[已解决]Forcite模块计算聚合物体系中气体分子MSD，温度设置等问题

lige826603209 · 发表于 Post on 2022-10-12 15:33:37

本帖最后由 lige826603209 于 2022-11-7 15:39 编辑

大家好，我在尝试计算CO2和CH4在一种聚合物中的MSD，想请教一下退火过程温度设置的问题：
参考几篇文献总结一般的流程有图中两种，想请教一下前辈们哪种流程较为合理，Annel初始温度应该怎么设置？

lige826603209 · 发表于 Post on 2023-11-17 12:16:49

DES 发表于 2023-11-17 10:12
你好，请问计算气体分子的扩散系数是怎算的，构建好盒子后是先NPT模拟一段时间后，NVT还是NPT退火处理，然 ...

NPT模拟一段时间，达到平衡（如通过密度确定）后，再NVT模拟用其轨迹计算MSD。
对退火的描述不同文献出入比较大，具体步骤建议参考研究相关问题的文献

DES · 发表于 Post on 2023-11-17 10:12:03

你好，请问计算气体分子的扩散系数是怎算的，构建好盒子后是先NPT模拟一段时间后，NVT还是NPT退火处理，然后再NVT模拟吗？

WuYP000 · 发表于 Post on 2023-6-7 14:24:30

大神，你好。我现在也在做聚合物体系中液体分子的MD，网上搜了一些案例，都说在进行MD之前需要对建立的结构进行几何优化+退火+分子动力学。但是退火这一步不知道要怎么操作，你能给我说一下这个具体的操作发过程么。非常感谢！

lige826603209 · 发表于 Post on 2022-11-6 09:55:17

sobereva 发表于 2022-11-6 09:40
1 减小tau-p，使得控压效果更显著。也可以暂时性地加大压力，或者加大可压缩系数。

2 2.5K/ns 通常来 ...

感谢sob老师，我理解了

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-6 09:40:41

lige826603209 发表于 2022-11-5 16:10
sob老师您好，我在被M$龟速折磨的时间里学习了用GMX完成类似上面的任务，产生了一些疑问，这是我的流程:
...

1 减小tau-p，使得控压效果更显著。也可以暂时性地加大压力，或者加大可压缩系数。

2 2.5K/ns 通常来说已经很慢了

lige826603209 · 发表于 Post on 2022-11-5 16:10:13

本帖最后由 lige826603209 于 2022-11-5 16:24 编辑

sobereva 发表于 2022-10-13 11:28
没那么费事
高温下跑一段时间NPT，然后很缓慢退火（只需要一次），降到到目标温度后NPT再跑一阵到达平衡， ...

sob老师您好，我在被M$龟速折磨的时间里学习了用GMX完成类似上面的任务，产生了一些疑问，这是我的流程:
（1）用packmol在盒子里放了10条聚合度12的链（5000+原子），盒子尺寸{200 200 200} (图1 after_pack）。
（2）sobtop生成了输入文件
（3）gmx editconf设置了-d=1.0，这时候盒子{277 277 277}
（4）运行了2ns 800K 1bar的NPT，发现盒子大小和密度变化很小（图2 npt)

疑问：
1. 请问老师我该怎么得到比较合理的盒子大小和密度？packmol的时候让盒子小一点，或者我在NPT设置更高的压力？
2. 看到一篇文献给了 2.5K/ns 的冷却速率，这符合您说的缓慢退火吗？或者快一点还是慢一点（我不太有概念

）

lige826603209 · 发表于 Post on 2022-10-13 13:05:55

sobereva 发表于 2022-10-13 11:28
没那么费事
高温下跑一段时间NPT，然后很缓慢退火（只需要一次），降到到目标温度后NPT再跑一阵到达平衡， ...

感谢sob老师解答，我尝试一下

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-13 11:28:42

没那么费事
高温下跑一段时间NPT，然后很缓慢退火（只需要一次），降到到目标温度后NPT再跑一阵到达平衡，然后做NVT的MD再算MSD就行了

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