求助，如何用VMD计算两向量夹角的角度

Jus

在VMD中，选定两原子确定一个向量，想选一条坐标轴为另一个向量，然后求两向量的夹角，请问选择两原子后如何选取坐标轴作为另一向量先谢谢大家了

Hahaaa

qiyan 发表于 2024-3-6 20:32
老师您好，我也是计算一个向量和z轴的夹角，是在求解距离，角度，二面角随时间变化以及分布的VMD脚本
ht ...

您好，我也遇到这个问题了，请问您解决这个问题了吗

qiyan

lyj714 发表于 2022-10-19 12:27
两原子坐标x y z 做差得向量1，坐标轴方向向量就取单位向量，比如z轴就取（0,0,1）即向量2，最后向量1和2点 ...

老师您好，我也是计算一个向量和z轴的夹角，是在求解距离，角度，二面角随时间变化以及分布的VMD脚本
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 14821&fromuid=32722
(出处: 计算化学公社)
这里分享的脚本进行修改的。
其中第一条向量是3-5唉米内resname为APM的 N-H向量(我这样写对吗)
第二条为z轴，请问这个z轴的这个向量怎么样写呢
#---------------------------------------------------
set outfile [open angle.dat w]
set select1 "resname APM N1 and z>3 and z<5"
set select2 "resname APM H1 and z>3 and z<5"
set select3 "protein and resid 2"
set select4 "protein and resid 3"
#---------------------------------------------------
set nf [molinfo top get numframes]
set sel1 [atomselect top "$select1"]
set sel2 [atomselect top "$select2"]
set sel3 [atomselect top "$select3"]
set sel4 [atomselect top "$select4"]
for { set i 1 } { $i <= $nf } { incr i } {   
        $sel1 frame $i
        set V1 [measure center "$sel1"]
        $sel2 frame $i
        set V2 [measure center "$sel2"]
        $sel3 frame $i
        set V3 [measure center "$sel3"]
        $sel4 frame $i
        set V4 [measure center "$sel4"]
        set VA [vecsub $V1 $V2]
        set VB [vecsub $V3 $V4]
        set COSAB [expr [vecdot $VA $VB]/([veclength $VA]*[veclength $VB])]
        set ANGLE [expr acos($COSAB)*180/3.1415926]
        puts $outfile "[expr $ANGLE]"
}
close $outfile
puts "All Done!"

Jus

lyj714 发表于 2022-10-19 12:27
两原子坐标x y z 做差得向量1，坐标轴方向向量就取单位向量，比如z轴就取（0,0,1）即向量2，最后向量1和2点 ...

好的，谢谢你

lyj714

两原子坐标x y z 做差得向量1，坐标轴方向向量就取单位向量，比如z轴就取（0,0,1）即向量2，最后向量1和2点乘就得到的夹角的cos值了，自然夹角就是arccos了