求助小分子和dppc膜的组合做优化能量异常

boqiang · 发表于 Post on 2022-9-27 15:50:10

根据 KALP15 in DPPC的教程能跑通, 但更换自己的小分子和dppc膜后,报错; 在用教程中的dppc膜和小分子组合后能量优化一直很高, 大于+E07;1. 小分子通过sobtop生成gro,itp,top文件, 将itp文件中的atomtypes剪切到力场文件gromos53a6.ff/ffnonbonded.itp的atomtypes部分,运行能量优化报错:No default LJ-14 type, 删除itp中的pair部分,可清除报错,但是跑完后分子破碎;

2. 单独的dppc膜(通过packmol构建),通过能量优化可以达到收敛,通过gmx solvate加水和离子后, 能量非常高,达到+e07, 但是单独的水和dppc能量能达到收敛, 组合后能量异常;

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-28 09:32:56

sobtop对有机分子产生的通常是GAFF力场的，不要跟GROMOS力场混用，根本不兼容
另外，磷脂分子也不建议用sobtop产生拓扑文件，因为有大量专门的磷脂分子力场，与AMBER、CHARMM、GROMOS力场兼容的都有，肯定比自己用通用方法搞出来的更好

boqiang · 发表于 Post on 2022-9-28 08:15:04

Villain_IP 发表于 2022-9-27 16:12
去除更多小分子周围的磷脂分子，再优化试试

已尝试根据能量优化提示的高能磷脂分子去除,但每去除一个就会报下一个磷脂也存在高能, 我尝试一直删除到20个磷脂分子还是处于这种状态; 而且有时候报错的原子位置在gro中根本不存在对应的.

boqiang · 发表于 Post on 2022-9-28 08:13:14

sobereva 发表于 2022-9-27 22:01
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

已认真阅读, 下次一定做出更改.

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-27 22:01:51

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “小分子跨膜研究” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

Villain_IP · 发表于 Post on 2022-9-27 16:12:58

去除更多小分子周围的磷脂分子，再优化试试

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[GROMACS] 求助小分子和dppc膜的组合做优化能量异常

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