请问给盒子里加水分子需不需要把其他分子的体积减去

www1 · 发表于 Post on 2022-8-30 18:55:21

请教各位老师同学:

在给一个30*30*30的盒子里添加水分子作为溶剂，计算添加水分子的个数的时候，需不需要把其他分子所占的大致体积减去。
比如我的另一个柔性大分子大致占了4/3π*11*11*11的体积。

我是按照A: 30*30*30*0.999/18*6.02*E-1
还是 B：(30*30*30-4/3*π*11*11*11) *0.999/18*6.02*E-1

我的直觉是需要减一定的体积的，但是依照球的体积去算，又感觉不是很合理，毕竟那个柔性大分子并不能把所有空间占据，那些缝缝角角的应该也是可以让水分子自由活动的。

请问到底应该如何计算呢。

感谢

www1 · 发表于 Post on 2022-8-30 19:11:37

sobereva 发表于 2022-8-30 19:01
应当说清楚用什么程序加水
诸如用gmx solvate加水，自动就会把所有空白区域都均匀、理想地填满水，完全不 ...

您好sob老师，我是用packmol加的。

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-30 19:01:51

应当说清楚用什么程序加水
诸如用gmx solvate加水，自动就会把所有空白区域都均匀、理想地填满水，完全不需要你自己指定水的数目

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[综合交流] 请问给盒子里加水分子需不需要把其他分子的体积减去