求助，跑金板与蛋白质相互作用，金板为何形成团簇

qingqingdong

想做一下蛋白质在金板上的吸附，理想状态是金板保持形态不动，蛋白质运动逐渐吸附，但是我跑完最小化之后金板就不是整齐的的了，在分子动力学的时候逐渐团成一团，这是为何呢？下面是我的配置文件

#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################

structure          E:/S/Au/1BA4-SL/1ba4-sl.psf
coordinates        E:/S/Au/1BA4-SL/1ba4-sl.pdb

set temperature    310
set outputname     1ba4-sl

firsttimestep      0


#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm            on
parameters          E:/S/Au/par_all27_prot_lipid.inp
temperature         $temperature


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.0
switching           on
switchdist          10.0
pairlistdist        14.0


# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     1     ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1    71.391     0        0.0
cellBasisVector2     0.0     52.756        0.0
cellBasisVector3     0.0       0        44.457
cellOrigin          10.1059   10.0712  -4.2650

wrapAll             on


# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSpacing      1.0

#manual grid definition
#PMEGridSizeX        90
#PMEGridSizeY        64
#PMEGridSizeZ        64


# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay   50.0
langevinPistonTemp    $temperature


# Output
outputName          $outputname

restartfreq         2000     ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             2000
xstFreq             2000
outputEnergies      2000
outputPressure      2000


#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################


#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################

# Minimization
minimize            6000
reinitvels          $temperature

run 1000000 ;# 1ns