|
|
本帖最后由 hgyhgy 于 2022-10-26 14:36 编辑
vasp544和vasp612似乎都没有什么优化编译余地，基本上使用-O2 -xHost好像就可以了。不知道有没有其他人能优化得到速度更快的vasp。
附件中的作业，使用的是一个节点，64cpu的8375c, 内存使用的是3200Hz的。 所用的时间是102.071s。是OUTCAR最后的elased time的数值。
我的结果是vasp544的速度比vasp612的要快。所用的vasp源代码直接在网上找的。未能找到最新版的vasp6。这个购买vasp的进展缓慢。
对于想购买8375c的，也可以参考一下我这个的计算时间。
如果有使用amd cpu的，也可以测试一下附件中的作业，看看时间相差大不大。这对于购买8375c，还是购买amd的cpu，应该是有参考价值的。
vasp612, 可以使用openmp。这个效果似乎不佳。主要是在开始的非自洽计算的几步（5步或12步）的每一步的时间会比不使用openmp的要长1倍或几倍，这样到了自洽电子步的时候，两者对于每一步所花的时间又相差不多。这样就比较难弥补开始几步造成的时间差距了，除非离子步数目特别多。
对于openmp，NCORE基本上是与OMP_NUM_THREADS相互对应的。NCORE在使用openmp的时候是不起作用的。当然实际哪一种设置更快，要具体测试。
比如若不使用openmp, NCORE=8时作业比较快的话，那么在使用openmp时，设置OMP_NUM_THREADS=8可能会比较好。
根据vaspwiki，使用openmp时，应使用类似于下面的命令运行作业。
mpirun -np 8 -genv I_MPI_PIN_DOMAIN=omp -genv I_MPI_PIN=yes -genv OMP_NUM_THREADS=8 -genv OMP_STACKSIZE=512m \
-genv OMP_PLACES=cores -genv OMP_PROC_BIND=close vasp
对于8375c，
NSIM=4
NCORE=8
似乎是比较快。当然不同体系的最优设置可能是会有差别。附件中，使用了NSIM=8,NCORE=8。
后来，我发现这个测试时间，不能使用运行时间太短的作业。因为8375c的基础频率是2.9G，可加速到3.5G，那样短时间的作业不就等于一直运行在最高频率3.5G之下了？
所以，还是有必要使用一个运行时间长一点的作业的时间的。这个不取决于作业的大小，而取决于时间是否足够长，使得不能长期维持在频率加速的状态，那样才能看出效果。
附件001_test.tgz是5896.426s的作业，使用的是vasp6.12, openmp的版本，OMP_NUM_THREADS=8进行的。
同样的作业在海光cpu7285之下的时间是8771s。如果使用intel 2021编译，时间是9950.686s。如果使用双节点海光cpu并行，时间是4894.310s，比一个8375c快一点。
时间只是8375c的1.49倍。对于小作业，所花时间是233s, 是8375c 102s的233/102=2.28倍。
这个小作业，可能由于cpu加速效应，结果不一定可靠。
这远远好于用短时间test.tgz测试的数据。短时间作业的数据，海光的时间是8375c的2倍（102s vs 233 s)。
此外，有一个重大的问题。
对于海光cpu, intel 2021编译的速度会慢许多。对于小作业，时间是233s vs 370s.
采用intel 2020编译器，也会慢些，约290 s。
使用intel 2017或intel 2018，速度就正常。
intel comiler和mpi都要早期的版本，对于海光cpu来说，速度才行。
我自然也就像测试一下对于8375c，是否有类似现象。
问题是intel 2017-2019, 都不支持centos 8, 只支持centos 6或7。
勉强安装了后，编译vasp会出错。
是否有人能测试8375c配合intel 2017, 是否也会出现快很多的情况。所用是vasp544。
|
-
-
test.tgz
168.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 37
-
-
001_test.tgz
313.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 20
时间长一点的作业
|
发表于 Post on 2022-10-21 23:08:44
收藏 Add to favorites
楼主 Author