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[GROMACS] nvt那步报错

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本帖最后由 ZHIMING123 于 2022-10-28 11:27 编辑

各位老师们,运行nvt那一步报错,也试着改变mdp里一些参数,还是不行,问题出在哪了啊?如何解决?问题见附件,top文件没上传过来



202210281012517013..png (649.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

202210281012517013..png

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nvt.mdp

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发表于 Post on 2022-10-28 11:35:19 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-10-28 11:31
另外老师我看需要设置退火让温度缓慢上升,该如何设置?

举一反三


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2022-10-28 11:34:17 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-10-28 11:28
老师,我昨天就看了,也改了些参数,去掉了些限制,但还是不行

没有可补充的,该说的都说了。剩下的是自己反复检查和测试的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-28 11:31:06 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-10-28 11:28
老师,我昨天就看了,也改了些参数,去掉了些限制,但还是不行

另外老师我看需要设置退火让温度缓慢上升,该如何设置?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-28 11:28:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-28 10:49
照着排查http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

较大文本型文件必须压缩后再上传

老师,我昨天就看了,也改了些参数,去掉了些限制,但还是不行

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发表于 Post on 2022-10-28 10:49:13 | 只看该作者 Only view this author
照着排查http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

较大文本型文件必须压缩后再上传
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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