Ligpargen产生DMC分子拓扑时原子顺序与导入的PDB文件不同

Lemon97z · 发表于 Post on 2022-11-5 11:26:39

在用Ligpargen产生DMC分子的OPLS力场参数，发现原子顺序改变（使用PDB和MOL文件都如此），导致在使用Multiwfn产生CM5电荷时候顺序对不上，还得一个个找（幸好是小分子）？但是产生其他分子的时没这个情况，有人遇到过这一问题吗？有解决方法吗？

Lemon97z · 发表于 Post on 2022-11-5 15:12:10

lyj714 发表于 2022-11-5 11:46
解决方案有二：
1、直接用Ligpargen生成的pdb构建模拟体系
2、两个pdb实际上原子坐标是不变的，非要用初 ...

方案一简单有效感谢回答！

lyj714 · 发表于 Post on 2022-11-5 11:46:42

本帖最后由 lyj714 于 2022-11-5 11:50 编辑

解决方案有二：
1、直接用Ligpargen生成的pdb构建模拟体系
2、两个pdb实际上原子坐标是不变的，非要用初始结构pdb，就只能写一个脚本把生成的拓扑重新排序。

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[综合交流] Ligpargen产生DMC分子拓扑时原子顺序与导入的PDB文件不同