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本帖最后由 ezez 于 2022-10-7 18:07 编辑
麻烦问一下关于一个蛋白质和两个化合物跑md的问题。
我按照社长的教程跑一个蛋白和一个化合物的md很顺利，不过想考察一个蛋白和两个化合物的动力学时，遇到了问题。
化合物1的itp文件截图如下：
化合物2的itp文件截图如下：
按照社长蛋白-配体的教程（社长教程里是1个化合物，我这里是2个）里设置的topol.top文件如下：
报错如下：
注：complex.gro文件是按照教程在蛋白后面依次粘贴上化合物1和化合物2的gro文件，截图如下：
注1：两个化合物的拓扑文件均由Sobtop生成～
注2：该蛋白是普通蛋白，不含有非标准残基～
注3：complex.gro文件是我仿照社长的教程，直接在蛋白的gro文件后面粘贴上化合物1和化合物2的gro内容。
估计是顺序问题，不过我确实没法解决。在网站找了，看gmx 论坛也有人问这个问题。她的解决方案是直接把两个化合物的itp文件的[ atomtypes ]删除掉，然后合并到topol.top文件最开始，然后再加上parent AMBER force field in the topol.top file.。我试了下，依然报错如下： 结果：报错：Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (complex_SOL.gro, 198889)
does not match topology (topol.top, 937849)
卢老师说过，由于BEN_GMX.itp里最开头定义了[ atomtypes ]，因此此itp要最优先被引入到topol.top文件（除非把这部分内容挪到ffnonbonded.itp里），不过教程里是关于1个小分子的，我这里是2个小分子～
在QQ群的热心群友的建议下，做了以下尝试，但尚未成功：
尝试1：直接把第二个小分子的atomtype项剪切到第一个
结果：报错：Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (complex_SOL.gro, 198889)
does not match topology (topol.top, 937849)
尝试2：直接把化合物1.itp和化合物2.itp文件最前面的[ atomtypes ]的内容剪切并合并粘贴到topol.top开始处
结果：报错如下，
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (complex_SOL.gro, 198889)
does not match topology (topol.top, 753109)
化合物1和化合物2的gro和itp文件见附件，topol.top太大了，就不传了～
麻烦了～～
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发表于 Post on 2022-10-5 00:32:42
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