公社群聊Q&A整理：2015.07.02 19 ~ 2015.07.07 05 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-5-17 16:19:44

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2015.07.02 19 ~ 2015.07.07 05 Concate.txt (51.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

2015.07.02 18:38:06
Q:
求文献http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2002/CP/b204680f
A:
自行用sci-hub.club解决！
http://pubs.rsc.org.sci-hub.club/en/Content/ArticleLanding/2002/CP/b204680f#!divAbstract
[图片]
Q:
之前不知道，谢谢老师……[Emoticon]
A:
没看过群共享里群规章制度者都看一下
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2015.07.02 19:14:32
Q:
[图片] 老师，高斯打不开Cif文件，请问这是怎么回事呢？
A:
你先用MS打开，然后再导出成cif文件，再用gv打开，往往就好了
gv直接打开下载到的cif文件经常失败
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2015.07.02 19:52:25
Q:
[图片]老师，计算PBC的单点这样的关键词可以吗？
A:
不要写这么一大堆
直接用TV来定义平移矢量就足矣了
而且高斯里的PBC尽量别用弥散函数，否则问题很多
Q:
老师，能给个示例吗？我从来都没有计算过PBC
就是关键词的示例
A:
[图片]
Q:
就这么简单啊？
A:
对
简单问题不要复杂化
我特反感很多人做一个简单任务也写一大堆关键，实际上几乎都是没用的甚至是有害的
Q:
另外老师，TV里有一个20多的合理吗？[图片]
A:
看你是什么体系
如果Z方向晶胞本来就很长那就合理
Q:
[图片] 老师是这个样子的，我们老板说这个是二维的
A:
就是二维的。高斯里不要按三维来算，否则计算量多一个数量级
只有CASTEP、VASP那样的平面波程序，即便是二维的你也得设三维的盒子当三维PBC来算
8月的量化培训班里也会讲这部分
Q:
高斯做这个是不是没有crystal厉害
A:
差远了
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2015.07.02 22:04:51
Q:
维基百科的Transition state theory词条解释里面说最早的过渡态理论不适合高温情况，说 at high temperatures, molecules populate higher energy vibrational modes。是不是说分子的振动最大概率分布在freq得到的最低频率的模式上呢？
A:
一般温度下主要都是分布在振动基态。
高温不适合过渡态理论主要是此时由于热运动剧烈，实际反应轨迹偏离IRC、过渡态很明显
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2015.07.02 23:04:31
Q:
http://www.nature.com/nature/journal/v407/n6803/full/407496a0.html
求助文献，谢谢大神啊
A:
用sci-hub.club自行解决
http://www.nature.com.sci-hub.club/nature/journal/v407/n6803/full/407496a0.html
Q:
自然杂志没权限呀
我在学校图书馆里找遍了，这篇下载不到
[Emoticon]
总是跳出来要钱
A:
[图片]
Q:
nature 不是开发下载么
对啊
但是这篇不行啊
A:
scihub绝对能下！！！！！！！！！！！！
Q:
好吧，我没有试过这么高级的
A:
此群不许说“好吧”
[图片]
看群共享里群规章制度
sci-hub链接都直接给出来了，点击一下马上就能下。不要抱怨
----------------------------------------------------
2015.07.02 23:04:49
Q:
老师，我在用CCSD（T）优化Li2键长时，采用笛卡尔坐标将x坐标作为优化变量会报错，换成y或者z坐标则能正常优化，这是为什么啊？
A:
[图片]
Q:
%chk=C:\gtest\opt\Li2_CCSD(T)_2.chk
# CCSD(T)/cc-pVTZ opt
Title Card Required
0 1
Li x1 -0.59819026 1.26454996
Li -2.69391251 -0.59819026 1.26454996
x1=0.43
A:
改成这样
Li 0 x -0.59819026 1.26454996
Li 0 -2.69391251 -0.59819026 1.26454996
x=0.43
Q:
哦，加两个0是什么作用？
A:
注明写的是笛卡尔坐标
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2015.07.02 23:08:15
Q:
[Emoticon]
[Emoticon]
[图片]
[Emoticon]
[Emoticon]
[图片]
A:
无意义的表情就别在主群来回发了，把通知都挡着了
----------------------------------------------------
2015.07.02 23:34:54
Q:
sob老师，计算弱相互作用力的时候，我开始用的语句是这个：
#p opt b3lyp/6-311+g(d,p)
后来看到帖子，用到DFT-D3的方法，更改后的语句是这个么：
#p opt B3LYP-D3(BJ)/6-311+g(d,p) 这样就可以么？
A:
高斯里怎么写，看此贴
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
Q:
我看的就是这个帖子
A:
4.3节看了没？
Q:
check the Gaussian manual FIRST
就是在关键词后边加上D3么
要不要加上-
A:
帖子里每个字都要看
你看了百分之多少？
Q:
B3LYP/6-311+g(d,p) Empiricaldispersion=GD3BJ
后边不写着，直接用关键词就行
我自己试试吧
A:
凡是有相应的帖子/博文，不建议在帖子完整阅读完之前提问
[图片]
Q:
fist of all, check the Gaussian manual
A:
问之前，尽人事
Q:
我都看了
面对这种不知道加还是不加的，建议都试试就知道了机器又不会爆炸[Emoticon]
A:
难道非得用高亮再标注一次么？
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.02 23:57:55
Q:
您说[图片]，其实是所有的3N-6（对于非线性分子）个振动模式都有分布吧。并且是在它们的基态上
比如苯，最低的肯定不是C-H的伸缩振动，按那上面说感觉低温时没有C-H的伸缩振动，只有最低的骨架振动似的，，看到后越觉得奇怪
A:
不是。3N-6种模式，都有振动基态和振动激发态。每种振动模式在0K下都会振动（零点振动），并处于振动基态，随着升温，在振动激发态的布居会增加。
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2015.07.03 00:00:28
Q:
好的，谢谢Sob，如果配位键不适合用LBO的话，那应该用什么去表征？
我用了Mayer结果跑MD的时候，键级比较大的反而也会断裂，这种应该怎么考虑呢？
A:
Mayer只有对于同一类键比较，才能反映键的强度
你可以直接算键能。
Q:
同一类键是指？我这里都是研究配位键
A:
比如都是Cu-O配位键，才能相互比
元素必须一致
Q:
这样啊……这里考虑键能而不是键级的原因是什么呢？
A:
键能是键强度最直接的反映
Q:
一般来说，这里的键能应该是指键焓吧？另外，需要做BSSE校正吗？
A:
[图片]
不用考虑BSSE
Q:
[图片]
Sob老师，您说的电子能量，这里指的是电子的动能还是电子的势能还是电子与核的能量？
A:
就是你做普通单点计算得到的能量
Q:
这样，那么，这种键能应该包括这三部分吗？还是如LS所说，只是电子与核之间的能量？
A:
[图片]
E_ele包括了电子动能、电子势能（包括电子-电子作用能，以及电子-核吸引势）
----------------------------------------------------
2015.07.03 00:07:40
Q:
对于一个热反应，过渡态能量比反应物高，反应物走到过渡态不也需要提升振动，转动等热运动能量（分子需要分布在振动，转动的激发态上）来克服能垒吗。那么热运动也会加剧，不会造成偏离IRC,鞍点吗
A:
肯定会偏离，只是偏离程度的问题
----------------------------------------------------
2015.07.03 00:50:22
Q:
老师：您好！这是我按照您帖子在高斯里写的关于将核独立化学位移(NICS)分解为sigma和pi轨道的贡献的输入文件的一部分，可以麻烦您帮我看一下吗？ [图片][图片]主要是我怕把在NBO5.0计算的输入文件弄混了。
A:
你算一下，何不合理不就知道了
----------------------------------------------------
2015.07.03 01:28:38
Q:
oniom QM/MM怎样才能得到 free energy surface呢？有人做过吗/
A:
得到free energy surface这种说法太含糊
Q:
oniom没法直接得出free energy 随反应坐标的变化
类似这种
[图片]
A:
你先做IRC，然后对IRC每个点做振动分析得到自由能，绘制成曲线即可。
Q:
谢谢sob 老师。他是用umberlla sampling方法做的。
你跟我说的这种做法和umberlla sampling方法的区别是什么?
A:
那就不是一类的了。那种方式需要做动力学，ONIOM没法弄
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2015.07.03 01:49:12
Q:
[图片]老师这个图叫个啥名比较妥当呢
A:
轨道相互作用图
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2015.07.03 02:56:12
Q:
[图片] 请教下，这是.log文件里，scf收敛后面的部分截图，能否告知这部分大概是在做什么
A:
懂得几何优化算法就自然明白了。此文有牛顿法、GDIIS法的介绍
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
这里有几何优化算法综述和文章合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=105
----------------------------------------------------
2015.07.03 03:43:02
Q:
请教，同一个优化好的分子结构，计算不同的内容，能用一个chk名吗
sob老师，一个优化好的结构，设给不同的电荷和自旋，用同一个chk名，能同时运行吗
A:
能
Q:
那最终chk是谁的，最后出结果的那个吗
A:
对
----------------------------------------------------
2015.07.03 03:49:37
Q:
请问 Error termination via Lnk1e in /home/g03/l1.exe at Thu Jul 2 19:43:45 2015.是什么问题
[图片]
这是输入文件
[Emoticon]t并没有什么含义……
但是我木有看到输入文件有啥问题……
那个错误就是输入文件有问题？
A:
自定义基组写法不对。磷根本没必要用赝势
你这个体系，最简单的写法就是都用def2SVP，即# B3LYP/def2SVP opt freq，就完事了，精度没问题
----------------------------------------------------
2015.07.03 04:34:14
Q:
老师：请问在计算NBO时。关键词写入[图片]和[图片]有什么区别？（后两者通过看您的帖子我知道）
A:
nboread从$NBO读取额外的控制信息
saveNBO/saveNLMO将NBO/NLMO轨道保存进chk里
完全不是一回事
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2015.07.03 04:41:22
Q:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0092640X7390020X
亲们，谁能帮助下一个文献，学校没有权限。
A:
scihub解决，这已经是今天第三次提醒了
http://www.sciencedirect.com.sci-hub.club/science/article/pii/0092640X7390020X
----------------------------------------------------
2015.07.03 05:11:22
Q:
Journal of the Chemical Society-Chemical Communications这个的简写是什么呀
A:
J. Chem. Soc.-Chem. Comm.
----------------------------------------------------
2015.07.03 05:33:39
Q:
[图片]请教一下各位老师，出现这个问题，应该如何解决？怎么修改top文件。
我看看是不是语法问题。
[图片]
会不会是这里的问题？
哦。我再检查一下，谢谢老师。
A:
光靠这么点信息不好判断。先看你自己体系的拓扑文件格式是否正确，然后看力场目录下的spce.itp是否健在且合理
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2015.07.03 06:52:01
Q:
麻烦关于分子动力学的中文核心一般有哪些较好的，可以推荐下么
A:
物理化学学报、化学学报、高等学校化学学报、计算机与应用化学等等
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2015.07.03 07:01:14
Q:
sob老师，请教下，在amber中我对轨迹做了一个统计，在x中心5埃范围内离子的分布，如何使这个统计结果与轨迹结合呢？
A:
你对哪个轨迹统计，结果就对应哪个轨迹，何谓结合？
----------------------------------------------------
2015.07.03 07:36:25
Q:
NBO6.0能读output from ORCA?
A:
使用说明在计算化学公社上NBO6帖子里有
不是读ORCA，而是ORCA调用NBO6
----------------------------------------------------
2015.07.03 07:38:41
Q:
请问Sob老师，对于萜类有机小分子，用mPW1B95方法和B3LYP方法哪个更合适呢？
A:
B3LYP。不要用mPW1B95这种小众向泛函
M06-2X也是很好的选择
Q:
M06-2X？我还以为这个适合做含金属的配位化合物呢
A:
配位化合物才不适合
应该用M06
M06-2X专给主族拟合的参数
----------------------------------------------------
2015.07.03 07:39:36
Q:
我想问，老师每天回答问题，剩下的时间会看几篇文献，几页书？
A:
谁知道呢
----------------------------------------------------
2015.07.03 07:43:36
Q:
[Emoticon]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.03 07:51:08
Q:
在orca中调用NBO （[图片]），输出结果显示[图片]，这说明orca调用NBO时存在一些问题？
这样形成的wavefunction，能被继续使用吗？
A:
你用def2SVP算一个水分子，能正常调用NBO6么？
Q:
可以正常调用NBO
A:
那说明你当前计算有问题。如果基组有弥散函数，去掉弥散函数。如果没弥散函数，用小点的基组再试。
----------------------------------------------------
2015.07.03 07:52:48
Q:
sob我的意思可能没有表达清楚，我是想看Na+离子在x原子周围的分布情况，从轨迹文件（假如1000帧）中每隔5帧提取一个pdb（200个），然后找离x原子3埃距离的Na+个数（假如每帧只有一个Na+在这个范围内），这样就一共有200个Na+（而且分别分布在200个pdb文件中），但是我现在想看这200个Na+在md中的动态效果。
A:
什么叫动态效果？
Q:
跟md一起运动
A:
看轨迹动画不就行了
Q:
mdcrd是可以动的
但是提取成pdf后就不行了啊
A:
你把单独的pdb文件合并成多帧的pdb文件就能播放了
Q:
怎么合并》
？
A:
cat
Q:
我的一个pdb里面只有一个Na+在范围内，把200个Na+的pdb用cat集合？
A:
VMD载入轨迹后保存轨迹时可以选择保存为pdb轨迹，随便找个轨迹保存一次，参考一下就明白怎么回事了
Q:
那这也只是Na+的集合和动画，怎么实现和其他动画的结合呢？
A:
什么其它动画？
你的问题直接用VMD的选择范围就完全解决了
显示哪些原子可以自由灵活调控
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2015.07.03 16:12:17
Q:
老师好，现在攒机配置有好推荐吗？
那个帖子我看过了，是2014年的，所以想问问有更新的推荐吗？
A:
那个帖子即便到现在也没过时。硬件发展如今很慢，只不过价格稍有变动而已
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2015.07.03 17:22:40
Q:
sob老师，我优化了一个体系比较大的结构，按照老师说的，提前看优化曲线，通过查看，发现体系RMS已经开始周期性的震荡了。这样应该如何修改关键词呢？》
A:
看此贴
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
SCF过程的曲线用gview是看不到的，但Multiwfn可以看
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2015.07.03 17:33:58
Q:
请教sob老师，130个原子，m062x/tzvp几乎优化不动了，有没有小一点的基组
SVP或者6-31G**吗
好的，我试试，谢谢您啦
A:
先用6-31G*，这是最便宜的可用的基组。对于有机分子几何优化，这个级别也足够了。
Q:
谢谢老师，我先用SVP试试可以吗
A:
SVP明显比6-31G*贵
Q:
因为我这个体系，65个原子用的TZVP，加倍之后想用SVP，感觉这两种是一个系列的，您看？
A:
和这没关系。并不要求什么一个系列。
但如果你要横向比较，还是基组统一为宜
优化的话SVP足够了。如果SVP算得动130原子，可以都用SVP
Q:
好的，那我就都用SVP优化，def2TZVP单点可以吗
TZVP算不动130个
A:
可以
----------------------------------------------------
2015.07.03 18:08:03
Q:
求助这个分子怎么优化啊？
A:
字号别用得太大
　° 直接优化就完了，没特殊性
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2015.07.03 18:56:21
Q:
[图片]在用高斯优化寻找过渡态时发现能量是升高的
已经缩小了步长 opt=maxstep=1 并且用了GDIIS关键词
如果不用这两个关键词优化时会振荡的很厉害
用了以后就出现了这个结果请问有没其它办法啊
但是一直在上升啊
优化的时候不是应该能量向地处走吗
步长不小的话振荡的很厉害
A:
1太小了，太慢，最低3也足够了
Q:
如果这次还不行的话那我就将步长稍微增大点
A:
而且别忘notrust。
步长这么小，成本比用calcall还高
不要光看曲线，还要看结构变化轨迹综合判断是否正在往希望的TS上走
Q:
我在关注
已经非常接近了
但是一直不收敛
一直在振荡
A:
你这并没有震荡
Q:
因为步长小了所以没有振荡
若果步长大的话就会振荡而且加了GDIIS也没有用
A:
calcall有很高几率解决震荡
这里都有介绍
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
加cal all
精确？
A:
当然后者精确
Q:
请教sob老师除了高斯以外还有哪些程序有calcall的功能
A:
几乎所有程序都有。只不过是每一步都精确计算Hessian矩阵而已。
----------------------------------------------------
2015.07.03 19:01:49
Q:
老师，对于过渡金属配合物基态优化的时候，开壳层分子是不是和闭壳层分子一样进行优化？电荷和自旋度0 2即可是么？谢谢老师
A:
是
----------------------------------------------------
2015.07.03 19:17:05
Q:
老师，请问，目前有两个手性分子，我想比较稳定性，是否就是优化基态几何结构比较HF能量即可呢？
单纯优化这样做，有没有说服力？
A:
没法这么比。
Q:
那如何说明这个稳定性问题呢
实验上两种分子都存在于产物中
A:
看这个帖子和回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
----------------------------------------------------
2015.07.03 19:24:41
Q:
请问基组TZV2P和DZVP区别大吗
A:
显然不是一个级别的
从名字上看，前者极化函数多，而且是3-zeta，后者只有较少的极化函数，2-zeta
----------------------------------------------------
2015.07.03 19:47:17
Q:
常见好用的查询物性数据的网站有哪些？
A:
chemspider
----------------------------------------------------
2015.07.03 19:51:40
Q:
老师，有讨论关于CASTEP的文章吗？
A:
ない
----------------------------------------------------
2015.07.03 20:30:36
Q:
[图片] 老师请问计算PBC出现这样的情况是怎么回事？
A:
要么关键词不对，要么TV设得不合理
Q:
[图片]这是关键词
A:
去掉弥散函数
Q:
[图片]这是TV
老师，去掉弥散不就少描述了一些东西了吗
A:
否
Q:
老师有讲述这方面的文章没有
A:
计算分子体系，弥散函数能不用就不用
计算周期性体系，更是绝对不要用弥散函数
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
----------------------------------------------------
2015.07.03 20:42:15
Q:
请问，分析阴阳离子相互作用，阳离子位置的选择。[图片]图中紫色（Na+)的位置与圆圈处是否可以作为一种来考虑，如果是，是否是因为局部对称来解释？
A:
把离子放在紫球和圆圈的中间然后优化，这样才是能量最低的位置。
如果就是想研究这种相对位置关系下的相互作用，那么两种情况可以视为化学上等价。
----------------------------------------------------
2015.07.03 21:03:42
Q:
sob老师，你的课件上关于field=X+300代表从X正方向向X负方向施加0.03Au的均匀电场，可是高斯说明书上所说的field=X+10 applies an electric dipole field in the X direction of 0.001au ,这该怎么理解。
A:
以课件为准
----------------------------------------------------
2015.07.03 23:11:32
Q:
老师，问一下两个班学的内容有什么不同，是不是作为初学者只上量子化学基础班就可以了？后面的multiwfn培训具体能解决什么问题啊，对其不了解
好的，我了解一下，谢谢师兄
没有吧，谢谢师兄提点
两个培训班连报是1400吗
那连报的报名表在哪儿，填写两个报名表吗
A:
看Multiwfn的培训通知里面的说明。培训对于研究能起到什么作用在通知里都写了
和8月份的量化基础培训和波函数分析培训有关的一切信息在通知里都有很明确的说明，时间、价格、地点、内容、目的等等，我们乐意接受咨询，但在咨询前希望先确认咨询的问题不是在通知里已经明确说明的
----------------------------------------------------
2015.07.04 04:43:50
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
没写错
----------------------------------------------------
2015.07.04 05:42:19
Q:
求文献，能下的帮帮忙，非常感谢！http://iopscience.iop.org/0067-0049/216/1/3/pdf/0067-0049_216_1_3.pdf
A:
sci-hub啊
http://iopscience.iop.org.sci-hub.club/0067-0049/216/1/3/pdf/0067-0049_216_1_3.pdf
----------------------------------------------------
2015.07.04 06:55:53
Q:
请教sob老师我做IRC的时候分两头找路径
发现过渡态->产物是对的
但是另一条路径里面成了过渡态->反应物->产物也就是只有前半部分是符合预期的后面又到产物去了
这个说明了什么？我设置了很小的步长并且用了calcall.
[图片]
A:
这也不算很异常，就是走了个来回。TS附近的IRC对应氢转移，意义还是很清晰的。
这只能根据轨迹来判断原因了
----------------------------------------------------
2015.07.04 19:54:52
Q:
[图片]
这个MO 1093是代表什么还以啊？
求大神解答
A:
MO编号是1093
----------------------------------------------------
2015.07.04 20:30:36
Q:
gview中怎么移动一个片段
A:
按住shift拖动是移动整体。shift+alt拖动是移动片段
Q:
原来是alt记忆成ctrl了
。。。
只能移动不能旋转？
A:
按住alt拖动就是旋转片段
----------------------------------------------------
2015.07.04 20:44:52
Q:
[图片]高斯优化和频率计算一直出现这样的错误，好想请教大神帮解答一下！谢谢，
A:
看更前头的报错提示
----------------------------------------------------
2015.07.04 21:25:29
Q:
感谢sob老师的回复，更前的信息是正常的轨道和坐标信息，突然就出现了[图片]然后计算结束
[图片]这是我的输入部分
A:
再往前看。不要只看末尾那么点
几乎一定是没收敛
观看轨迹，适当时尝试calcall
Q:
是的，没有收敛，
calcall我们服务器跑不动，好想请教sob老师，是否还有其他可以尝试的方式
A:
具体问题具体分析，自然要看怎么不收敛
不看轨迹不看变化曲线没法讨论
Q:
[图片]
老师，这是我的优化曲线
A:
能量没震荡，如果看轨迹还在往预期的结构上移动，就继续做
----------------------------------------------------
2015.07.04 22:02:20
Q:
[图片]这里的isovalue默认最小是0.005，请问我有办法调到0.001吗？@Sobereva
A:
不能。这已经足够小了。如果非要看0.001的，就用主功能5来生成指定轨道的格点数据，然后在观看界面里可以通过文本框随意设isovalue
----------------------------------------------------
2015.07.04 23:04:59
Q:
请问谁能下载这篇文献？http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ol047766e?journalCode=orlef7。我用“.sci-hub.club”没搞定。谢谢！
A:
字号别这么大
Q:
[Emoticon]
A:
不要超过12号
Q:
已经收到，谢谢@我本是个娃娃、@小菜鸟、@气宗小混混！[Emoticon]
Q:
sci-hub.club可以搞定啊
http://pubs.acs.org.sci-hub.club/doi/abs/10.1021/ol047766e?journalCode=orlef7
A:
没错，反复提醒还不改只能采取一些强制手段了
Q:
我挂上代理，果然sci-hub无法使用了，能不能sci-hub也采取限制IP手段防止恶意下载呢？
出版商太小众，没有破解。
A:
scihub并非万能，主流的数据库基本都没问题，像这种偏门的数据库没辙
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2015.07.04 23:41:31
Q:
sob 老师，下面这个图是怎么出来的？irc中report bond关键词怎么用？
[图片]
sob 老师，下面这个图是怎么出来的？irc中report bond关键词怎么用？
【活跃】wyy 2015-07-04 15:41:35
[图片]
A:
自己ps
没必要用report bond，直接在gview的IRC观看界面就可以看几何变量的变化
[图片]
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2015.07.04 23:48:31
Q:
老师：您好！这是我再次用MP2验证对称性的结果。[图片]5个点的对称性如下C3v，C1,C1,C1,C1,C3v.最后出现的错误如下[图片]。在linkdie的前一步，出现了4个yes。老师请问这能说明我的对称性是？
用了MP2优化后，我发现每次在出现4个yes后，最后出现的错误都是[图片]。请问这个错误是什么，一般来说该怎样解决呢？
A:
关键词怎么写的？
Q:
老师：您好！这个是我的关键词[图片]
A:
别用veryloose，至多也就loose。否则即便显示出C3v，可能也不是真正的C3v
scf、noraman关键词是多余的
你分成两个任务，opt一个任务，freq一个任务，然后再试
Q:
主要是我之前一直优化不出是C3v，每次都是Cs，想按照老师说的来验证一下，到底是怎么回事。
老师：您说”别用veryloose，至多也就loose。否则即便显示出C3v，可能也不是真正的C3v“这是为什么呢？loose是高斯默认的，在什么情况下可以加veryloose呢？我又迷茫了，
A:
默认的不是loose!
veryloose尽量别用，太松了
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2015.07.04 23:53:53
Q:
sob老师，
“the magnetic dipole–dipole interaction of two spins”两个自旋电子磁偶极相互作用张量的方向如何确定和理解！
A:
最好看看电动力学的书当中讲磁场、磁矩的部分，了解基本公式
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2015.07.05 00:02:26
Q:
老师：那请问最后的这个错误提示[图片]：是什么意思呢？
是存储不够吗？
A:
不一定。可能文件交接的时候出bug之类。你分成两个任务试试就明白了。
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2015.07.05 02:37:18
Q:
请问下在linux安装了g09B01 后为何提交任务的时候 Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 00000000000001f4, rcx ffffffffffffffff
rdx 00000000000064b4, rsp 00007fff208fd348, rbp 00007fff2090408b
rsi 000000000000000b, rdi 00000000000064b4, r8 00002b565ae7b160
r9 0000000000000000, r10 00007fff208fd0d0, r11 0000000000000206
r12 00007fff20904098, r13 00007fff209037d0, r14 00007fff20904098
r15 00007fff209014c0
--- traceback not available
A:
如果所有任务都这样，是程序和你的机子不兼容
如果只是个别任务这样，是输入文件问题
也可以先换D.01看看
Q:
是所有的任务都这样的，系统是linux系统高斯是G09 B01版本
@Sobereva
谢谢
A:
先换D.01
Q:
好的
这个在网上有的下载吧
A:
群共享里那个貌似是
Q:
好的
我先下载下来
A:
看了下，群共享里那个是windows的
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2015.07.05 06:14:58
Q:
怎样理解 [图片]？
A:
分部积分
Q:
比如我使用f(x)=3x^2, f'(x)=6x
则左边积分18x^3,即为18x^2/3 这样就跟右边不等了啊？
A:
积分是体育老师教的系列...
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2015.07.05 06:25:43
Q:
因为我在做结构优化。要他的能量和构型，我的理解是对称性越高，越稳定，我也不知道我理解对没？
A:
绝非对称性越高一定越稳
比如NH3，锥形C3v的能量明显比D3h低得多
Q:
哦，这样，老师，那大多数的应该是这样的吧！还是？
A:
对
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2015.07.05 09:01:59
Q:
请问下g09D01 与g09B01有啥区别么
A:
零零碎碎的改进太多了，官网上有release note可以查。
比较重要的功能上的改进是支持DFT-D3
Q:
那现在最新版本应该是D01么 sob老师
A:
对
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2015.07.05 19:56:25
Q:
大家有空帮帮忙吧
我文章中氧气的单重态和三重态之间的能量差是40kcal左右，但是审稿人指出实验值是20多kcal。
我怎么算也算不出来20多kcal，请问大家算的氧气的单重态和三重态之间的能量差是多少，急求帮忙
请问你用mrci算过吗
我是计算机理的，其中加氧气的时候，由于氧气单重态和三重态的能量差问题被拒
还有mrci是用molpro算的吧。我没有这软件，还真是没有用过。
恩。我用gaussian试试ccsd吧
A:
早上有人问氧气单三重态能量差。刚才顺手算了下。
实验的能量差是22.64 kcal/mol（S-T态极小点能量差）
基于实验键长，def2TZVP，CAS(6,8)下计算结果为20.557kcal/mol。基于CAS(6,8)做OVB-MP2结果为22.217kcal/mol，和实验符合极好。
Q:
用mrci算一下
对的，MRCI只能molpro好像，不知道orca能不能
试试cas呢
ccsd（T）或者CCSD都是含有动态相关能，静态相关能含量可能不高
我们用自己的程序算
你选什么基组，cas空间是多少？我帮你算算
A:
像氧气singlet-triplet splitting，这么常见的体系、常见的问题，无数文献都已经算过、作为测试集，随便搜搜文章就知道什么级别下算得准确，马上就能找到答案。比起瞎算、瞎问有效得多。
好几天之前就问过，这段时间要是多看看文献，用文献里的方法重现一下数据，问题早就解决了。
Q:
简并的能级导致有比较大的静态相关能，尝试用多参考的方法能解决大的问题
A:
GAMESS-US、ORCA、molcas也能做MRCI
Q:
22.217kcal/mol也是基于实验键长么
A:
是
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2015.07.05 22:52:42
Q:
老师，我最近计算了一个分子用b3lyp计算出来结构是扭曲的，而用pbe0计算出来是平面的，感觉好奇怪啊
A:
什么基组？
Q:
都没有虚频
6-31gd+land2dz
A:
用TZVP再看看
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2015.07.06 00:18:55
Q:
请问液态高分子与高分子之间的相互作用描述可通过Morse势进行描述吗？先谢谢~
液态大分子与大分子
A:
Morse势是用来描述成键项的，你提到的应当用LJ势描述。
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2015.07.06 00:37:05
Q:
请问各位有没有见过 gaussian09D版出现 Blank file name read. Error termination via Lnk1e in /g09/l602.exe这样的错误？
A:
输入文件格式不对
Q:
%mem=48GB
%chk=15fmn-oxo.chk
%nprocshare=24
# HF/6-31G* pop=MKUFF geom=connectivity iop(6/41=10,6/42=10,6/50=1)
5F
0 1
这是我的输入文件部分
A:
不完整，没法判断。把完整输入文件传群共享
你用了6/50=1，就得在输入文件末尾空一行写输出文件的路径，比如c:\ltwd.out
----------------------------------------------------
2015.07.06 00:53:18
Q:
老师：请问WBIs是0.702。我可以说是单键吗？
A:
如果从化学直觉上觉得可以判断为单键，那么就可以
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2015.07.06 02:18:32
Q:
咨询一下老师，multiwfn里面这个variation of dipole moment with respest to ground state,代表的物理意义是什么？和我们通常说的某个激发态到基态的跃迁偶极距什么区别？谢谢老师@Sobereva
A:
i态的偶极矩的电子部分：<i|-r|i>。j态相对于i态的偶极矩变化：<j|-r|j>-<i|-r|i>
i和j态之间的跃迁偶极矩<i|-r|j>
Q:
偶，一个是固有偶极距之差，一个是跃迁偶极之差？
A:
跃迁偶极矩就是跃迁偶极矩，不是跃迁偶极矩之差
----------------------------------------------------
2015.07.06 02:19:36
Q:
老师，你上传的适合32位的gassian09,我安装到64位电脑中有问题吗
A:
没问题
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2015.07.06 05:03:36
Q:
老师，irc的路径跑到最后正常终止所得的产物与已经优化好的确定的产物在几何构型和能量上要求完全一致吗？
A:
不
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2015.07.06 16:48:47
Q:
请问老师这个算不算震荡啊？算了好几天了，很慢，还没结束[图片][图片]
A:
优化下去够呛。calcall很贵，没辙时再用。而且TZVP也可以先改为便宜的6-311G**
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2015.07.06 17:44:53
Q:
发送
[图片]
[Emoticon]
[图片]
[图片]
[Emoticon]
[图片]
人家现在吃冰淇淋了
能吃就行
娃娃不在乎是什么
嘿嘿，老师，不用了，我理解了
[Emoticon]
加
不加
因为没什么用
[Emoticon]
[图片]
A:
不要在主群发无意义的图
----------------------------------------------------
2015.07.06 17:49:23
Q:
[图片]计算电荷转移的量和距离除了用这个，还有没有更好的办法，这个计算对于大分子计算很慢啊
还有计算得到的这个[图片]，打不开
A:
用multiwfn啊，研究电荷转移方法丰富、操作容易、速度快，比其它任何程序都强得多。见手册4.18.1节、4.18.3节的例子。
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2015.07.06 18:29:42
Q:
电子亲和能和电子结合能一样吗？我在百度上看到的定义都一样，但是我在文章中看到的英语翻译却不一样，（energy affinities, electron binding energy）
A:
没什么特殊的（除非双自由基）。自旋多重度设对即可。
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2015.07.06 18:30:46
Q:
哪里能找到些dft里面不同泛函类型的资料介绍，比如blyp,lda,gga。。。。什么的
好的，回头搜搜吧
A:
随便看看基础量化书就明白了，诸如Levine的那本。搞量化不系统地看完一本基础量化书是绝对不行的。
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2015.07.06 19:01:30
Q:
linux操作系统如何获得wfn文件？求问以下写法对不对
%chk=test.chk
%nprocshared=4
# B3LYP/7-31G out=wfn symm=loose
do the CCSD(T)/aug-cc-pVQZ based on M062X/aug-ccpVQZ geometry
0 1
分子说明
/home/lrb/G09/testsob/BF300Q.wfn
%chk=bpa.chk
%nproc=4
%mem=2000MB
# B3LYP/6-31+G(d,p) density out=wfn
opt mp2/aug-cc-pvdz density out=wfn
0 1
C 2.26360000 23.96940000 30.00130000
C 3.37980000 23.45900000 29.35450000
C 3.88780000 22.21300000 29.73020000
我也无法产生wfn文件，结果如下错误：
Input section not terminated by blank line.
Error termination via Lnk1e in /home/hjkx/program/g09/l9999.exe at Fri Jul 3 21:00:13 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 53 minutes 52.7 seconds.
这个怎么处理？
刚刚wfn的问题，麻烦各位给解答一下啊
在保存wfn文件时可能遇到这个错误。原因是基组包含了g和g以上的函数。虽然AIMALL程序已经支持g和h函数，但Gaussian 03不支持。
有几种解决方法：1) 改用其它程序产生wfn文件；2) 在Gaussian 03中自定义基组（需要去掉g函数）或换成小一些的基组；3) 产生格式化的检查点文件，用AIMALL程序做AIM分析；4) Gaussian 09可以改用指令OUTPUT=WFX，产生wfx格式的文件用于AIMALL程序
现在想问，如下文件为什么不能执行：
%chk=F:\testlutian\H2O.chk
# hf/6-31G(d) OUTPUT=WFX
Title Card Required
0 1
O 1.18243242 0.02252252 0.00000000
H 2.14243242 0.02252252 0.00000000
H 0.86197783 0.92745835 0.00000000
F:\testlutian\H2O.WFX
A:
末尾没写.wfn文件输出路径。multiwfn手册第四章开头就有示例。
用.wfn文件的场合用fch文件都没问题，而且用fch文件可以用Multiwfn中更多的功能。也可以用Multiwfn载入fch文件后进主功能6再选0转换出.wfn文件。
没有什么所谓的"然后用小木虫上fch转换wfn的小软件转成wfn即可"，如果是sob以前在那里发的，不要用。
----------------------------------------------------
2015.07.06 19:32:33
Q:
geom=connectivity 在计算的时候加不加有什么区别吗？
A:
量化计算时geom=connectivity不需要加，毫无意义，分子力学时才有意义
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2015.07.06 20:38:52
Q:
请问有没有办法调整gaussian中对称性判断的阈值？好像默认的比较严格，有一些对称性不能自动识别出来。
A:
symm=loose。详见此文
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
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2015.07.06 21:37:11
Q:
对于计算过渡态大家有什么帖子推荐看下吗？在计算化学公社里面貌似没有看见专门讲解这一个方面的
A:
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
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2015.07.06 22:42:31
Q:
两个班一起报是多少？
A:
学生1400，老师1900
----------------------------------------------------
2015.07.06 22:57:16
Q:
我在弄一个A+B=C+D的过渡态的时候，A，B的电荷和自选多重度都是0，1.那我在构建输入文件的时候，当我把反应物的坐标和产物的坐标放在一起，那么反应物的坐标可以简单的认为是0，2吗
不一定该怎么去考虑这样的问题呢？
而且在计算过渡态的时候用qst2和qst3方法的时候反应物和产物是应该进行优化之后在进行计算的吗？对于这种问题我在帖子里得到了两种完全不同的答案
我想做的是用qst2
我知道构建复合体，就是针对复合体构建好了之后先优化，在进行计算吗？
A:
把两个分子以合适的朝向放到一起优化后再做QST2/3。即反应物是反应复合物，而不是两个独立的分子。
反应复合物是0 1
----------------------------------------------------
2015.07.07 00:42:14
Q:
请教大家一个问题，我这里算反铁磁单重态，每次都算到一半出现这样的错误[图片]，而我的输入文件是这样的的[图片][图片]，有什么地方可以修改的吗
请教大家一个问题，我这里算反铁磁单重态，每次都算到一半出现这样的错误[图片]，而我的输入文件是这样的的[图片][图片]，有什么地方可以修改的吗
A:
不要搞得那么复杂。先以最简单方式写，能算了再搞复杂。
Q:
,sob老师，您的意思是用简单的基组算是吗？
A:
不是。
你的关键词写得太多太繁杂了
关键词凡是能不写的就不写
没彻底搞明白意思的更是绝对别写
----------------------------------------------------
2015.07.07 00:58:24
Q:
问一个画图问题，这种运动感的阴影是VMD里调出来的？还是 PS 出来的？
[图片]
A:
PS的
----------------------------------------------------
2015.07.07 01:47:55
Q:
老师，我的问题您是不是@错人了，@了风飞？
A:
不知道，人太多搞不清了
Q:
我只是对答案还没搞清。
欲计算一个有机分子和Co4+的络合时，自旋多重度设为2；后续再加一个Co4+（同一个有机分子两个相同的基团分别接Co4+），那这个时候多重度是不是应设为3？我的考虑是一个Co4+单电子数为1，两个Co4+为两个单电子数。
A:
我前面尚未回答你的问题
Q:
您说没什么特殊的（除非双自由基）。自旋多重度设对即可？我考虑的是两个Co4+的两个单电子会不会考虑成一对电子了？
噢，那对我的问题请问老师有建议吗？
A:
别急
Q:
我之前也看了帖子也是说各种多重度都算的。
A:
1还是3不一定，看谁能量低。1的时候要尝试当双自由基用对称破缺方式来算。
A:
我前面尚未回答你的问题
我回复的是这个问题
风飞(332734832) 8:58:09
老师:您好！请问在优化自由基的时候和平时优化有什么要注意的吗？我优化的时候，它提示是自旋多重度出错
----------------------------------------------------
2015.07.07 01:59:13
Q:
sob老师，那小程序可以有，不是你传的。是另外一个人。
A:
高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法
http://sobereva.com/55
程序代码这里都有
Q:
2009年的时候那会multiwfn好像有些功能只支持wfn文件，（某些原因我没有写output=wfn）我就用那程序转的
A:
如果是别人写的，慎用。
fch载入有很多细节问题，如果没搞对，看似转换成功了，其实结果根本不对。
----------------------------------------------------
2015.07.07 02:09:59
Q:
良心价
[图片]
创腾的5500
A:
我正要说这个呢，5天，给政府、企业居然报9000
Q:
太贵了，创腾的
A:
我们7天给学生/老师才1400/1900
Q:
估计讲的也是网上流传的讲义
去不起
有些是学生
没钱的
A:
对
Q:
讲义是否都装订好了？
A:
培训前一周内才装订。
毕竟还得统计最终人数
Q:
我觉得不包括餐费更说明境界[Emoticon]
A:
对
Q:
吃住很好的肯定是圈钱
老师一个人讲吗，岂不很辛苦
A:
是
----------------------------------------------------
2015.07.07 02:14:56
Q:
老师，请问您说的对称破缺方法是不是指加入nosymm?
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
----------------------------------------------------
2015.07.07 02:21:51
Q:
好的老师，我的问题是[图片]
A:
不就是i,j,k,l么
Q:
老师你好像写的是l,j,k,l
A:
对，第一个l是i
Q:
笔误
A:
改好了
----------------------------------------------------
2015.07.07 02:51:56
Q:
今天看到一句话“the energetically much-lower-lying orbital”请问是什么意思？
A:
能量明显更低的轨道
----------------------------------------------------
2015.07.07 03:01:48
Q:
Sob老师，选计算课题时有什么技巧么？@Sobereva
A:
兴趣
Q:
还有么
A:
无
Q:
老师，现在计算化学研究的前沿热点问题有哪些?
A:
追那些所谓的前沿没意思
Q:
可是要选一个可以持续研究的课题，一个可以发好文章的课题[Emoticon]@Sobereva
老师给推荐一下
A:
"发好文章的课题"就别问我了
Q:
啊
A:
科研价值观就不对
Q:
科研 != 发好文章
那老师给我推荐一些比较有意义的做应用方面的研究方向
环保，呼吁大家保护环境
别捣乱
A:
这话题大家谈吧
Q:
用计算化学的方法来解决环保的一些问题，譬如治理污染物
别捣乱
这叫捣乱？这个是个大方向很多东东可以做的
A:
既然求教，就应该谦虚
无论是否对你的研究直接有用，都至少应该礼貌
Q:
很多人用计算化学设计药，用来治病。可是环境污染下吃药也不是办法
这貌似也是一个小方向....@药啥酶啥
计算没啥钱途！
A:
方向的选择很大程度上是个人的人生观价值观的问题
----------------------------------------------------
2015.07.07 03:16:05
Q:
请问：在NBO的输出文件中，怎样看环上的电荷分布？我看到的是都是原子分布
谢谢
A:
"环上的电荷分布"这个词就是很含糊的，并没有确切定义。
Q:
我看到文章是这样定义的“Neutral radical upon vertical detachment of an elctron ”通过计算这个来看环上的电荷，请问这是？
A:
这并不能用来定义
Q:
恩，[Emoticon]，不错，谢谢[图片]和[图片]老师
那他这个[图片][图片]算得是？
A:
光从这句话不好判断，大抵就是自由基加上个电子，然后看各方面诸如密度差什么的
Q:
我怎么感觉是中性自由基离去一个电子了？
你知道基本定义，就知道这三个术语了
A:
是离去。我看错了
----------------------------------------------------
2015.07.07 03:41:01
Q:
哪个会用VMD的，私下指导我一下
我VMD安装了，就是那个RDG分析的图出不来
你能否指导我下？
[图片]
我是这样
A:
在命令行窗口输入dir，有屏幕上提示的.cub文件才行。这些文件Multiwfn生成后是直接产生在Multiwfn目录下的，你得挪到VMD目录下。
----------------------------------------------------
2015.07.07 03:51:00
Q:
我用scf=qc时候， log文件提示“NB too large for integers on this machine.” 能告知是什么错误吗（不懂NB是什么意思）
A:
输出文件末尾截出来
Q:
[图片]
[图片]
A:
别用STO-3G，对这样的体系无意义。
别的解决SCF收敛方法都不灵的时候再考虑scf=qc
Q:
因为是周期结构，需要的结果呢，只是看其分子轨道构型（知道能量的相对大小就行了，不需要精确的能量关系），用这种最简单的基组可以吗
A:
总共多少原子？
Q:
几十个原子的样子
十几个到三十几个都有需要计算的
A:
起码也得用3-21G，比起STO-3G多花不了很多时间
scf=qc才真正浪费时间，迭代一次顶平常时候迭代好几次
test关键词多余
expert不要写
Q:
老师应该写一个帖子，把做什么样的工作的关键词都列出来，比如几何优化要用什么，出现什么问题用什么解决，做一个综述式的帖子
A:
没那么多精力
这些在培训班都会全面地讲
----------------------------------------------------
2015.07.07 04:22:21
Q:
吉林大学理论化学国家重点实验室被摘牌@我本是个娃娃
吉林大学理论化学计算国家重点实验室是1989年在唐敖庆院士的建议下经国家计委批准建立的，是我国唯一从事理论化学基础研究的国家重点实验室。近年来，实验室在科学研究方面取得了一批在国际上有重要影响的科研成果，在国内外学术界产生了广泛的影响。由实验室全职人员负责的科研项目共84项；获2008年中国高校自然科学奖一等奖1项，2007年吉林省科学技术进步一等奖1项。理论化学计算国家重点实验室已成为我国高水平理论化学科研人才的培养基地。2014年，该重点实验室未通过评估，依据有关规定，不再列入国家重点实验室序列。
呵呵，亏了。。其实吉大是个老牌学校，2015全球自然指数发布应该在100左右
理化所有三个电梯：其中一个孙家钟自己用
不能太清高，清高的人，很容易得罪人，而且谁都看不惯的
如何看待吉林大学的一个国家重点实验室被摘牌？ http://www.zhihu.com/question/27661246 （分享自知乎网）
吉大理化所对中国量化做出的贡献不可抹杀，只有吃不到葡萄的狐狸才会醋海生波
看看这个家伙的资料就知道了一句话的正确性，天上九头鸟，地上湖北佬
A:
顺带一提，字号太大的，一律改小点
Q:
这都能地域，呵呵
对于量化实验室，只能希望对教授们有所刺激，出好成果吧
理化所没那么富裕到有三个电梯，你也不看看理化所在哪个城市
Hunter 长春怎么了
Hunter 多好的一个城市
长春经济又不很发达，哪有那么多钱早电梯
果然XX鸟心眼多之外，嘴巴也不小
[Emoticon][Emoticon] 不跟你一般见识
某些人搞学问没本事，搞矛盾倒是很在行
就是别窝里斗了，搞量化的人本来就不多
罢了罢了，我只想说，别搞地域，会让人恶心，你说你是上海人鄙视鄙视西部我也就算了，好歹有钱可以装个逼
[Emoticon]
地域难道不是典型窝里斗，上来湖北佬
老师，这个人嘴巴好臭，果然小木虫是个烂地方
Hunter
A:
被踢之后隔日可以再加入
Q:
不跟你说了，闪了
A:
现在开始准备踢
不动真格是不行了
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2015.07.02 19 ~ 2015.07.07 05 Concate

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