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[综合交流] 请问如何利用cub格点计算自由区域表面积?

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有一批结构,每个结构为200个原子左右,通过卢天老师计算孔洞自由体积的办法(使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域 - 波函数分析与Multiwfn (Wavefunction Analysis & Multiwfn) - 计算化学公社 (keinsci.com)),得到了该孔洞(为局部)的格点数据,请问如何计算才能得到这部分的表面积呢。因为是批量计算,每个分子的自由区域序号不一样,输入原子序号计算SASA的方法不可行。尝试用过chimerax,无法打开这部分格点,vmd虽然能打开但无法计算,或仍需要输入原子序号计算。该格点如图所示。谢谢各位老师

格点相关数据见附件

1-6-2.cub

9.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

输出格点

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发表于 Post on 2022-8-26 14:58:21 | 只看该作者 Only view this author
你的cube文件明显异常,格点间距也太大了

如果只算一个或数个分子,手动用ChimeraX计算特定等值面的表面积就完了。如果是有一批结构,据我所知没有自动化的工具,原理上也没自动法判断你实际想要算的区域
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-26 17:29:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-26 14:58
你的cube文件明显异常,格点间距也太大了

如果只算一个或数个分子,手动用ChimeraX计算特定等值面的表面 ...

老师您好,请问下用chimera计算的输入文件还是格点数据吗,因为我用格点cub文件无法在chimera中看结构。目前我已经把格点改为0.25,之前误设为1了。

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发表于 Post on 2022-8-27 11:10:16 | 只看该作者 Only view this author
夜千 发表于 2022-8-26 17:29
老师您好,请问下用chimera计算的输入文件还是格点数据吗,因为我用格点cub文件无法在chimera中看结构。 ...

参考
使用Multiwfn和ChimeraX绘制自定义着色的电子定域化函数(ELF)等值面图
https://www.bilibili.com/video/av85684420
里面有ChimeraX载入格点数据,并且测量特定的等值面的面积的演示
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-28 10:58:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-27 11:10
参考
使用Multiwfn和ChimeraX绘制自定义着色的电子定域化函数(ELF)等值面图
https://www.bilibili.com/ ...

请问老师,格点大小与等值面的关系是什么,因为我看到不一样的间距,等值面明显不一样。我以为格点就像一个个小球一样填充,所以不太理解与等值面的关系

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发表于 Post on 2022-8-30 10:43:18 | 只看该作者 Only view this author
夜千 发表于 2022-8-28 10:58
请问老师,格点大小与等值面的关系是什么,因为我看到不一样的间距,等值面明显不一样。我以为格点就像一 ...

格点间距越大,等值面越粗糙、越有棱角

等值面是怎么根据格点数据产生的,看我的论文:Journal of Molecular Graphics and Modelling 38 (2012) 314–323  http://dx.doi.org/10.1016/j.jmgm.2012.07.004
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-30 19:56:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-30 10:43
格点间距越大,等值面越粗糙、越有棱角

等值面是怎么根据格点数据产生的,看我的论文:Journal of Mol ...

老师,如果得到的格点数据,比预想的多了一部分,有什么办法可以切割掉一部分吗,还是重新建box计算格点。

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发表于 Post on 2022-8-31 10:29:11 | 只看该作者 Only view this author
夜千 发表于 2022-8-30 19:56
老师,如果得到的格点数据,比预想的多了一部分,有什么办法可以切割掉一部分吗,还是重新建box计算格点 ...

可以重新计算,在ChimeraX里也有抹除工具(可以控制圆球位置,圆球内的等值面会被抹去)
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发表于 Post on 2022-8-31 11:22:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-26 14:58
你的cube文件明显异常,格点间距也太大了

如果只算一个或数个分子,手动用ChimeraX计算特定等值面的表面 ...

我记得Multiwfn里有类似marching tetrahedron算法的,不能构造三角形计算面积吗?

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发表于 Post on 2022-8-31 19:23:00 | 只看该作者 Only view this author
coolrainbow 发表于 2022-8-31 11:22
我记得Multiwfn里有类似marching tetrahedron算法的,不能构造三角形计算面积吗?

可以,这正是下文功能用的做法
使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积
http://sobereva.com/487http://bbs.keinsci.com/thread-13392-1-1.html

只不过Multiwfn不允许用户对特定等值面计算面积(除非恰当定义盒子,让盒子里只出现感兴趣的等值面),而Chimera里可以交互式选择对哪个等值面计算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-1 13:02:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-31 10:29
可以重新计算,在ChimeraX里也有抹除工具(可以控制圆球位置,圆球内的等值面会被抹去)

因为我是批量计算,老师,有没有可能,把生成的格点数据建立坐标系,在我指定的平面之外的格点舍去呢?我查了一些脚本,都不能读取cub文件

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发表于 Post on 2022-9-2 07:37:21 | 只看该作者 Only view this author
夜千 发表于 2022-9-1 13:02
因为我是批量计算,老师,有没有可能,把生成的格点数据建立坐标系,在我指定的平面之外的格点舍去呢?我 ...

写脚本自然可以让Multiwfn批量处理cub文件
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html

脚本里都可以让Multiwfn只计算特定区域的部分,恰当设置格点就完了
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