计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 27320|回复 Reply: 23
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 求助高斯软件计算天然产物得ECD图谱

[复制链接 Copy URL]

12

帖子

0

威望

35

eV
积分
47

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位网友,你们有没有专门研究计算ECD图谱的?

9

帖子

0

威望

377

eV
积分
386

Level 3 能力者

24#
发表于 Post on 2023-2-18 17:13:16 | 只看该作者 Only view this author
分享一下我理解的目前天然产物ECD计算流程(Gaussian):
①通过NOESY、耦合常数和一些化学方法确定相对构型;
②对结构进行构象搜索;(方法很多,包括大部分天然产物文献里会使用的Spartan软件,但还是推荐论坛里的方法,合理高效还免费,并且有很详尽的教程,最好先学习一下linux系统的简单基础知识)
③在Gaussian上用DFT优化构象→振动能分析计算→计算单点能→TDDFT计算ECD;(优化与计算涉及知识包括:gaussian作业文件的生成、计算关键词的使用、基组泛函的选择,溶剂模型等)
④计算构象的玻尔兹曼分布;(推荐sob老师的Shermo程序)
⑤根据分布绘图;(Multiwfn、SpecDis)

个人的心得和建议
1、流程②到④推荐学习使用sob老师的molclus(功能强大而且也不仅限于使用Gaussian),并且结合这个帖子学习http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
2、根据流程学会看懂文献里计算部分的描写和引用,特别是天然产物杂志JNP里的
3、遇到问题在论坛里看看先,有时候不同时间看同一个帖子都有不同的理解,多看看多理解肯定能学到东西

我也是新手,分享一下自己的理解,说的不对还请各位老师批评指正!

3

帖子

0

威望

13

eV
积分
16

Level 1 能力者

23#
发表于 Post on 2021-11-24 16:37:22 | 只看该作者 Only view this author
zsu007 发表于 2016-5-6 20:57
我会一点计算ECD确定天然产物绝对构型,需要帮助的话给我发短信!

您好,还能分享ECD计算经验吗

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125137

管理员

公社社长

22#
发表于 Post on 2019-4-17 19:53:13 | 只看该作者 Only view this author
nxh4883 发表于 2019-4-17 18:52
一个化合物有6六个构象,用M06-2x/def-2tzv算单点能发现前四个构象的分布之和接近99%,但用b2plyp/def2-tzv ...

B2PLYP不加D3还未必拼得过M06-2X
以B2PLYP-D3/def2-TZVPP作为参考标准(但这仍算不上金标准)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125137

管理员

公社社长

21#
发表于 Post on 2019-4-17 19:52:32 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2016-9-18 19:39
我还想确认一下单点计算和TDDFT计算本质上是不是一样的呢?

差十万八千里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1

帖子

0

威望

9

eV
积分
10

Level 1 能力者

20#
发表于 Post on 2019-4-17 18:52:05 | 只看该作者 Only view this author
一个化合物有6六个构象,用M06-2x/def-2tzv算单点能发现前四个构象的分布之和接近99%,但用b2plyp/def2-tzvp算单点发现,前四个分布之和变为94%,后两个构象的玻尔兹曼分布之和为6%,请问应该以哪个结果为参考?

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

19#
发表于 Post on 2016-9-18 19:39:33 | 只看该作者 Only view this author
我还想确认一下单点计算和TDDFT计算本质上是不是一样的呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125137

管理员

公社社长

18#
发表于 Post on 2016-9-18 19:12:51 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2016-9-18 19:00
另外,我看到他们方法中使用 B3LYP/TZVP 计算精确自由能,使用 B3PW91/TZVP 做TDDFT计算,最后ECD图谱的标 ...


拿B3LYP/TZVP算单点根本不够精确。
双杂化泛函用不动的话至少也应该用M062X,比B3LYP准得多。
构象自由能一点偏差就可能影响波尔兹曼分布很大。
基本上推荐M062X/def2TZVP算单点,更好点就用诸如DSD-PBEP86-D3(BJ)/cc-pVTZ算单点。如果牵扯弱相互作用还需给重原子加弥散。

B3LYP算自由能却用B3PW91做TDDFT,完全说不通。二者算TDDFT半斤八两。

不要管gview里的输出,都是给菜鸟看的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125137

管理员

公社社长

17#
发表于 Post on 2016-9-18 19:10:26 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2016-9-18 18:24
我看到身边的同学计算ECD的步骤是这样的:(1)结构优化。(2)频率分析读取 G 值(sum of electronic and  ...

没问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

16#
发表于 Post on 2016-9-18 19:00:10 | 只看该作者 Only view this author
另外,我看到他们方法中使用 B3LYP/TZVP 计算精确自由能,使用 B3PW91/TZVP 做TDDFT计算,最后ECD图谱的标题是 B3PW91/TZVP 水平下理论计算结果与实验值的比较。请问精确自由能计算和TDDFT计算在gviews中的操作是不是一样,即job type (enegy);  method (TD-SCF/DFT/default spin/B3BLYP).

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

15#
发表于 Post on 2016-9-18 18:24:04 | 只看该作者 Only view this author
我看到身边的同学计算ECD的步骤是这样的:(1)结构优化。(2)频率分析读取 G 值(sum of electronic and thermal free energies),在此基础上以最低能量为参考算出relative free Gibbs,确定下一步要做精确自由能的结构。(3)精确计算电子能量,加上频率分析的校正值,得到精确自由能,再次以最低能量为参考算出relative free Gibbs,得出玻尔兹曼构象分布。这样得出的结果有什么问题吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125137

管理员

公社社长

14#
发表于 Post on 2016-9-18 09:17:02 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2016-9-17 20:42
ECD计算中无论是结构优化还是精确自由能计算,输出文件都会看到一个SCF done E=A值,在gaussian view界面su ...


不要管gview显示的
优化任务输出文件里最后一次scf done是最后结构下当前级别的能量(对于HF、DFT来说)
算自由能用这个干嘛。用懒人的方法直接读取freq任务给出的自由能值,如果用勤快人的方法又用不到这个值。

懒人和勤快人的方法看这里:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

13#
发表于 Post on 2016-9-17 20:42:09 | 只看该作者 Only view this author
ECD计算中无论是结构优化还是精确自由能计算,输出文件都会看到一个SCF done E=A值,在gaussian view界面summary 也可以看到 E=B 值,并且 A 和B 值稍稍有点不同,请问他们各自代表的意义是什么?比如计算自由能,该选哪一个合理?

73

帖子

0

威望

144

eV
积分
217

Level 3 能力者

12#
发表于 Post on 2016-9-17 16:54:48 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125137

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2016-9-17 15:49:55 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2016-9-17 12:58
计算ECD时我见很多人的论文或者一些计算化学文献提到相对能(relative energy)和相对吉布斯自由能(relati ...


相对能根本就没有明确的指代
相对电子能量、相对自由能、相对内能、相对焓都有可能
所以不要效仿某些文献用这种含糊不清的词
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 15:43 , Processed in 0.185441 second(s), 27 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list