求助：换分子后模拟速度变得非常慢

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-10-23 13:21:51

各位老师好，我最近换了一种分子跑，估不准新分子合适的模拟温度，就直接猜了一个温度跑，但是跑的时候速度非常慢，平时一天跑一两百纳秒，现在一天只能跑二三十纳秒了。请问是温度太低的缘故吗。因为我的系统大小，mdp文件设置都没怎么变，只是分子变了温度变了，所以我猜测是不是温度太低导致的。谢谢大家！

FrancisLi · 发表于 Post on 2022-10-24 05:35:57

sobereva 发表于 2022-10-24 05:10
原理上计算速度跟温度没直接关系，再反复检查。有直接关系的是盒子尺寸、原子数、非键相互作用计算设定等等 ...

好的！感谢sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-24 05:10:59

原理上计算速度跟温度没直接关系，再反复检查。有直接关系的是盒子尺寸、原子数、非键相互作用计算设定等等。对比的时候一次只应变一个条件，不要同时变其它条件

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