如何可视化表现脱羧的电荷转移过程

小蒜泥 · 发表于 Post on 2022-9-28 10:26:11

各位老师，我最近研究了一个酶蛋白催化二酸脱羧的过程，如图，

该二酸与金属镁配位，发现在脱羧过程中，C-C键断裂产生的负电荷会转移到配位金属及第一配位层上，我想将该脱羧过程中负电荷是如何逐渐转移到Mg2+及配位层上的可视化直观表现出来，请问需要用到哪些软件及计算，我是用Turbomole软件计算该大分子体系的，需要把扫描脱羧的每一步的电荷计算出来吗，请问用Multiwfn软件可以实现吗？计算小白，还请大神们多多赐教，感谢！

小蒜泥 · 发表于 Post on 2022-10-7 10:09:17

sobereva 发表于 2022-9-28 11:39
计算脱羧过程的IRC，对每个点调用Multiwfn做波函数分析，产生并绘制Mg以及配位原子的电荷变化曲线

可以 ...

感谢sob老师，受教了！

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-28 11:39:58

计算脱羧过程的IRC，对每个点调用Multiwfn做波函数分析，产生并绘制Mg以及配位原子的电荷变化曲线

可以利用批处理脚本使过程自动化，参考
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200

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