求助：能量最小化后分子构型发生很大变化

芮啦

各位老师好，我在一条适配体的5’端连接了一个丙烯酸酯基团（适配体中放入了一个金属离子），在对单独的适配体和金属离子进行模拟时，适配体的结构变化很小。但是当5'端连接了基团之后，在能量最小化阶段整体分子构型发生了很大程度的形变，我尝试了以下三种方法，分子形变大的问题仍旧没有解决：
（1）通过使用xx_posre.itp文件来对适配体、丙烯酸酯基团、金属离子进行位置限制；
（2）在em.mdp(能量最小化时的mdp文件)中分别对适配体和丙烯酸酯基团进行freeze冻结；
（3）更改丙烯酸酯基团的方向；
我做了一些尝试仍未能解决能量最小化阶段分子变形的情况，真诚地恳请各位老师能够指点一下，不胜感激

芮啦

我检查发现.top文件和.gro文件中部分原子顺序排序不一致，在调整顺序之后，没有再出现分子形变很大的情况

芮啦

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-25 23:00
编号为1的原子H5T，原子类型为HO，应该是一个和氧原子相连的氢原子，但是在PDB文件中，其出现在AHP残基中， ...

谢谢您的指点，这里是由于5’端少了一个氢原子，在模拟时会报错，所以将丙烯酸酯基团中的一个氢原子的序号写在了适配体中，但键、角、二面角等是按照基团中的结构去定义的。我再就您提出的这个问题研究一下，谢谢您的回复

Frozen-Penguin

编号为1的原子H5T，原子类型为HO，应该是一个和氧原子相连的氢原子，但是在PDB文件中，其出现在AHP残基中，与一个C原子相连，itp文件中也是这样定义键的，不知道这里有没有问题