gromacs中g_mindist命令计算接触数的原理是什么？

tangzi_via · 发表于 Post on 2022-8-18 15:42:59

我用(g_mindist -f md.xtc -s md.tpr -b 100000 -e 100000 -on)计算了一个小分子在截断半径0.2nm内的水分子数，计算结果显示为10个水分子，随后我用pymol和vmd去可视化截断半径为0.2nm内的水分子，但是只显示了9个水分子，如图所示（显示的原理是小分子周围0.2nm处寻找水分子，当有原子时即保持水分子的完整性显示出来）。不知道gromacs计算一定截断半径内的分子接触数g_mindist计算原理是什么？与vmd和pymol显示的结果均不吻合，特此来请教高人，希望指定一二。

tangzi_via · 发表于 Post on 2022-8-22 15:35:39

这样吗？请教一下那有没有办法可以计算一下随时间变化的接触的水分子数呀？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-8-18 17:54:44

-on输出的是contact数目，不是分子数目，如果某个水分子离小分子的两个原子都很近就算2个。

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