求助用TraPPE-UA力场参数写的甲醇拓扑文件出错

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-9-26 00:21:35

本帖最后由高处裹棉被于 2022-9-26 12:31 编辑

各位老师好，
我按照TraPPE-UA网站上给的甲醇联合原子力场参数写了拓扑文件，

epsilon 和 force.c都乘以玻尔兹曼常数8.314462618E-3 KJ/（mol·K），构建甲醇结构文件时直接将甲基上氢原子去掉后导出坐标，

后用packmol创建一个500分子的盒子，主top文件用的GAFF力场下的非键参数规则和1-4规则

最后跑能量最小化，但出现LINCS WARNING报错（用gmx grompp时warning告诉我gro文件中C和itp文件中名字CH3对不上，是因为无法识别基团吗？）

第一次用联合原子力场，想请问各位老师是哪一步出错了，或者哪位老师之前写过类似的，能提供一个参考吗，谢谢各位老师

margin · 发表于 Post on 2024-5-23 15:23:58

slxc920113 发表于 2024-5-20 23:59
联合原子力场

感谢大佬，同时我还想问一下trappe力场的[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
1 2 yes 0.5 0.8333
是这样吗

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-5-20 23:59:26

margin 发表于 2024-5-10 09:30
大佬，用AuToFF生成trappe的力场itp。但是上面的选项没有trappe，请问你用的是哪个？gaff吗？

联合原子力场

margin · 发表于 Post on 2024-5-10 09:30:03

slxc920113 发表于 2023-8-11 23:18
用AuToFF可以直接帮你生成拓扑文件

大佬，用AuToFF生成trappe的力场itp。但是上面的选项没有trappe，请问你用的是哪个？gaff吗？

ldx022 · 发表于 Post on 2023-8-12 19:49:38

slxc920113 发表于 2023-8-11 23:18
用AuToFF可以直接帮你生成拓扑文件

万分感谢！

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-8-11 23:18:38

ldx022 发表于 2023-8-11 20:49
请问大佬问题出在哪里呢？我仿佛也遇到了类似的问题

用AuToFF可以直接帮你生成拓扑文件

ldx022 · 发表于 Post on 2023-8-11 20:49:25

高处裹棉被发表于 2022-9-26 16:53
已解决

请问大佬问题出在哪里呢？我仿佛也遇到了类似的问题

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-9-26 16:53:20

本帖最后由高处裹棉被于 2022-12-20 22:10 编辑

已解决

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