小白问题：含铁-硫键的蛋白如何优化

pika02

我有一个alphafold得到的铁硫簇结合蛋白，手搓了一个铁硫簇上去，存为pdb文件，想之后做对接用

本萌新第一次接触蛋白质模拟，现在有两个问题：

1. 用什么软件能直接优化pdb？最好是免费软件
试过用avogadro优化，内置的力场对铁硫键效果不好（UFF，Ghemical），或者没有定义（MMFF94）
而且avogadro导出的pdb有点怪

2.优化前加氢是全加还是按pH加？

谢谢各位

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1. 铁硫簇目前已经有现成的MD参数，可以直接使用。将铁硫簇参数设好之后，使用MD即可对其进行结构优化。链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23287
2. 除非蛋白确实存在于特殊的pH环境中，否则一般按照pH=7.0的条件加氢（注意加氢前后残基名称可能不同）。可以考虑使用在线服务器进行加氢：http://newbiophysics.cs.vt.edu/H++/

sobereva

普适的分子力场对于涉及过渡金属的团簇这种复杂体系没有适用的。最起码也是尝试GFN-xTB对簇模型搞
如果目的是得到靠谱的铁硫簇的位置和与周围的成键，一般建议挖出个簇模型，冻结边缘，然后用DFT优化，参考
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597