请问在研究酶催化底物的分子动力学模拟中，配体分子的质子化状态如何确定？

大头攒毛

大家好，请问，在研究酶催化底物的分子动力学模拟中，配体为硬脂酸（结构式如下图所示），在模拟过程中，我该选择哪个结构进行研究？

大头攒毛

谢谢您的回复

wzkchem5

取决于反应涉及哪个质子化形式。一般来说，去质子化形式更有可能是正确的，因为中性pH下羧酸绝大部分是去质子的，但是不排除有的反应可能只在其中极少的带着质子的酸上发生。