用CHARMM36力场模拟通道蛋白质的动力学出现报错

灵芝5

您好！
我用CHARMM36力场模拟一个通道蛋白质，在搭体系，生成ions.tpr时，用这条命令gmx_mpi grompp -maxwarn 1 -f ions.mdp -c remove_transmember_water.pdb -p topol.top -o ions.tpr
结果出现报错：

请问这个报错应该怎么处理？
报错的itp文件在附件。

Frozen-Penguin

灵芝5 发表于 2022-8-8 19:17
感谢答复！

把N端的PRO的NH3+改为NH2可以解决第一个错误；

pdb2gmx不加-ter选项，产生的itp文件是正常的，不需要修改，如果确实需要加这个选项，而且操作没有错误，却产生了错误的itp，说明力场可能不支持这种使用方法。

灵芝5

感谢答复！

把N端的PRO的NH3+改为NH2可以解决第一个错误；

第二个错误中的原子类型应该怎么改？

Frozen-Penguin

错误主要有2个，一个是没有CD和N之间的键信息，以及没有CA和CB之间的键信息。
默认情况下PRO侧链的CD和主链的N原子相连，所以主链会少一个H原子，但是你的N端的PRO有NH3+，说明侧链不应该与主链相连，itp文件中不应该有这个键的信息。
默认情况下PRO的CA类型为CP1，CB类型为CP2，但是itp中CA的类型为CT1，力场中确实没有CT1和CP2的键参数，说明力场是不支持这种情况的。
如果不是一定要使用特殊的PRO，用默认的就行了，如果一定要用特殊的PRO，可能需要自己提供非标准残基的参数。