使用AmberQM/MMMD计算基团转移过程的自由能变化，伞形采样时约束文件如何设置？

raychow · 发表于 Post on 2022-10-8 23:24:54

本帖最后由 raychow 于 2022-10-8 23:30 编辑

https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial17/section2.php 上面Amber官网教程对丙氨酸二肽旋转进行了伞形采样，设置了如下的约束文件

disang.120

Harmonic restraints for 120 deg
&rst
  iat=9,15,17,19,
  r1=-60.0, r2=120.0, r3=120.0, r4=300.0,
  rk2=200.0, rk3=200.0,
/

如果想要计算如下不同原子间距离差的反应坐标的伞形采样，如何设计上述那种约束文件以满足要求，请教各位老师，万分感激！

raychow · 发表于 Post on 2022-10-23 11:20:39

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-9 12:51
约束文件的含义如下
iat指定了4个原子定义了一个二面角
r1r2r3r4和k1k2定义了如何在这个二面角上施加约束 ...

非常感谢，我正在用您说得那种尝试

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-10-9 12:51:13

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-10-9 12:52 编辑

约束文件的含义如下
iat指定了4个原子定义了一个二面角
r1r2r3r4和k1k2定义了如何在这个二面角上施加约束
r和k的具体含义请参考手册23.4.4
图中的反应坐标应该是两组原子的质心距离，可能不能按照上面的文件的方法写
可以另外写一个定义反应坐标的文件，amber支持的反应坐标和写法在手册23.4.2
然后在另一个文件中写r1r2r3r4和k1k2这几个参数
手册中提供了一个例子Figure 23.11

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