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[GROMACS] 对汽液两相体系仅想考察液相部分的溶剂性质时该怎么做?

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本帖最后由 高处裹棉被 于 2022-9-24 11:28 编辑

各位老师好,

我最近在研究一个二元混合体系,含气体A和有机溶液B,在给定的温度、压力下会形成汽液两相(部分气体会溶解进入有机溶液中),

现在我将溶质C丢入液相部分,想考察溶质C在液相部分中的扩散系数,RDF等

我搜索相关MD文献,做法是剥离开来单独考察液相部分,用实验或文献值得到的液相密度和液相组成设置初始盒子并跑NVT系综

我想请问这种方法是否合理?

一方面选用的力场、原子电荷不同时(文献采用的联合原子力场,而我想用全原子力场),汽液平衡(VLE)和真实情况有差异(比如升温后达不到预期的压力,这点与NPT系综下密度和实际有差异类似),计算得到的MSD或者RDF等是否有说服力?

另一方面,在这种做法下NVT系综升温后,Gromacs会认为这是一个均一液相吗,会有可能分相吗?

最后想问下,如果文献值搜索不到同时实验难测得液相密度和液相组成时,用状态方程(如P-R方程)进行一个粗略计算可行吗?

谢谢各位老师解答

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文献给出的做法

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2#
发表于 Post on 2022-9-25 00:50:35 | 只看该作者 Only view this author
合理


是否分相看B和C的互溶性,不清楚的话跑一下便知

当前体系的建模和液相密度没体现出什么确切关系。当前体系本来就有气相区域,液相部分的密度会自发调节

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