求助：python删除gro文件中的原子后出现Something is wrong in the coordinate...

吃西瓜的佩奇 · 发表于 Post on 2022-10-26 16:23:54

请问老师，我在调用python脚本删除gro文件中一定数量的溶剂分子后，生成的新gro文件无法创建索引文件，报错Something is wrong in the coordinate formatting of file npt_2.gro.Note thatgro is fixed format (see the manual)。经过检查前后gro文件发现是由于中间添加了一列数字0所致，搜索sob老师的方法可以把gro载入VMD，再保存成gro文件。但这一步需要循环删除溶剂，请教老师是否有其他的办法可以让gmx识别删除溶剂后的gro文件呢？
删除溶剂前：

删除溶剂后：

Hyperion · 发表于 Post on 2024-6-8 16:00:03

请问这个脚本是你自己写的吗

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-26 16:31:22

改一下Python脚本，别添加多余的东西

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[GROMACS] 求助：python删除gro文件中的原子后出现Something is wrong in the coordinate...

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