kisthelp进行一维受阻转子处理时如何计算受阻势垒？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-8-31 09:52:58

请教各位老师，如图的kisthelp教程里提到对受阻转子的处理：受阻模式对应的频率值，后面跟上1个受阻势垒。①请问kisthelp里面的受阻势垒怎么计算呢？看了sob老师之前的回复“ 扫描可以获得，要么找二面角旋转的过渡态，跑IRC，找到两边的极小点计算能量差”，②如果扫描二面角的话得到的是一个扫描势能曲线，如何获得受阻势垒呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-14 16:15:25

糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-14 09:42
抱歉老师，我了解的不多，可能没理解您的意思。①如果旋转二面角，如何找过渡态呢？可不可以依据扫描曲线 ...

照常寻找过渡态，没特殊性
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）
我都明确说了，扫描的时候大多数情况并不会在过渡态位置、极小点位置恰好有一个扫描点落在那里，显然没法得到准确的势垒，除非你把扫描曲线拟合成解析形式，然后再求极大、极小点

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-9-14 09:42:44

sobereva 发表于 2022-8-31 19:48
扫描曲线拟合后就有了解析形式，自然能得到最高和最低点的精确位置
去找旋转对应的过渡态然后求势垒也可以

抱歉老师，我了解的不多，可能没理解您的意思。①如果旋转二面角，如何找过渡态呢？可不可以依据扫描曲线的最高点结构进行过渡态初猜呢？②扫描曲线拟合得到解析形式，您的意思是通过扫描的能量作为角度的函数去拟合吗？然后找到函数的极大、极小点（最高、最低能量及其对应二面角），就算是找到最高和最低点的精确位置？具体如何操作呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-14 03:14:01

糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-13 11:33
老师，那也就是说受阻势垒是极大-极小点的能量？那这样的话通过扫描怎么才可以得到受阻势垒呢？

前面说得很明确了

扫描曲线拟合后就有了解析形式，自然能得到最高和最低点的精确位置

势垒的定义在当前语境下没有任何特殊性

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-9-13 11:33:00

sobereva 发表于 2022-9-2 07:33
否。你没法保证最高点和最低点对应的二面角坐标一定对应于极大/极小点的情况。如果你能保证那另说

老师，那也就是说受阻势垒是极大-极小点的能量？那这样的话通过扫描怎么才可以得到受阻势垒呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-2 07:33:00

糖糖糖豆9988 发表于 2022-8-31 20:04
谢谢sob老师，如果是通过扫描，用扫描曲线的最高点-最低点能量是不是就获得了受阻势垒？

否。你没法保证最高点和最低点对应的二面角坐标一定对应于极大/极小点的情况。如果你能保证那另说

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-8-31 20:04:31

sobereva 发表于 2022-8-31 19:48
扫描曲线拟合后就有了解析形式，自然能得到最高和最低点的精确位置
去找旋转对应的过渡态然后求势垒也可以

谢谢sob老师，如果是通过扫描，用扫描曲线的最高点-最低点能量是不是就获得了受阻势垒？

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-31 19:48:21

扫描曲线拟合后就有了解析形式，自然能得到最高和最低点的精确位置
去找旋转对应的过渡态然后求势垒也可以

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