计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2034|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 求助:xTB结合NPT系综分子动力学导致体系大幅度收缩

[复制链接 Copy URL]

8

帖子

0

威望

467

eV
积分
475

Level 3 能力者

我想用cp2k中的周期性xTB方法跑一段分子动力学,来模拟Al(OH)3生长基元在γ-AlOOH的slab层上的吸附,包含显式的水溶剂,一开始我用的是NVT系综,发现离slab层较远的地方出现了真空区,换成NPT系综后,体系出现了大幅度的收缩,大概只剩下原来一半的体积,水分子全部堆到一起,slab层也发生了明显的变形。请问各位老师,这种情况是由什么原因引起的?有没有解决方案?


屏幕截图 2022-08-06 142306.jpg (224.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

屏幕截图 2022-08-06 142306.jpg

屏幕截图 2022-08-06 142419.jpg (209.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

NVT模拟结果

NVT模拟结果

屏幕截图 2022-08-06 142757.jpg (203.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

NPT收缩过程1

NPT收缩过程1

NPT收缩过程2.jpg (187.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

NPT收缩过程2

NPT收缩过程2

NPT收缩过程3.jpg (167.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

NPT收缩过程3

NPT收缩过程3

system.cif

60.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

NVT_MD.inp

2.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

NPT_MD.inp

2.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

8

帖子

0

威望

467

eV
积分
475

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-8 10:56:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-8 03:09
已知GFN-xTB严重不好(而且显著低于其平均水准)的情况,自然有尝试半经验的价值,虽然大概率也不怎么样
...

好的,多谢卢老师。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112492

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2022-8-8 03:09:59 | 只看该作者 Only view this author
liuhang0728 发表于 2022-8-7 11:02
您是指PM6之类的方法可能会更好吗?之前看您提到过cp2k中xTB比其他的半经验方法好用很多

已知GFN-xTB严重不好(而且显著低于其平均水准)的情况,自然有尝试半经验的价值,虽然大概率也不怎么样
水层减小一些的话,这体系还没大到不得不用半经验级别的方法跑
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

8

帖子

0

威望

467

eV
积分
475

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-7 11:02:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-7 04:58
可以改用半经验方法试试

您是指PM6之类的方法可能会更好吗?之前看您提到过cp2k中xTB比其他的半经验方法好用很多

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112492

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2022-8-7 04:58:33 | 只看该作者 Only view this author
可以改用半经验方法试试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

8

帖子

0

威望

467

eV
积分
475

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-6 18:05:51 | 只看该作者 Only view this author
ene 发表于 2022-8-6 16:54
http://bbs.keinsci.com/thread-28721-1-1.html

好的,多谢

224

帖子

5

威望

4548

eV
积分
4872

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2022-8-6 16:54:52 | 只看该作者 Only view this author
我需要一些假日,但我不希望每天都是假日。因为我没有承担痛苦,因为那不是真正的自由。

8

帖子

0

威望

467

eV
积分
475

Level 3 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-6 14:40:14 | 只看该作者 Only view this author
抱歉,NVT的输入文件传错了,当时做的确实是NVT系综

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 00:35 , Processed in 0.623114 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list