计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2080|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VMD] 求助:水化聚合物模型体系中,计算体相水的径向分布函数,不收敛到1

[复制链接 Copy URL]

34

帖子

0

威望

490

eV
积分
524

Level 4 (黑子)

计算体相水中氧原子和氧原子的径向分布函数,发现不收敛到1,与参考文献不符,请问这是什么原因,谢谢

微信截图_20221004212616.png (12.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

O-O径向分布函数

O-O径向分布函数

微信截图_20221004212641.png (54.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

VDW显示部分是体相水

VDW显示部分是体相水

微信截图_20221004213050.png (33.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

参考文献中的径向分布函数

参考文献中的径向分布函数

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2022-10-8 17:04:13 | 只看该作者 Only view this author
先把问题简化,只分析一帧而不考虑时间平均。并且结合rdf的定义和当前体系特征对结果进行解释
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

34

帖子

0

威望

490

eV
积分
524

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-7 09:36:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-6 20:48
你用的是动态选区,得选上update selections

按照老师您说的我重新算了一下,同时我将r增加到了30后,我发现径向分布函数最终趋向于0

微信截图_20221007093148.png (18.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

微信截图_20221007093148.png

微信截图_20221007093138.png (10.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

微信截图_20221007093138.png

微信截图_20221007093116.png (12.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

微信截图_20221007093116.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2022-10-6 20:48:06 | 只看该作者 Only view this author

你用的是动态选区,得选上update selections
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

34

帖子

0

威望

490

eV
积分
524

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-6 20:09:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hymn 于 2022-10-6 20:11 编辑
sobereva 发表于 2022-10-5 19:13
把VMD的rdf插件界面的当前的截图贴出来

vmd面板.png (19.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

vmd面板.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-10-5 19:13:29 | 只看该作者 Only view this author
把VMD的rdf插件界面的当前的截图贴出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 19:10 , Processed in 0.206180 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list