MS 中使用mesocite模块对沥青质在正庚烷中进行介观尺度模拟后不聚集，怎么解决？

xmld · 发表于 Post on 2022-10-9 11:16:28

请问大家，对于沥青质分子粗粒化后进行介观尺度的模拟，力场参数主要设置的有bond stretch,angle bend,electrostatic,vdw waals等参数，经过相应的能量最小化和平衡结构后，通过100nsNVT之后，发现整个体系中的沥青处于一个分散的状态，请问一下这个模拟过程中是由于什么原因导致不聚集？怎样解决？非常感谢大家的指导及意见。

xmld · 发表于 Post on 2022-10-14 09:18:16

zyj19831206 发表于 2022-10-13 16:15
都是建立分子动力学盒子，然后计算内聚能密度求得的，没有完全准确的步骤，也有别的路径，你可以拿几种办 ...

好的，多谢多谢

zyj19831206 · 发表于 Post on 2022-10-13 16:15:22

xmld 发表于 2022-10-9 16:50
DPD珠的溶解度参数，是根据一篇英文文献里面的给的计算步骤得到的，同样的方法和文章中的结果有点出入， ...

都是建立分子动力学盒子，然后计算内聚能密度求得的，没有完全准确的步骤，也有别的路径，你可以拿几种办法求得的溶解度参数跑的结果做个对比。

xmld · 发表于 Post on 2022-10-9 16:50:03

zyj19831206 发表于 2022-10-9 16:32
那就是参数算的不准，参数一般算准了，肯定可以成团。

DPD珠的溶解度参数，是根据一篇英文文献里面的给的计算步骤得到的，同样的方法和文章中的结果有点出入，请问一下这个参数怎样获得的较为准确？

zyj19831206 · 发表于 Post on 2022-10-9 16:32:05

xmld 发表于 2022-10-9 16:13
使用的应该是DPD，这个是已经通过Forcite里面计算出各珠子之间的耗散力参数，修改了一些上面说的一些力场 ...

那就是参数算的不准，参数一般算准了，肯定可以成团。

xmld · 发表于 Post on 2022-10-9 16:13:08

zyj19831206 发表于 2022-10-9 11:35
你使用的是CGMD还是DPD,CGMD要去查每个珠子的具体对应力场，不能选错了，DPD要从forcite里面计算溶解度参数 ...

使用的应该是DPD，这个是已经通过Forcite里面计算出各珠子之间的耗散力参数，修改了一些上面说的一些力场参数，然后通过mesocite模块的dynamics模块进行的

zyj19831206 · 发表于 Post on 2022-10-9 11:35:35

你使用的是CGMD还是DPD,CGMD要去查每个珠子的具体对应力场，不能选错了，DPD要从forcite里面计算溶解度参数通过公式计算出来，选错了肯定不能成球。

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