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[GROMACS] 利用gromacs+plumed使用gpu+mpi并行14个温度下的模拟并有交换时,gpu的效率很低。

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Level 2 能力者

使用的是学校的A100的gpu,提交任务的脚本如下:     #!/bin/bash -l     #PBS -l nodes=1:ppn=14:gpus=4
     #PBS -l walltime=120:00:00
     #PBS -j oe
     #PBS -N mpi
     #PBS -q gpu_a100

    source /public/home/aa/ab/.bashrc
    source /public/home/aa/ab/sof/gmx2018.8/bin/GMXRC
    cd $PBS_O_WORKDIR
    mpirun  -np 14  gmx_mpi mdrun -ntomp 14 -s pro.tpr  -multidir DNA1 DNA2 DNA3 DNA4 DNA5 DNA6 DNA7 DNA8 DNA9 DNA10 DNA11 DNA12 DNA13 DNA14 -plumed plumed.dat -replex 1000 -cpi s    tate.cpt
然后提交任务后显示了warning出现了14个WARNING: On rank 0: oversubscribing the available 48 logical CPU cores per node with 196 threads.          This will cause considerable performance loss.,
,并且gpu的利用率非常低。
因为刚接触这个并行很短时间,想问一下老师有什么解决方法。



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