利用Gaussian进行RESP电荷计算时出现L502报错

kyang · 发表于 Post on 2022-9-28 11:59:03

本帖最后由 kyang 于 2022-9-28 12:05 编辑

我准备做一个蛋白质配体模拟，因为完全没接触过量化，因此用社长的超级懒人脚本(http://sobereva.com/476)进行计算，一开始出现了L103保错，我查了资料，学了点最基本的量化知识，勉强在脚本中添加了opt=cartesian，之后又报错L502 Convergence failure,我又查了资料，发现是SCF不收敛问题，因为本人贫瘠的量化知识(本身是做药物设计方向的)实在没法看懂解决SCF不收敛问题的方法(http://sobereva.com/61)，我把我的配体文件和输入输出文件上传了，希望各位老师能给出解决办法

star2128 · 发表于 Post on 2022-10-6 21:53:41

sobereva 发表于 2022-10-6 21:38
你可以这样做，但也没多大实际意义，本来动力学跑起来自然而然就会变得和初始结构有明显差异，用优化前后 ...

感谢耐心讲解，

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-6 21:38:05

star2128 发表于 2022-10-6 21:30
是GAFF参数。哦哦，原来如此啊，谢谢指教。但是要用packmol给电解液建模，还是得用到溶质和溶剂的pdb文件 ...

你可以这样做，但也没多大实际意义，本来动力学跑起来自然而然就会变得和初始结构有明显差异，用优化前后当初始结构通常都一样

star2128 · 发表于 Post on 2022-10-6 21:30:18

sobereva 发表于 2022-10-6 20:07
得说明你用sobtop具体以什么方式产生拓扑文件
比如你都用GAFF的参数，那么载入的mol2只是提供连接关系信 ...

是GAFF参数。哦哦，原来如此啊，谢谢指教。但是要用packmol给电解液建模，还是得用到溶质和溶剂的pdb文件，高斯画出来的还是不敢保证三维结构信息的准确性，这个对分子动力学模拟是否有影响？我的意思是反正RESP计算的时候已经结构优化了，莫不如输出优化后的结构。有没有办法保留下来优化后的结构？编程这块也是比较菜，感觉是不是RESP脚本中“删除优化后结构”的那个代码去掉就可以了？

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-6 20:07:32

star2128 发表于 2022-10-5 22:12
我在用您的RESP脚本的时候，发现一个这样的问题。有时候GaussView建模的mol2结构（结构1）并不是和优化后 ...

得说明你用sobtop具体以什么方式产生拓扑文件
比如你都用GAFF的参数，那么载入的mol2只是提供连接关系信息，不用到里面的三维结构信息，所以不用考虑这个问题。

star2128 · 发表于 Post on 2022-10-5 22:12:01

sobereva 发表于 2022-9-28 12:51
mol2里的结构完全是错的，该有氢的地方都没有
gview里结合化学常识仔细检查结构后再做计算
另外，提问时 ...

我在用您的RESP脚本的时候，发现一个这样的问题。有时候GaussView建模的mol2结构（结构1）并不是和优化后的结构（结构2）特别一样，比如键长和键角不太一致，我们如果用这样的mol2去运行RESP或者RESP2，它会先结构优化得到结构2、再单点能计算，再调用multiwfn得到chg文件。问题是用sobtop产生gro文件以及top、itp文件的时候，输入的mol2的路径，其实是结构1的。那这样取跑GROMACS是不是不太合理啊。如果RESP脚本能把优化后的结构转成mol2覆盖掉原来的，应该就没有这样的问题了吧。否则还得自己配置B3LYP-D3/def2SVP去再做一次结构优化，然后再转成mol2文件。刚接触量化计算和分子动力学不久，不知道理解是否有误？

kyang · 发表于 Post on 2022-9-28 13:10:41

sobereva 发表于 2022-9-28 12:51
mol2里的结构完全是错的，该有氢的地方都没有
gview里结合化学常识仔细检查结构后再做计算
另外，提问时 ...

好的社长，的确疏忽了

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-28 12:51:21

mol2里的结构完全是错的，该有氢的地方都没有
gview里结合化学常识仔细检查结构后再做计算
另外，提问时不要上传chk文件，没意义，白浪费论坛空间。仅当别人恰好有和你相同版本Gaussian才可能打开你的chk文件

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