统计盐桥个数随时间变化的问题

bingzan

各位老师好，我需要画盐桥个数随时间变化曲线。我查到可以用gromacs和vmd来分析盐桥，两者都是输出盐桥距离随时间变化，我的想法是自己手动计数，看每个时间点，对应距离在4.2埃以下的盐桥有几个。
用gmx saltbr -f *.xtc -s *.tpr - t 0.5 试过了，会显示killed。
用vmd盐桥插件的话，是可以正常运行的，但我看到网站（https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/saltbr/）上有提示输出的文件中距离和判定盐桥用的距离有所不同（ Note that this distance is slightly different than the criteria used to identify salt bridges），请问这个要紧么？我手动筛选距离在4.2埃的盐桥个数的方法，是合理的吗？

晴天小C

各位老师，请问盐桥占有率大于多少才算是形成了稳定的盐桥呢

bingzan

sobereva 发表于 2022-8-26 15:11
saltbr很难用。一律用VMD的盐桥计算工具
写的文章中说清楚判断盐桥用的判据，以及如果文中要对盐桥距离随 ...

明白了，谢谢老师指导！

sobereva

saltbr很难用。一律用VMD的盐桥计算工具
写的文章中说清楚判断盐桥用的判据，以及如果文中要对盐桥距离随时间作图，距离怎么定义的在文中说清楚就行了。