CGenFF创建小分子拓扑文件报错

LvYang

我在使用gromacs学习蛋白与配体的分子动力学模拟时，在创建小分子的拓扑文件时遇到报错指令，具体报错问题如下：
(py_gmx) C:\Users\HP\Desktop\gmx_test2>python cgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py jz4 jz4.mol2 jz4.str charmm36.ff
NOTE 1: Code tested with Python 3.5.2 and 3.7.3. Your version: 3.5.6 |Anaconda, Inc.| (default, Aug 26 2018, 16:05:27) [MSC v.1900 64 bit (AMD64)]

NOTE 2: Code tested with NetworkX 2.3. Your version: 2.3

NOTE 3: Please be sure to use the same version of CGenFF in your simulations that was used during parameter generation:
--Version of CGenFF detected in  jz4.str : 4.6
--Version of CGenFF detected in  charmm36.ff/forcefield.doc : 4.6

NOTE 4: To avoid duplicated parameters, do NOT select the 'Include parameters that are already in CGenFF' option when uploading a molecule into CGenFF.
Error in atomgroup.py: read_mol2_coor_only: no. of atoms in mol2 (22) and top (0) are unequal
Usually this means the specified residue name does not match between str and mol2 files
报错说mol2与str文件中的残疾名不匹配，但是我检查后发现文件中的残基名是对应的上的，如下：

我十分困惑不解，各位老师能抽出时间解答我的疑惑吗，十分感谢！！！

laoman

不要再pm我了。把mol2和str文件里所有的12570替换成UNL。

然后运行：python cgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py UNL jz4.mol2 jz4.str charmm36.ff

fanzhihua

我有类似的问题

fanzhihua

您好可以请教一下吗

LvYang

laoman 发表于 2022-10-13 17:57
不要再pm我了。把mol2和str文件里所有的12570替换成UNL。

然后运行：python cgenff_charmm2gmx_py3_nx2. ...

好的，老师！
问题已成功解决，十分感谢您！！！

sobereva

如果是没有明确力场偏好的人，蛋白质-配体复合物模拟我都建议用GAFF（描述小分子）结合AMBER（描述蛋白质），这种组合使用极其广泛。sobtop创建小分子的拓扑文件非常容易，看http://sobereva.com/soft/Sobtop