求助：在amber上面也可以跑像progdyn程序那样，从过渡态出发，向前后跑吗？

哇卡卡卡卡卡

各位老师好，我最近在重复一篇文章中的数据，中间遇到了一些疑惑。
这篇文章主要是对一个DA反应在显性溶剂下进行分子动力学模拟，在si中提到整个计算细节：
计算步骤①：找在隐性溶剂模型下的过渡态TSw（Gaussian）
计算步骤②：构建溶剂+溶质盒子，跑平衡（Amber）
计算步骤③：提取溶剂扰动过渡态的多种构象solvent-perturbed transition states (SPTSs)
计算步骤④：对步骤③提取得到的过渡态进行QM计算（Gaussian）
                                             ONIOM(M06-2X/6-31G(d):amber）
计算步骤⑤：对步骤④所得的到的过渡态进行normal mode采样（progdyn）
计算步骤⑥：跑轨迹（Amber）


这里对计算步骤⑥存在疑惑，我目前了解到的就是可以用amber跑MD，达到平衡以供后面进一步的计算，比如模拟酶环境。但是在这篇文章中，明确提到了在step6中的Trajectory Propagation，是用amber进行的，我前面接触到的，跑classical molecular dynamics都是用singleton的prodgyn程序，在这里用amber怎么从过渡态出发，分别向前和向后产生轨迹呢？

哇卡卡卡卡卡

Daniel_Arndt 发表于 2022-10-30 11:11
那个不是高频率的过渡态，“freq=hpmodes”就是把频率输出中的小数位数增加了。

老师，不好意思，这个我弄混了，谢谢老师的指导！

哇卡卡卡卡卡

sobereva 发表于 2022-10-28 11:25
trajectory propagation就是跑MD的文绉绉的说法而已

谢谢sobereva老师的指导，我明白了

Daniel_Arndt

哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-10-28 10:47
谢谢老师的回复！文章中作者将.com文件中加入关键词freq=hpmodes，得到高频率的过渡态，然后再去amber里 ...

那个不是高频率的过渡态，“freq=hpmodes”就是把频率输出中的小数位数增加了。

sobereva

哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-10-28 11:01
谢谢sobereva老师的回复！我去看了amber手册，上面确实有提到一些velocity-Verlet integrator，文章中也 ...

trajectory propagation就是跑MD的文绉绉的说法而已

哇卡卡卡卡卡

sobereva 发表于 2022-10-28 06:59
原理上可以通过在AMBER模拟时按正则模式矢量去设置初速度来实现

谢谢sobereva老师的回复！我去看了amber手册，上面确实有提到一些velocity-Verlet integrator，文章中也是说trajectory were propagated with the velocity Verlet algorithm with 1 fs step size. 和Progdyn程序中采用的velocity Verlet相同，第一次接触amber，我不太清楚这个trajectory propagation在amber中应该怎么进行，我看官网也没有对应的一个基本教程。希望老师给予一些指导！

哇卡卡卡卡卡

Daniel_Arndt 发表于 2022-10-28 05:00
好像没人说过progdyn是classical molecular dynamics，至少我从未听过。progdyn做的是quasi-classical traj ...

谢谢老师的回复！文章中作者将.com文件中加入关键词freq=hpmodes，得到高频率的过渡态，然后再去amber里面跑轨迹，用amber进行trajectory propagation，与用Progdyn程序进行trajectory propagation，两者之间有什么区别吗，因为我也有看到文献用Progdyn程序去模拟显性溶剂环境进行trajectory propagation

sobereva

原理上可以通过在AMBER模拟时按正则模式矢量去设置初速度来实现

Daniel_Arndt

好像没人说过progdyn是classical molecular dynamics，至少我从未听过。progdyn做的是quasi-classical trajectory，意思是隧穿不考虑，振动量子化。

当然，progdyn肯定要基于简谐振子近似。但溶液中简谐振子近似不一定成立，我记得你上传的文章中似乎提过在第⑤步用到了类似于Donald Truhlar处理低频振动的方法。