求助：有了resp.chg文件，用antechamber命令怎么把生成对应配体的mol2文件

哇卡卡卡卡卡

我现在要把一个配体的pdb文件转成mol2文件，一开始只用antechamber命令antechamber -i ligand.pdb -fi pdb -o ligand.mol2 -fo mol2 -c bcc -s -4，是出现change相关的错误。
然后查阅资料，可以尝试计算一下resp电荷，然后我就根据http://sobereva.com/476还有http://sobereva.com/531，计算resp电荷，最终得到配体的.chg文件。
输入命令：antechamber -i ligand.pdb -fi pdb -o ligand.mol2 -fo mol2 -c resp -nc ligand-resp.chg  （初学者，根据其他命令模仿的）
出现错误：Invalid input selections: The RESP charge method requires
a Gaussian output file, i.e. -fi gout -gv 0
or a Gaussian ESP file, i.e. -fi gesp -gv 1
or a GAMESS dat file, i.e. -fi gamess.

然后我就直接通过gaussview将文件另存为.dat文件（错误的傻瓜操作）。
输入命令：antechamber -i ligand.dat -fi gamess -o ligand.mol2 -fo mol2 -c resp -nc ligand-resp.chg
出现错误：/public/software/apps/amber20/bin/wrapped_progs/antechamber: Fatal Error!
Invalid format: GAMESS files should begin with ' $DATA'  （格式不对，也就是说.dat文件不能这么生成，）


我现在应该怎么得到.dat文件，或者其他两种文件
如果从整体上都不对，有了ligand.chg文件，我应该怎么产生相应的mol2文件和.frcmod文件
请大佬们指导！

sobereva

哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-10-4 21:35
sobereva老师，我有个问题，就是我用MCPB.py对金属有机化合物建模时（MCPB.py -i sub.in -s 1），
出现 ...

我不用MCPB，不清楚

哇卡卡卡卡卡

sobereva 发表于 2022-10-3 04:46
chg是Multiwfn私有格式，显然antechamber不认
自己用文本编辑器把Multiwfn算的RESP或RESP2(0.5)电荷写到mo ...

sobereva老师，我有个问题，就是我用MCPB.py对金属有机化合物建模时（MCPB.py -i sub.in -s 1），
出现错误：
  File "/public/software/apps/amber20/lib/python3.8/site-packages/pymsmt/mol/mol2io.py", line 34, in get_atominfo
    atid, atname, crdx, crdy, crdz, atomtype, resid, resname, charge = \
ValueError: not enough values to unpack (expected 9, got 8)
它这里说charge=\，不知道是不是在计算电荷这一步出现了问题，我根据您说的法子，将resp电荷手动加到了配体的mol2文件中，因为用antechamber命令无法将pdb文件转成mol2文件，所以我的mol2 文件是直接通过gaussview生成的，在这个mol2文件的基础上，按照老师您发的mol2文件的格式，手动将原子电荷加上去。不知道这一步是哪里出现了问题，请老师指导！
下面是配体的mol2文件内容
# Molecule Name
# Created by GaussView 6.0.16
#

#
#

@<TRIPOS>MOLECULE
Molecule Name
56 61
SMALL
USER_CHARGES


@<TRIPOS>ATOM
1 C1     0.6940    -2.8090     1.1320 C 1 MOL 0.4485315145
2 C2     1.2160    -4.1140     0.8110 C 1 MOL -0.4277690317
3 C3     2.0950    -3.9380    -0.2160 C 1 MOL -0.3079269655
4 C4     2.1100    -2.5250    -0.5080 C 1 MOL 0.2276833653
5 N5     1.2440    -1.8550     0.3160 N 1 MOL -0.2789324103
6 H6     0.9370    -5.0300     1.3160 H 1 MOL 0.1693084947
7 H7     2.6930    -4.6800    -0.7300 H 1 MOL 0.1455934780
8 C8     2.7420     1.5930    -1.6440 C 1 MOL 0.2458728836

哇卡卡卡卡卡

sobereva 发表于 2022-10-3 14:53
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF的gmx的拓扑文件，把拓扑文件里对应的参数挪到 ...

好的，谢谢sobereva老师

sobereva

哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-10-3 08:42
谢谢sobereva老师，按照您的方法，我已经成功生成了ligand的frcmod文件。在frcmod文件中，我看官网手册， ...

用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF的gmx的拓扑文件，把拓扑文件里对应的参数挪到frcmod里。或者用parmED之类尝试把gmx的itp文件直接转成AMBER的拓扑文件

哇卡卡卡卡卡

sobereva 发表于 2022-10-3 04:46
chg是Multiwfn私有格式，显然antechamber不认
自己用文本编辑器把Multiwfn算的RESP或RESP2(0.5)电荷写到mo ...

谢谢sobereva老师，按照您的方法，我已经成功生成了ligand的frcmod文件。在frcmod文件中，我看官网手册，有“ ATTN, need revision”字样的需要自己手动添加上去，这个数值可以不用特别精确吗？我看了官网中的参数解释，有一些没看到是指什么意思
BOND
C -C   291.70   1.548       same as  c- c, penalty score=  0.0
C -H     0.00   0.000       ATTN, need revision       （这里代表的是力常数和键长）
ANGLE
C -C -C    62.400     111.680   same as c -c -c , penalty score=  0.0
C -C -H     0.000       0.000   ATTN, need revision  （第一个数值不是很清楚，第二个数值指的是键角）
DIHE
C -C -C -C    4    1.200       180.000           2.000      same as X -c -c -X , penalty score=  0.0
C -N -O -H    1    0.000         0.000           2.000      ATTN, need revision  
（第一个数值1和第二个数值0不是很清楚）
接下来我应该怎么设置呢，求指导！

sobereva

chg是Multiwfn私有格式，显然antechamber不认
自己用文本编辑器把Multiwfn算的RESP或RESP2(0.5)电荷写到mol2里的原子电荷部分就完了。参考这个mol2文件，记录各个原子的行最后一列就是原子电荷（这里的值是ADCH原子电荷）

1. @<TRIPOS>MOLECULE
   
2. Molecule Name
   
3. 3 2
   
4. SMALL
   
5. USER_CHARGES
   
6. 
   
7. 
   
8. @<TRIPOS>ATOM
   
9. 1 O1     0.0000     0.0000    -0.1108 O 1 MOL -0.71332830
   
10. 2 H2     0.0000    -0.7840     0.4432 H 1 MOL  0.35666415
    
11. 3 H3    -0.0000     0.7840     0.4432 H 1 MOL  0.35666415
    
12. @<TRIPOS>BOND
    
13. 1 1 2 1
    
14. 2 1 3 1
    

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