请教lammps对含有部分固定原子体系跑NPT模拟中的问题

小小小白 · 发表于 Post on 2022-8-17 21:43:39

请教各位大佬，一个盒子中间有一个狭缝孔，周围充满水，我想固定狭缝孔跑NPT模拟，但是模拟的结果好像不太对，盒子尺寸变化很小，而且跑的压力相差20MPa的两种条件下，密度居然变化不大，这种固定是不是会影响NPT模拟结果？另外，我尝试不用setforce和velocity去固定，想着是不是可以只让XY平面一起平移但却不转动，Z方向既不平移也不转动，就能保证狭缝孔的宽度不变，不完全固定狭缝孔，但是如何让XY面不转动只平移？如果这种思路不对，还请教各位大佬这种含有部分固定原子体系跑NPT模拟有什么其他解决办法，十分感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-18 10:24:46

lammps的情况我不清楚，GROMACS的话可以用限制势，而且X、Y、Z三个方向可以独立限制，哪个方向力常数设0哪个方向就可以自由运动。限制势和控压不冲突

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