批量提交xDH4Gau任务的脚本报错

Jennifer-J · 发表于 Post on 2022-11-4 12:59:48

本帖最后由 Jennifer-J 于 2022-11-4 14:36 编辑

我想用脚本批量提交当前文件夹下所有的任务（输入文件没有错误，手动一个个提交是可以运行的）
脚本是这样的：

脚本内容：每提交一个任务，等60秒（为了让上一个任务算完再提交下一个）
我是用xDH4Gau去计算xyg3方法的单点能，输入文件样本如下：

我试着先批量提交五个任务，但是却只能算第一个文件和第三个文件，但是我手动一个个交的时候五个任务都是可以运行出来且不报错的其他的任务报错信息：

2.xDH (182.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

Job_2.log (180.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
请老师帮忙看看是哪里写错了

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2022-11-4 15:33:37

Jennifer-J 发表于 2022-11-4 15:32
最后一行是rm -rf $TDWDD
您的意思是删除这一行？

是的

Jennifer-J · 发表于 Post on 2022-11-4 15:32:32

hebrewsnabla 发表于 2022-11-4 15:00
建议如冰老师所说，一个作业只算一个gjf。

最后一行是rm -rf $TDWDD
您的意思是删除这一行？

冰释之川 · 发表于 Post on 2022-11-4 15:12:45

本帖最后由冰释之川于 2022-11-4 15:21 编辑

Jennifer-J 发表于 2022-11-4 14:50
主要是我现在只是试着提交五个，以后我要批量算几万个任务，没办法一个gjf配一个脚本呀

去写一个批量产生*.gjf配套的作业提交脚本的脚本
具体的话，参考我附件里的三个脚本

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2022-11-4 15:00:54

本帖最后由 hebrewsnabla 于 2022-11-4 15:05 编辑

建议如冰老师所说，一个作业只算一个gjf。

以后我要批量算几万个任务，没办法一个gjf配一个脚本呀

不需要几万个脚本，只需要一个。

另外，把G16_Environment的最后一行删了，或许也能解决这个问题。

Jennifer-J · 发表于 Post on 2022-11-4 14:50:01

冰释之川发表于 2022-11-4 14:31
我是指1个*.gjf 配一个对应的作业提交脚本，然后写一个批量提交作业脚本的脚本

主要是我现在只是试着提交五个，以后我要批量算几万个任务，没办法一个gjf配一个脚本呀

Jennifer-J · 发表于 Post on 2022-11-4 14:44:35

冰释之川发表于 2022-11-4 14:31
我是指1个*.gjf 配一个对应的作业提交脚本，然后写一个批量提交作业脚本的脚本

请教一下老师，您说的这种方式和我写的这样，有什么区别嘛？写成像您说的这样可以保证一个算完再算下一个吗？

冰释之川 · 发表于 Post on 2022-11-4 14:31:50

Jennifer-J 发表于 2022-11-4 14:26
您说的是
for i in *.gjf
run_xDH_using_Gaussian.py $i.gjf

我是指1个*.gjf 配一个对应的作业提交脚本，然后写一个批量提交作业脚本的脚本

Jennifer-J · 发表于 Post on 2022-11-4 14:26:52

冰释之川发表于 2022-11-4 13:16
为啥不直接把你的for里的每个单点当做一个个任务提交上去

您说的是
for i in *.gjf
run_xDH_using_Gaussian.py $i.gjf
这样吗？

Jennifer-J · 发表于 Post on 2022-11-4 14:20:54

hebrewsnabla 发表于 2022-11-4 13:51
第二个任务有报错吗？

有的老师，附件我加在上面的帖子了，麻烦老师指正

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2022-11-4 13:51:37

第二个任务有报错吗？

冰释之川 · 发表于 Post on 2022-11-4 13:16:29

本帖最后由冰释之川于 2022-11-4 13:18 编辑

为啥不直接把你的for里的每个单点当做一个个任务提交上去

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[shell脚本] 批量提交xDH4Gau任务的脚本报错