求助用genmixmem构建混合膜，能量极小化时老是出错

tianfu1899

老师好，我在用genmixmem构建混合膜（POPE+POPG），em的时候老是出错，在论坛上搜索了相关的问题，按照建议进行了修改，还是无法解决。pope和popg用SAMSON拉伸过，是不是这一步有问题？已把准备em的膜上传，麻烦老师给些建议。谢谢

“Polak-Ribiere Conjugate Gradients:
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+02
   Number of steps    =        10000
   F-max             =          inf on atom 9020
   F-Norm            =          inf


Energy minimization has stopped because the force on at least one atom is not
finite. This usually means atoms are overlapping. Modify the input
coordinates to remove atom overlap or use soft-core potentials with the free
energy code to avoid infinite forces.
You could also be lucky that switching to double precision is sufficient to
obtain finite forces.

writing lowest energy coordinates.

Back Off! I just backed up em.gro to ./#em.gro.2#

Polak-Ribiere Conjugate Gradients converged to machine precision in -1 steps,
but did not reach the requested Fmax < 100.
Potential Energy  =  3.9812851e+18
Maximum force     =            inf on atom 9020
Norm of force     =            inf”

tianfu1899

CruiseBend 发表于 2022-10-2 21:42
1. 报错是原子有overlap导致force过大而崩溃，你可以在vmd里面输入within 5 of serial 9020看下报错原子附 ...

非常感谢

CruiseBend

1. 报错是原子有overlap导致force过大而崩溃，你可以在vmd里面输入within 5 of serial 9020看下报错原子附件是不是有overlap，然后用move手动调整下周围的原子，注意pbc映像；
2. membrane不是很合理，box稍微大了点，不过npt下问题不大；可以考虑用charmmgui

tianfu1899

sobereva 发表于 2022-10-1 11:50
光贴个pdb文件没用
导致这种问题的可能原因是很多方面的，看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8一点点 ...

谢谢，sob老师

sobereva

光贴个pdb文件没用
导致这种问题的可能原因是很多方面的，看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8一点点检查和排查
你的pdb本身肉眼看不出明显问题