计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4603|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 时出错

[复制链接 Copy URL]

18

帖子

0

威望

119

eV
积分
137

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 woshiblake 于 2022-9-29 14:24 编辑

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索时,已用genmer成功产生了traj.xyz文件,然后用molclus结合gaussian做结构优化。就出现这样的错误:
Inputted trajectory file: traj.xyz
Loading basic information from the inputted trajectory file ...
There are totally        10 geometries in the inputted trajectory file

Setting file: settings.ini
Loading setting file ...
Program to be invoked: Gaussian
Task: Optimization
All frames in the inputted trajectory file will be processed

Cleaning old output and temporary files...
Deleting gauSP*
All Gaussian temporary files in current folder have been cleaned

Note: isomers.xyz already exists in current folder and "iappend" is set to 1, therefore new structures will be appended to this file

                         *** Configuration     1  ***
Current date: 2022-09-29   Time: 14:11:55
Loading geometry         1 from the inputted trajectory file
Generating gau.gjf...
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
molclus            0000000000426D63  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00002B9731474630  Unknown               Unknown  Unknown
molclus            0000000000416435  Unknown               Unknown  Unknown
molclus            000000000040B223  Unknown               Unknown  Unknown
molclus            0000000000404422  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00002B97316A3555  __libc_start_main     Unknown  Unknown
molclus            0000000000404329  Unknown               Unknown  Unknown

我的genmer.ini和settings.ini设置见文本


genmer.ini

1.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

genmer.ini

settings.ini

1.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

settings.ini

traj.xyz

60.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

traj.xyz

template.gjf

93 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 8

template.gjf

template2.gjf

90 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4

template2.gjf

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2022-9-29 15:20:34 | 只看该作者 Only view this author
woshiblake 发表于 2022-9-29 15:11
谢谢,已解决,原因是我用您例子中提供的settings覆盖了新下载的settings,图方便惹麻烦
另外 再咨询下, ...

MMFF94只适合有机分子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

18

帖子

0

威望

119

eV
积分
137

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-29 15:11:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-29 14:50
说明molclus的版本
从你的settings.ini上看似乎是猴年马月的版本
始终要用最新版,我也不提供老版本的答 ...

谢谢,已解决,原因是我用您例子中提供的settings覆盖了新下载的settings,图方便惹麻烦
另外 再咨询下,有机金属配合物体系,优化用MMFF94关键词似乎报错?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-9-29 14:50:29 | 只看该作者 Only view this author
说明molclus的版本
从你的settings.ini上看似乎是猴年马月的版本
始终要用最新版,我也不提供老版本的答疑
settings.ini文件不要乱改,除了真正要改的地方不要乱改别的地方,哪怕是注释
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 07:38 , Processed in 0.344535 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list