 22:56:28
Q:
请教一下大家：要用SMD模型来考虑溶剂化效应，该怎么做？输入文件怎么写？其结果对应的是体系的总能量，还是溶剂化能？
A:
scrf=SMD
直接给出的是溶剂下的能量，和气相下求差值才是溶剂化能
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2015.08.22 23:40:15
Q:
请问一下，MOPAC运行蛋白质的时候显示，
Data set 'post-in-cac-em-1' exists, but is much too large to run.
然后报错停止，这是什么原因呢？
我看了一下似乎是默认分配内存不够，用什么办法分配更多内存呢，似乎关键词也没有用于分配内存的
A:
直接写信给开发者，回信很快
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2015.08.23 00:23:33
Q:
求教一下各位查看弱相互作用体系的静电作用用Hirshfeld电荷好还是AIM电荷好？
A:
都特别不好！见群共享里原子电荷计算方法的对比里的讨论。只有对静电势重现性好的诸如拟合静电势电荷、ADCH才能合理描述。
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2015.08.23 00:41:52
Q:
请问群共享twoplane2angle有什么用途？
A:
计算两个平面夹角的小程序
http://sobereva.com/302
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2015.08.23 01:08:48
Q:
Gau_External
gaussian外部程序有哪位用过，找了半天没找到什么例子
不是oniom低层调用外部程序
没看到这些离子
A:
做色散校正的postG程序利用了g09的external，你可以参考
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2015.08.23 01:58:54
Q:
想请教一下4个核计算350个左右的体系，优化，在BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2-SVP/J水平下计算大概要多久的时间
A:
你实际算一下看一步花多长时间。实际耗时约为其几十倍。这还是很耗时的。
Q:
好的，谢谢老师
我是看了sob老师那个帖子，根据他推荐的
A:
那个推荐的是算单点，优化耗时高一个多数量级。
最好先用半经验预优化一下
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2015.08.23 02:14:43
Q:
群主，noarchive这个关键词是什么意思，手册没看到
A:
对结果无影响。noarchive就是不输出末尾那一大串汇总信息
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2015.08.23 03:15:16
Q:
请问您怎样才下载到Nature或者是science上的文章，
A:
没权限就用sci-hub
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2015.08.23 07:22:24
Q:
老师好，CP矫正前后的结构不一样了怎么办？举个例子：研究弱相互作用力的时候，CP矫正前有一个键径是从A原子到CO2的C，而加了CP矫正后键径就变成了A原子到CO2的O，而且无论怎么变结构都得不到没加CP的情况。请问这个该怎么办？还是只能重新构造结构，期待着他会出现nonCP的那种情况。
A:
做AIM分析时（导出波函数文件时）别做CP校正
Q:
老师是回答的我的问题？
A:
对
Q:
那也就是说研究弱相互作用力的时候，我做个bcp的图，也就是通过multiwfn搜索bcp找出键径作图，用非CP的就可以了是吗？
A:
波函数分析和counterpoise校正完全是两码事
不相关的东西不应搅合在一起
Q:
谢谢老师，看来得重新整理下思路了。
老师，还有个关于键径的问题，我想问一下上次讲到键径相连的两个原子不一定成键，但是是不是成键和这两个原子之间存在相互作用必占其一？键径不相连的两个原子一定没有作用？
A:
不是。比如
[图片]
[图片]
所以，没有键径也可以有弱相互作用
只能说没有键径一定没有化学键
Q:
对啊，上次这个也讲到了。那可以用其他什么来判断？就像上面的氢键如何判断它存在氢键。
A:
RDG啊
[图片]
Q:
老师，RDG也可以验证卤键的存在吗？
A:
可以
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2015.08.23 17:33:42
Q:
老师，我用解析法计算得到的gamma值和通过SOS得到的不一致，我应该信任那一个呢？
而且系列值的变化规律不一样
A:
信导数方法的
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2015.08.23 21:22:21
Q:
我自己买的计算机就简单装个高斯程序，想建一个东西，如建一个特定的目录，随时把要计算的任务放入这个目录中，计算机就按照顺序计算。最关键的算可以随时添加计算任务。
虽然网上有一些批处理的程序，比如：
#!/bin/bash
for inf in *.gjf
do
logf=`echo ${inf}|tr "gjf" "log"`
g09 < ${inf} > ${logf}
done
但是我感觉这个批处理不能把窗口关了，而且计算效率好像不如自己投的。
我计算机装的g09投任务格式为：g09 xx.gjf &
求高手指点！
A:
窗口可以关，跑时候应该比如nohup ./batch.sh &弄后台跑去，并且用exit退出窗口。效率和这个没关系。
可参考此文
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258
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2015.08.23 21:44:37
Q:
谁模拟过氮化硅膜的求指导
氮化硅在gromacs用什么力场的
A:
没有专门给这个用的力场，只能到文献里搜参数，没有的话就凑合猜一个
Q:
chammer 和oppl都不行
charmm 和 opls
w
不影响理解就好
A:
那些力场根本就不可能恰好专门给这种体系有参数，尤其是charmm本身是生物力场，哪可能有无机物的参数
Q:
好吧谢谢老师
A:
[图片]
记黄牌一次
Q:
[图片]上面刚刚讨论了这个问题
A:
[图片]
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2015.08.23 22:02:54
Q:
wb97xd中第一个字母是w还是ω呢？在很多文献中是ω，但在GV中是w，它俩是不是一回事啊？
A:
应当为ω，但是量化程序里没法这么打，所以用w代替
Q:
哦，那为是什么在一些资料中是ω，是错写还是？
GV中就是w
A:
都说啦，就应该是ω
Q:
哦，谢谢老师
A:
图省事、显示不出ω的时候当然就写w了
Q:
好，娃娃也是老师啊
三人行必有我师，管它是master还是doc.
A:
对
Q:
[图片]我每次提交作业时，老出现这错误提示，但我认真核对了输入文件，就是找不出原因，麻烦老师帮我看看吧？谢谢
A:
写wb97xd
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2015.08.23 22:02:54
Q:
老师，我还有一个问题就是将xtc,文件转换为xyz时，xyz文件大小还是0kb,我还是没搞清楚原因，请老师再看看吧，这是我的输入界面[图片]，xtc文件大小为18kb
A:
你现在在VMD里能正常看到轨迹动画不？
Q:
看不到
A:
先载入gro文件，再把xtc载入到同一个id里，VMD里能看到轨迹你才能再保存成xyz轨迹
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2015.08.23 22:03:45
Q:
[图片]
老师，请问这个电子密度填色图中左边和下面的坐标分别表示什么？
A:
就是相对于作图平面原点的距离
Q:
左边坐标和下面坐标都是？
A:
对
Q:
老师，我想问下这个图是什么的等值线图？我忘记怎么画出这个图的了··
[图片]
A:
不好说
密度差是肯定的，但不确定你怎么作的
Q:
我再看看教材当时上课学习做的图，现在忘记怎么做了谢谢老师！
有教做这种图的课？
A:
[图片]
手快的话用Multiwfn这种图几秒钟就能做出来
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2015.08.23 22:16:22
Q:
请问老师，用gromacs跑md之前的能量最小化，物质跑出了水盒子，这应该怎么办，谢谢老师
A:
在PBC下这是正常的，不碍事
Q:
谢谢老师了，可是为什么没关系呢？
A:
为什么有关系？
用了PBC，跑出去不带表外面就是真空了，只不过回到盒子另一侧而已
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2015.08.23 22:34:43
Q:
什么时候再有这课
我也想去提高自己
A:
待定
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2015.08.23 23:57:20
Q:
first 自由基是表示本身有未成对电子，电荷则是核外电子数与核电荷数不一致所致。两者没有必然联系。就刚才讨论话题，乙烷裂解分异裂和均裂，均裂产生两个甲基自由基，《异裂产生一个阴离子自由基和阳离子自由基（这部分我没有把握）》。
A:
乙烷的异裂就不是阴阳离子自由基了，就是闭壳层的阴阳离子，相当于NH3和BH3的等电子体
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2015.08.24 00:51:09
Q:
老师 Gromacs现在在生成索引文件时候要固定薄膜四周的原子请问我该怎么选
或者怎么知道要固定哪些原子的编号
A:
你在VMD里建立个新的显示方式，用显眼一些的颜色比如黄色，然后在selected atoms里不断尝试合适的选择范围定义方式，直到满意。然后用atomselect命令将这些原子选上，之后用诸如atomselect0 list将选中的这部分序号输出出来，弄到gmx的index文件里即可。
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2015.08.24 01:10:13
Q:
老师好，为啥我做出来的DOS图，homo没有歪曲点呢[图片]
A:
什么叫歪曲点？
没有峰的话，把FWHM调小再看看
Q:
就是很明显看出来homo的，也就是没有峰
A:
FWHM大的时候，如果-0.25a.u.那两个态（特别是如果是简并的，算多个），展宽出的峰会把HOMO的淹没
Q:
请问FWHM是什么
默认的好像是0.05 au
[图片]
A:
[图片]
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2015.08.24 01:26:01
Q:
[图片]
请问这种图是怎么做出来的？
多谢！
请问chemdraw里怎么显示纵坐标？
以前在chemdraw里画图，G值相对大小是估计的，不够精确。
所以我想找上图这样能精确反应G值的方法。
[图片]
自己用ORIGIN画的,感觉跟文献插图差很多
A:
连线要自己用origin里的画线工具连接横杠，别用那种作曲线图的方式
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2015.08.24 02:02:20
Q:
问一下，如果想用Gaussian拟合键参数该怎么做呢？
我想拟合某个键的键能参数，求键能公式中E=k/2[(L-L0)(L-L0)]中的L0，L0为其他能量项为0时的值，这个用Gaussian怎么算呢？
A:
扫描键长得到势能曲线，然后拟合
Q:
扫描键长之前需要对结构进行优化什么的么？
A:
需要
Q:
我看文献里说L0是其他能量项为零时的值，这个怎么优化啊？
A:
哪有什么其它能量项？你这里只是个键的势能项
你先优化完体系，比如得到A-B键长度是1.5，然后你就扫描比如1.1~2.0的势能曲线，一拟合就有了k。L0这个参数就是1.5。
Q:
如果一个力场中含有多个能量项，这时键能参数该怎么拟合呢？
A:
挨个拟合
Q:
怎么挨个拟合呢？
A:
依次扫不同的变量来拟合。
另外也有不扫描而是随机取大量结构的做法，让力场给出的能量和量化算出来的能对应上，见DOI: 10.1002/jcc.23775
Q:
恩恩！非常感谢，我再研究一下！
我还想问一下，这个扫不同的变量拟合该怎么做呢？
A:
参考http://dogmans.umaryland.edu/~kenno/tutorial/
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2015.08.24 02:04:20
Q:
[图片]最好的表现是不是把自己想要研究的那块电子的跃迁性质表现出来就ok
A:
和跃迁没关系。
主要是让曲线形状能够把要说明的特征表现出来
Q:
就是和实验曲线尽量对上？
A:
和那个没关系
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2015.08.24 04:30:49
A:
看来有些人加这群动机不纯
Q:
求内幕...
[图片]脑补群主表情
A:
大家好好学习，天天向上
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2015.08.24 04:35:46
Q:
我刚刚看到SCF竟然可以用incore的关键字
我们平时提交默认的是direct么？
scf=direct
如果我改成incore可以提速么？
A:
[图片]
对于当前任务，内存够大的时候自动用速度很快的incore，内存不够的时候自动用消耗内存极少的direct。所以没必要手动去设定。
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2015.08.24 04:45:24
Q:
无基础，想自学编程，应该看一些什么书籍
A:
彭国伦《Fortran95程序设计》
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2015.08.24 10:23:57
Q:
wb97x与wb97xd除了色散校正以外，是否泛函形式完全一样？
A:
不一样，不光是差个色散校正，其它泛函参数也不同
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2015.08.24 11:07:32
Q:
请教各位一个问题 B3LYP/cc-pVQZ Density Pop=CHelpG 这样的关键字在log文件里面怎么没有输出CHelpG电荷分布呢？
我试试
A:
肯定有，你没找对地方。density这里是多余的。用这么高的基组没意义，静电势在cc-pVTZ已经基本收敛了。
Q:
我用的cc-pVQZ基组主要是为了计算ADCH电荷，顺便输出CHelpG电荷
A:
根本没必要用这么大基组。ADCH电荷在6-31G*下就已经收敛了，拟合静电势电荷在6-311G**下就基本收敛了
不同原子电荷计算方法对基组的依赖性在群共享里《原子电荷计算方法的对比》里有讨论
[图片]
Q:
同一泛函，大基组优化的几何结构是不是更准确啊~
A:
是。对于几何优化来说，TZVP就已经足够了，再大也没必要。几何结构随基组的增大收敛速度远比能量要快得多。
Q:
我看wultiwfn手册里面说计算 hirshfeld电荷需要 cc-pVQZ基组？
A:
从来没这么说过！！！！！！！！！！！！！！！！！！！
Multiwfn不叫wultiwfn
M不要做反转
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2015.08.24 12:04:15
Q:
高斯优化有没有规定每一步步长的关键词，stepsize=N,好像只在IRC中使用？
这是总的吧？
A:
优化只能设定步长上限。只有IRC的步长才是每步都一样的。
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2015.08.24 12:55:35
Q:
大侠：你们好！比较团簇吸附小分子的强弱，画什么图作比较最有说服力？求解答，先行谢谢了！
A:
RDG图、AIM分析、分子表面静电势分析等等
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2015.08.24 12:59:27
Q:
应用multiwfn 怎么把每一步的能量都列出来？单独在log文件找太麻烦了。
A:
什么叫每一步？
什么任务先得说清楚
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2015.08.24 13:50:24
Q:
老师提供的图片，他找的是对的吗[图片]
A:
对
波函数分析培训班里布居分析部分讲过
Q:
看来我说对了，这里听明白了
老师你都不知道我长什么样，居然还知道我在培训班
A:
能不知道么
Q:
那我给你的牛奶你就那么随便的给了别人
[Emoticon]
A:
我不知道你那是你的奶
Q:
[图片]
那你还随便欺负娃娃
A:
欺没欺负可以找大家评理
Q:
以后只和你讨论学术了，以后把副主任的位置分我一半就行了
A:
no way
后半句可以省了
前半句接受
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2015.08.24 14:11:23
Q:
[图片]老师拿前一个点继续跑irc 岁吗？[Emoticon][Emoticon]
A:
IRC得从过渡态开始跑
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2015.08.24 15:30:31
Q:
multiwfn分析键级及DOS用opt的fchk可以吗？必须用单点吗？
A:
和你取最后一步结构做单点得到的fch文件结果是一样的
可以
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2015.08.24 15:34:36
Q:
请教一个问题，在gromacs中使用trjconv 进行格式转化的时候，大家对于pbc 是怎样处理的，加和不加计算出来的结果是不同的！
A:
视实际需要而定
Q:
比如对于一个离子而言呢？我觉得应该加上 -pbc nojump ？
A:
和是否离子没关系。仅当你不想让轨迹有周期性才这么写
Q:
加上-pbc nojump 的话，轨迹的周期性就会被打破？
A:
这是产生内置球对称原子密度的方法，计算ADCH/Hirshfeld电荷并不需要非得与这个一致
----------------------------------------------------
2015.08.24 16:19:00
Q:
老师，是不是ms5.0设计的晶体只能用ms5.0进行计算？
A:
体系结构和计算的程序版本之间是独立的，没这要求
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2015.08.24 19:43:44
Q:
请问你觉得苯环上的 C-H 是单键呢还是双键呢
[图片]单键啊
对呀，那么问题来了
[图片]
A:
你拿B3LYP/6-31G* opt freq，优化完了没虚频就说明没错，此时如果不是平面的，你要求平面则没有意义
Q:
#p opt=calcfc b3pw91/6-311++g(3df,3pd) int=ultrafine这是我的输入文件，是不是我给的轨道太多了
因为我自己构型就有问题？
A:
本来就没必要非得是平面的
Q:
因为文献中给的是平面的，这个用来代表石墨烯团簇[图片]我画的第三种
[图片]画成这样的话，最外层的c四价却只有三个键啊
A:
a、b是平面是合理的，没有丝毫必然性c就得是平面
合理的级别下优化出的结构比人为臆测合理得多
Q:
如果c不是平面用来代替石墨烯就不合理了啊。石墨烯不是层状的吗
A:
本来就没法代替石墨烯
电子结构完全不同
最基本的六元环都被破坏了
Q:
这货怎么能代表石墨烯？
这还是个中文sci啊
A:
要么是你理解得不对，要么是文章在忽悠
Q:
英文4分SCI上还有用凸的6-31G比两个过度态的活化能呢，有自己的判断不能盲从
更正：秃的6-31G
A:
IF接近10的文章上还有人拿MP2算gap
----------------------------------------------------
2015.08.24 20:09:10
Q:
另，请不要私聊；除非本人允许
[图片]
A:
我很赞同
很不欢迎私聊
----------------------------------------------------
2015.08.24 20:28:50
Q:
bond order键级的单位是什么
A:
没有单位
----------------------------------------------------
2015.08.24 20:54:02
Q:
http://www.asianjournalofchemistry.co.in/user/journal/viewarticle.aspx?ArticleID=27_8_42
http://www.impublications.com/content/abstract?code=E21_0171
求两篇文献，谢谢大家啦~
A:
这两篇文献比较高难，大家尽量帮忙
----------------------------------------------------
2015.08.24 21:22:14
2015.08.24 20:49:21
Q:
过渡态你们用什么画
chemdraw
高度想准点怎么做
高度想精确写
Origin +PS
A:
origin，这里也有个小工具
http://homepage.univie.ac.at/felix.plasser/chemprogs/python.htm
Q:
老师那个画过渡态的工具怎么用呢？请教一下
A:
得先装python
Q:
麻烦老师说一个大致流程吧，第一次接触。谢谢喽
A:
不会用就算了，还没直接用origin方便
----------------------------------------------------
2015.08.24 21:29:59
Q:
好的，谢谢老师
投文章要prime novelty statement
这是什么东东
A:
说下文章主要有什么新意
Q:
可是我已经把新意都写在highlights 里了
感觉这两个没啥好些的的，都一样
A:
换个表述方式
----------------------------------------------------
2015.08.24 21:29:59
Q:
好袖珍的字
A:
宁可小也比大了好
Q:
我只是觉得他这个字有点太小了
A:
小可忍，大不可忍
----------------------------------------------------
2015.08.24 23:06:41
Q:
[图片] 如果非要比较个能量高低，从这2个结果看，左右两边的哪个更稳定些,求教！
A:
右边
----------------------------------------------------
2015.08.24 23:47:43
Q:
哈哈，想起我本科是化学的，跑去生物系混生化，听到三羧酸循环那一节激动的浑身颤抖，想不到世界上有这么有意思的东西
这样就不会认为会有硅基生命了
硅基生命可以有“硅酸盐循环”“水泥循环”
[Emoticon]可我觉得硅基生命值得期待呢，是不是硬科幻看多了
其实变形金刚里的金属生命更靠谱一些
A:
看是哪种层面上的硅基
把现有的生命形式从碳换成硅必定做不到，但用硅造晶体管，以人工智能作为生命的形式则是可以的。
----------------------------------------------------
2015.08.25 10:17:03
Q:
请教sob老师，做能量分解后的总能量与之前计算的相互作用能大小不一致（甚至符号都是相反的），这是怎么回事？
THE POINT GROUP OF THE MOLECULE IS C1
THE ORDER OF THE PRINCIPAL AXIS IS 0
DFT GRIDS ARE AVAILABLE ONLY FOR INTEGER ATOMIC
NUMBERS, SO -SPARKLES- ARE NOT ALLOWED.
A:
计算级别不完全一致，或者数据读取错误
----------------------------------------------------
2015.08.25 18:04:52
Q:
问一下大家，在高斯中进行频率分析的时候收敛的不是很好，只有两个yes，怎么能让它收敛的好点？
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2015.08.25 18:04:52
Q:
请教大家这样的分子（蛋白质内某几个氨基酸组成的cluster）如何找电荷转移态
A:
“电荷转移态”具体指什么？
----------------------------------------------------
2015.08.25 18:04:52
Q:
sob老师，请问在计算弱相互作用时，弥散函数和BSSE修正能不能同时使用？
A:
能。完全独立的问题
----------------------------------------------------
2015.08.25 18:04:52
Q:
求教一下各位 [图片]同一个fchk文件高斯输出的ChelpG电荷和Multiwfn输出的CHelpG电荷怎么不一样啊
A:
拟合格点分布的定义略有不同，很正常。而且静电势计算的结果也会有一定差异，Multiwfn用的计算方式是肯定准确的，高斯有可能会做一定的近似来加速计算。
----------------------------------------------------
2015.08.25 18:05:59
Q:
对于ONIOM方法计算的体系，H层用的是B3LYP，L层用的是PM6，如果用DFT-D3进行弱相互作用的计算，是不是-func选择b3-lyp,计算选择的原子也是也只选择H层的？
A:
H还不如用M062X或者wB97XD这样本身就带这色散校正的
Q:
因为一个审稿人执着地要求用DFT-D3来测试
所以如果必须用的话，怎么处理呢？
已经用M062X测过
A:
就是你说的那么处理
----------------------------------------------------
2015.08.25 18:58:00
Q:
老师，熵变在哪里啊
A:
刚才在那个群里已经回复过了
明摆着
----------------------------------------------------
2015.08.25 18:59:58
Q:
哪一种溶剂模型是处理弱相互作用的首先？
选？
还有，不明白的是，体系进行计算溶剂化能的时候，溶剂和溶质之间的色散作用和体系中的弱相互作用，那个比例会大一些？还是依情况而定，看选择的溶剂模型了？
A:
溶剂模型和弱相互作用没有任何直接关系，尽量选溶解自由能算得准确的就行了，如SMD
是249.977。44.427只是平动对熵的贡献
可以得到绝对值
公式都是现成的
[图片]
就用呗
看基础的介绍溶剂模型的书
Q:
E (Thermal) CV S
KCal/Mol Cal/Mol-Kelvin Cal/Mol-Kelvin
Total 481.188 155.811 249.977(熵变)
Electronic 0.000 0.000 0.000
Translational 0.889 2.981 44.427（平动对熵的影响）
Rotational 0.889 2.981 37.501（转到对熵的影响）
Vibrational 479.410 149.849 168.050（振动对熵的影响）
Vibration 1 0.593 1.987 7.451
Vibration 2 0.593 1.986 6.864
Vibration 3 0.593 1.985 6.328
Vibration 4 0.593 1.984 5.904
Vibration 5 0.594 1.983 5.671
249.977是熵变，不是熵的绝对值
怎样理解对吗，老师
A:
是熵，不是熵变
看SMD原文
----------------------------------------------------
2015.08.25 19:15:01
Q:
老师我有一个小想法，我想等我加入科音，就办一个对外翻译的出版社，请您做社长
可以有偿翻译一些文献
也可以出版一些比较新的科研书籍
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.08.25 21:26:33
Q:
http://link.springer.com/chapter/10.1007/128_2008_36
求文献
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.08.25 22:09:51
Q:
今天很高兴，学到了很多东西。还是想在问个问题。根据您的提示，是不是再算第一个ts过渡态的时候就可以根据反应物和产物的结构差异，做键长或者二面角的扫描，能量高的那个点基本上就是第一个过渡态了？这个思路对吗？
A:
你有反应物和产物结构要么直接猜TS，要么QST2，不建议扫描
Q:
老师，我说扫描是不是费时间啊？我的那个思路是否可行？抛出计算时间的问题
A:
不是时间的事，本来就不优先推荐那么做，那不是搜索过渡态的标准方法
Q:
哦哦，那是后面在按照那么做就对吧？
A:
仅对于特殊情况，QST2不管用自己又猜不好TS才有必要做扫描来辅助确定初猜点
Q:
第一次就扫描辅助猜ts，对计算有不好的影响吗？
A:
你就把扫描忘掉就好了
先把基本的正途弄会了，再去搞一些奇淫技巧
Q:
那对于多过渡态多中间体的反应，找到第一个中间体下一步怎么做啊？sob老师
A:
没有普适的办法，必须在充分理解原理基础上随机应变
比如可以凭直觉，初猜下一个TS，找到下一个TS后，走IRC往后面走一点，优化，得到下一个中间体
Q:
恩恩，可是对于不会猜想的呢？老师也说了这个可以辅助猜想，多个辅助不好吗？不理解老师为什么这个不推荐这个方法，是这个方法不准吗？
A:
若你能一下猜出基本合适的何必非得要用辅助？多花时间还麻烦
很多情况根本就不可能用什么扫描来作为辅助，因为反应同时涉及到很多变量
----------------------------------------------------
2015.08.25 22:12:49
Q:
请教一技术问题现在有这5张图，分别是5个分子结构，我想把他们放在一起，并在每张图下面著名分子结构名称，你平时怎么做的？刚刚折腾了MATLAB，不会用，没效果
大鹏展翅 25.08.2015 15:57:24
[图片]
不知道PS做出来的图是不是矢量图？导入latex没问题？
这个是免费的吗？
[图片]上面大伙给你推荐了那么多软件。。。
A:
简单问题复杂化了。
没ps，直接拉powerpoint里标上就完事了
本身这子图就不是矢量图，弄什么矢量图也没意义。
----------------------------------------------------
2015.08.26 16:58:22
Q:
[图片][图片]额这是闹哪样怎么就超过限制了?
貌似那个9.8MB不是那么回事
太大了
我弄成40kb就好了
A:
不要传bmp文件，应当用jpg或png格式。bmp太大，浪费服务器空间
----------------------------------------------------
2015.08.26 17:03:28
Q:
Gauss View5.0打开fchk文件看轨道的时候visualise是灰色的，卸载重装之后还是灰色，请问有哪位大神知道解决方法吗。一星期之前还能用，可能是一次点轨道太多崩溃过一次
A:
先得装高斯才能用gview看轨道。你可以用Multiwfn看，比gview快得多还方便得多，见
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2015.08.26 17:03:28
Q:
老师，算弱相互作用能时体系能量是用基态电子能量（scf能量）吗？还需要加热力学校正量或者只加ZPE校正吗？
A:
电子能量不代表SCF能量，仅对于HF/DFT才能画等号。
看你具体算什么，如果是衡量形成复合物前后的放热，用焓。如果是衡量结合平衡常数，用自由能。如果只是理论研究结合能，用电子能量。
----------------------------------------------------
2015.08.26 17:03:28
Q:
PBE高斯中PBEPBE方法的定义在哪可以找到？谢谢
A:
PBEPBE就是PBE，看原文
----------------------------------------------------
2015.08.26 17:09:09
Q:
哪位有mopac最新的手册吗，主页打不开，求助
A:
绝对能打开
http://openmopac.net/manual/index.html
Q:
[图片]试了很久了老师
[图片]不知道是不是学校网络的问题
A:
[图片]
电信，不翻墙也能上
----------------------------------------------------
2015.08.26 17:19:00
Q:
各位老师：有没有关于LMOEDA能量分解在具体体系中讨论的相关文献？
A:
原文就有例子
----------------------------------------------------
2015.08.26 17:19:38
Q:
[图片]老师，我的优化曲线看似走向还可以[图片]，但是只有一个yes.这是怎么回事呢？改如何解决@Sobereva
A:
把曲线末尾部分放大，并观看结构变化轨迹
Q:
曲线末尾也是平缓的，没有振动
A:
尝试gdiis
Q:
好的，可以直接用输出文件加gdiis吗？重新来过，好耗时[Emoticon]
A:
取最后一个结构
----------------------------------------------------
2015.08.26 17:57:36
Q:
[图片]请问一下，这个计算是否有错误，算了比平时多一倍时间，陷入死循环了吗
A:
继续等。
如果是大体系做振动分析，本身就很慢
Q:
体系不大，100左右个原子，一般这种大小的，没算这么久
做基态优化
怎么看能量变化曲线，对Gview还不熟
A:
你最好先把你当前用的关键词列出来
Q:
#p b3lyp/6-31g* opt freq
opt
这个吗
A:
恩。
你当前肯定是优化完了，正在做freq，这是正在解CPHF方程。freq的耗时比每一步优化多一个多数量级，你就继续等吧
Q:
soga 谢谢sob老师
A:
因素很多，往往是数值巧合。可以比如换基组、调节CPHF的一些参数等。
CPHF本身也是迭代过程，CPHF关键词里面有调整收敛步数、收敛限等等的参数，先尝试调调
但是换基组更有可能解决数值巧合问题
你都到了解CPHF方程这一步，对于DFT的opt freq计算显然已经正常优化完了正在做振动分析。
计算频率需要二阶导数，对于DFT需要解CPHF方程。优化的时候不需要解CPHF方程。
只要CPU还在算，继续等着就行了，肯定输出文件还会继续输出信息的
Q:
解CPFH方程是一个核在算吗 xubowang帮着top一下看看
A:
CPHF模块是并行的
----------------------------------------------------
2015.08.26 18:00:43
Q:
有没有人了解root mean square gradient和一般的梯度有什么区别
A:
均方根梯度是对一批原子的梯度整体大小的衡量
梯度就是受力的负方向。优化过程中每个原子都有受力，如果想衡量整个分子的受力，就对所有原子的受力求方均根，就是这个值
----------------------------------------------------
2015.08.26 18:07:12
Q:
如果大家把问题放到计算化学公社上去问的话会有更多人，回复的更详细的~[图片]看到的都会回复吧，QQ上肯定没有回帖效率高以及方便查阅~建议一下，不喜勿碰
A:
恩，几句话就能说明白的适合在群里问，问题复杂的或者需要多张图才能说清楚的都建议在计算化学公社问，回帖时候也愿意打更多字回复，因为文字可以永久保留
----------------------------------------------------
2015.08.26 18:10:28
Q:
老师,那么在做CDA分析的时候，还是这个例子
[图片]
这里碎片1中占据的5和7号轨道也对电荷转移过程有贡献的是么? 不是配位作用,这里的贡献可以怎么理解呢?
A:
只是参与了复合物轨道的构成，但是对于转移并没有贡献
比如说，H2分子的成键轨道是两个H的1s各贡献50%，但是并没有电子转移
占据轨道和空轨道之间的混合，一方面导致电荷转移，另一方面导致电子密度的极化
Q:
谢谢老师.
之前有个含H键的体系,对电荷转移贡献大的轨道进行分解的时候,发现得到的都是碎片轨道的占据轨道.这样是认为构成H键的两个碎片间没有电子转移还是说H键作用很弱呢?
A:
既然对d或b有贡献，就一定同时有片段的空轨道和占据轨道参与，只是输出的阈值的缘故没把那些空片段轨道输出出来。
----------------------------------------------------
2015.08.26 18:24:05
Q:
对了，我把setting里的compthresCDA= 0.5 改成0.5了，原来是1,但是输出的还是大于1%的.不知道为什么
A:
重新启动
Q:
multiwfn重启了...要电脑重启?
A:
重启Multiwfn
你设对了之后屏幕上自然会提示会输出0.5%的
Q:
电闸已拉[Emoticon]
我设置完以后,已经重启算了好几个了，却还是大于1%
A:
看看程序一开始有没有提示settings.ini未找到
Q:
老师,真的是没找到[图片]
但是我是放在同一目录下的~
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.08.26 18:30:40
Q:
请问使用CCDC搜索晶体结构显示543错误，怎么解决
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.08.26 19:10:25
Q:
[图片]
A:
娃娃发这种图想表达什么？
----------------------------------------------------
2015.08.26 19:57:20
Q:
[图片]这是震荡吧，怎么办啊，加上Calcall算精确矩阵吗，老师
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
此文最后部分说了：
[图片]
----------------------------------------------------
2015.08.26 20:35:33
Q:
[图片][图片] 老师，如果这两个结构除了键径和键鞍点不一样，像键长所带电荷那些都相差不大，是不是可以说这两就是同一种物质？
A:
那叫键临界点不叫键鞍点
Q:
恩，知道了老师
A:
一看结构就是同一种物质，都是两个CO2和一个BrF形成的三聚体
Q:
那这个如果做AIM分析，是不是就不好分析了？比如要分析键临界点的电子密度。
A:
能分析啊
最好也做RDG分析
Q:
可是两个不一样啊，我该用那个呢
A:
静电势分析对这个也很适合
类似这种
[图片]
----------------------------------------------------
2015.08.26 20:38:31
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
看哪种能量最低
----------------------------------------------------
2015.08.26 20:41:31
Q:
[图片]请问一下老师，计算irc的时候出现这样的情况，是什么原因？
A:
不用管，数值上的一些小异常
Q:
不过，irc最高点的能量和过渡态的能量不同，老师
A:
加上calcall之类或者减小点步长让IRC产生的准确点
Q:
好的，谢谢老师。
A:
找过渡态的时候也让过渡态定位精度高点，可以也上calcall
----------------------------------------------------
2015.08.26 20:42:42
Q:
老师，我还有一个问题。假如上面那两个图是同一种结构CP矫正和非CP矫正下得出的结构画出的图，如果再做AIM分析，那好像就没法分析结果了，那该怎么办@Sobereva
A:
CP校正仅在算能量的时候用
几何优化时只要有弥散函数就够了
----------------------------------------------------
2015.08.26 20:48:31
Q:
请问下载的晶体结构如何在gassian view中删除多余分子啊
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.08.26 21:07:23
Q:
老师，团簇的HOMO，LUMO中正负相正好相反，这能说明什么么？
[图片]
A:
HOMO、LUMO标错了吧？
Q:
没右边是多了一个原子
这个HOMO，LUMO都是取相同的部分
不是完整的
A:
什么程序算的？
Q:
pwscf
A:
就光说右边那个体系，HOMO和LUMO仅仅是相位不同而已？
----------------------------------------------------
2015.08.26 21:18:20
Q:
cif，pdb，mol都尝试了，高斯都不能正常打开[Emoticon]
啊？为什么我的不行啊
A:
有的cif用gview就是打不开，兼容性没MS等程序那么好
----------------------------------------------------
2015.08.26 21:32:14
Q:
[图片] 老师，这个就是RDG图吗？根据教程只能画到这里了。这能说明Br7和C4有相互作用吗？
A:
显然有，都出现等值面了
[图片]
这是CO2静电势图，可见绕着轴都为正，正好和Br周围一圈静电势为负的区域作用上。而Br末端静电势为正的地方正好和CO2两端静电势为负的地方作用上
----------------------------------------------------
2015.08.26 22:01:22
Q:
请问大家Wachters-Hay basis set怎么在高斯中设定啊
A:
看高斯手册关于6-311G基组的说明
----------------------------------------------------
2015.08.26 22:07:05
Q:
Sob 高级量化班可否讲一下量化编程？
A:
可能性较低。会把底层的算法说说，但不会具体到代码级别
Q:
那gaussian 的二次开发呢？
A:
高斯官方首先不允许，除非和他们很熟
Q:
话说高斯和ORCA这些东西如果弄个Xeon Phi能在上面跑么
A:
不能
----------------------------------------------------
2015.08.26 23:19:55
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
money is rubbish，get a real life
----------------------------------------------------
2015.08.26 23:29:35
Q:
[图片]
机理画的难看
各位大神
怎么画啊
但是一擦圆都没了
如果你一定要用 ChemDraw 绘图的话，先画一个大圆，把你反应机理中的几个分子在这个园的周围排好，然后再画箭头，箭头可以随便拉伸（包括长短和弧度），对齐到最开始画的那个圆就行了
大概画了有一下，只是一部分，另外，箭头的方向和你的是相反的
[图片]
画完了之后把大圆删掉就行了
[图片]大神这个图能帮我画下嘛画好以后把cdx文件发给我
得寸进尺了哦……
[图片]大神给你一个吻
A:
[图片]
很好画嘛。你先画个占1/4圆的箭头，然后复制出另外三个，分别旋转90、180、270度
----------------------------------------------------
2015.08.26 23:30:28
Q:
群里是不是有个卖服务器的？5万以内能买什么服务器
预算五万
A:
买一台的话，可以买个双路10核或12核，64GB或128GB
卖服务器的是这个，QQ393580951
[图片]
电话是13901240378，买机子可以找他
----------------------------------------------------

复制代码

beefly · 发表于 Post on 2016-4-27 10:13:58

2015.08.26 17:09:09
Q:
哪位有mopac最新的手册吗，主页打不开，求助

用电信的网能打开。教育网大多数是电信的，也没问题。但是我家里是网通的，打不开。如果是ms、intel这类大公司被错误屏蔽了，可以找网通反应，但是一个小型科研程序估计他们也不管。

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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2015.08.20 22 ~ 2015.08.27 00 Concate

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