求助：MS如何统计分子动力学计算后的组分种类和含量？

zdc · 发表于 Post on 2022-10-22 10:08:23

请问如何在MS里统计分子动力学计算后的组分种类和含量呢？我在其他帖子里看到可以用AssignMolecules功能来实现，但是MS教程里显示该功能只能创建分子结构，所以应该怎么样进行统计呢？请各位前辈指教！

zdc · 发表于 Post on 2022-10-26 16:15:58

本帖最后由 zdc 于 2022-10-27 16:32 编辑

sobereva 发表于 2022-10-26 14:32
我不用M$。但这种问题，一般就两种做法： 1 自己写轨迹分析脚本判断和统计产物，诸如可以用VMD脚本 2 用 ...

好的，谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-26 14:32:17

zdc 发表于 2022-10-26 10:23
我是想用MS计算聚四氟乙烯-[CF2CF2]-n的热解反应，先构建了2条聚合度为10的聚四氟乙烯链（64原子），然后 ...

我不用M$。但这种问题，一般就两种做法： 1 自己写轨迹分析脚本判断和统计产物，诸如可以用VMD脚本 2 用现成的产物统计工具，诸如Chemical Trajectory Analyzer等，但可能需要对轨迹或相关文件先进行格式的转化

zdc · 发表于 Post on 2022-10-26 10:23:29

sobereva 发表于 2022-10-22 19:44
说清楚动力学怎么跑的
如果不是反应力场或者从头算动力学，组分始终是相同的

我是想用MS计算聚四氟乙烯-[CF2CF2]-n的热解反应，先构建了2条聚合度为10的聚四氟乙烯链（64原子），然后用Forcite模块依次进行了结构优化，退火，NVT动力学计算1000ps，NPT动力学计算1000ps，此时密度达到1.9g/cm3，这部分力场均用COMPASSIII；然后用GULP模块的ReaxFF6.0力场进行了1000ps的动力学计算

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-22 19:44:35

说清楚动力学怎么跑的
如果不是反应力场或者从头算动力学，组分始终是相同的

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