用Chimera可视化复合物轨迹发现配体在其中几帧中突然离开蛋白质又突然回到原位置。

Couriosity

       大家好，最近在用Amber研究配体和蛋白结合模式，进行能量最小化、加热和平衡过程后，我进行了100ns*10 = 1μs的无约束模拟，无约束模拟我写了一个shell脚本，参数设置如下：

for i in `seq 1 10`; do
   mkdir -p md${i}
   cd md${i}

# 100 nano second per run with default ig
   cat > md.in <<EOF
# pmemd: plain minimization, es
&cntrl
    irest=1, ntx=5,ntr=0,
    imin=0,
    nstlim=50000000, dt=0.002,
    temp0=300.0, ntt=3, gamma_ln=1.0,
    ntc=2, ntf=2, ig=-1, iwrap=1,
    cut=10.0,
    ntpr=5000, ntwv=0, ntwx=5000, ntwr=10000000,
    ntb=2, ntp=1, pres0=1.0, taup=1.0,
/

EOF

   if [ $i -eq 1 ]
   then
   pmemd.cuda -O -i md.in -o md${i}.out -p xxx_solv.prmtop -c ../3_equ/hold4.res -x md${i}.nc -e md${i}.en -r md${i}.res
   else
   pmemd.cuda -O -i md.in -o md${i}.out -p xxx_solv.prmtop -c ../md$[i-1]/md$[i-1].res -x md${i}.nc -e md${i}.en -r md${i}.res




       每个100ns轨迹有10000帧坐标，1μs总共有100000帧坐标，用Chimera软件可视化的时候，一开始一直都是复合物状态；但到第18970帧，也就是不到200ns的时候，配体突然与蛋白质分离（没观察到缓慢出去的过程，是直接分离的），在这之后在分离和结合状态反复横跳（如视频所示），请问各位前辈这是什么原因呢，是Chimera可视化软件的问题，还是我模拟的问题？如果是模拟的问题，怎样才能改好呢？

pinpo

Couriosity 发表于 2022-10-6 17:49
谢谢，我还想请问一下是是不是.nc格式的文件只有linux 1.94版本的vmd 才能加载成功呢？

你可以参考这个帖子，为什么amber产生的轨迹文件vmd识别不了
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 11&fromuid=5788
(出处: 计算化学公社)

Couriosity

pinpo 发表于 2022-10-6 16:25
有可能是周期边界条件造成的，你提取一下配体出去的那几帧，用vmd看看确认一下是不是周期边界造成的

谢谢，我还想请问一下是是不是.nc格式的文件只有linux 1.94版本的vmd 才能加载成功呢？

pinpo

有可能是周期边界条件造成的，你提取一下配体出去的那几帧，用vmd看看确认一下是不是周期边界造成的

exity

用VMD看看先

Couriosity

图2太大了，没上传成功