ORCA无法并行问题求助

Rosefinch · 发表于 Post on 2022-10-14 16:31:16

本帖最后由 Rosefinch 于 2022-10-14 17:00 编辑

本人在学校服务器里按照sob老师的博文安装了orca502和openmpi411，因之前安装过intel的oneAPI，所以同时存在另一个mpi库，但按照博文提示更改后输入which mpiexec可以显示openmpi的路径。利用slurm管理系统编写脚本提交任务，程序运行直到出现了GEOMETRY OPTIMIZATION CYCLE 1并且生成了体系的坐标并且后报错说无法并行，请问这个该如何解决？
图1、2为报错截图

图3为我提交任务的脚本文件

图4是我的输入文件

图5是我的bashrc文件

附上程序最后生成的log文件

3-2212.zip (93.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

Rosefinch · 发表于 Post on 2022-10-14 17:50:39

abin 发表于 2022-10-14 17:38
如果你的机器支持singularity apptainer
那就可以试试我提供的方案，
下载即用，支持IB网络。

好的，谢谢您

Rosefinch · 发表于 Post on 2022-10-14 17:49:55

wzkchem5 发表于 2022-10-14 17:38
那是不是因为错误信息里提到的，是slurm对提交核数设了限制？

我以前没有用openmpi提交过并行，之前都是用gaussian以及oneAPI编译的vasp，用这两个软件32核的任务也跑过，但是一用openmpi就不行了，不知道有什么特别的原因。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-10-14 17:38:15

Rosefinch 发表于 2022-10-14 10:25
这个节点有24个核的，之前它的CPUAlloc是0的时候我投的，程序也正常启动了，但是一开始优化就报这个错， ...

那是不是因为错误信息里提到的，是slurm对提交核数设了限制？

abin · 发表于 Post on 2022-10-14 17:38:12

如果你的机器支持singularity apptainer
那就可以试试我提供的方案，
下载即用，支持IB网络。
无需配置其他东西。

Rosefinch · 发表于 Post on 2022-10-14 17:25:07

wzkchem5 发表于 2022-10-14 17:03
你投任务的节点的物理核数不到24个，所以不给做24核并行

这个节点有24个核的，之前它的CPUAlloc是0的时候我投的，程序也正常启动了，但是一开始优化就报这个错，后来换了个节点也是同样的问题

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-10-14 17:03:45

你投任务的节点的物理核数不到24个，所以不给做24核并行

Rosefinch · 发表于 Post on 2022-10-14 16:43:03

abin 发表于 2022-10-14 16:39
是哪位先生, 或者那个大佬告诉你,
ORCA是采用mpirun来运行的?

不好意思，之前截图截错了，我实际投任务的时候没加mpirun出现的这个报错

abin · 发表于 Post on 2022-10-14 16:39:49

是哪位先生, 或者那个大佬告诉你,
ORCA是采用mpirun来运行的?

或者你是根据什么逻辑来认为, ORCA需要使用mpirun来运行?

RTFM.

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